تاثیر روش های مختلف انتخاب و ارزیابی برصحت پیش بینی ژنومی در یک جمعیت شبیه سازی شده

در پژوهش حاضرصحت پیش بینی ژنومی براساس روش های مختلف انتخاب (فنوتیپی و ارزش اصلاحی تخمینی)، روش های ارزیابی (GBLUP و ssGBLUP)، اندازه های جمعیت مرجع، میزان وراثت پذیری، تراکم نشانگر و میزان خطای شجره در یک جمعیت شبیه سازی شده، بررسی شد. از نرم افزار QMSim برای ایجاد بانک اطلاعاتی مرجع به تعداد 1000 حیوان و در ادامه برای ایجاد LD و تعادل جهش- دریفت در طی 95 نسل تعداد حیوانات به 200 حیوان (100 حیوان نر و 100 حیوان ماده) کاهش پیدا نمود.میزان وراثت پذیری صفت 0/1، 0/3 و 0/5 و میزان تراکم نشانگر برای سه راهبرد 1، 5 و 10 کیلوباز شبیه سازی شد. میزان خطای شجره 0، 10، 20 و 30 درصد در نظر گرفته شد. نتایج پژوهش حاضر نشان داد که، در مقایسه با انتخاب افراد براساس فنوتیپ، صحت پیش بینی ژنومی برای روش های ssGBLUP و GBLUP برای انتخاب به کمک روش ارزش اصلاحی تخمینی برای تمام راهبردها افزایش بیش تری نشان داد. با افزایش اندازه جمعیت مرجع و وراثت پذیری صفت، صحت پیش بینی ژنومی در تمام راهبردها افزایش نشان داد. با افزایش خطای شجره از 0 به 30 درصد، صحت پیش بینی ژنومی به مقدار جزئی کاهش یافت. به طور کلی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که استفاده از ssGBLUP در مقایسه با GBLUP، انتخاب افراد براساس روش ارزش اصلاحی تخمینی در مقایسه با انتخاب فنوتیپی و تراکم نشانگر بالا، باعث افزایش صحت پیش بینی می شود. با افزایش اندازه جمعیت مرجع و وراثت پذیری صفت، صحت پیش بینی ژنومی در تمام راهبردها افزایش نشان داد. با افزایش خطای شجره از 0 به 30 درصد، صحت پیش بینی ژنومی به مقدار جزئی کاهش یافت. به طورکلی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که استفاده از ssGBLUP در مقایسه با GBLUP، انتخاب افراد براساس روش ارزش اصلاحی تخمینی در مقایسه با انتخاب فنوتیپی و تراکم نشانگر بالا، باعث افزایش صحت پیش بینی می شود. با افزایش اندازه جمعیت مرجع و وراثت پذیری صفت، صحت پیش بینی ژنومی در تمام راهبردها افزایش نشان داد. با افزایش خطای شجره از0 به 30 درصد، صحت پیش بینی ژنومی به مقدار جزئی کاهش یافت. به طورکلی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که استفاده از ssGBLUP در مقایسه با GBLUP، انتخاب افراد براساس روش ارزش اصلاحی تخمینی در مقایسه با انتخاب فنوتیپی و تراکم نشانگر بالا، باعث افزایش صحت پیش بینی می شود.