شناسای دو درج جدید اسید آمینه در ژن هلیکوباکتر پیلوری rdxA در بیوپسی های پارافین معده

  بزرگترین مشکل در مدیریت بیماران مبتلا به عفونت هلیکوباکتر پیلوری مقاومت به داروی آنتی بیوتیک خط اول مترونیدازول است. چندین مکانیسم زمینه ساز مقاومت هلیکوباکتر پیلوری در برابر مترونیدازول است و یکی از آنها جهش در ژن rdxA است که پروتئین نیکوتین آمید آدنین دی نوکلئوتید فسفات (NADPH) را کد می کند. بنابراین، ما ژن rdxA تکثیر شده با PCR از بیوپسی های پارافین معده را مشخص کردیم.

  این یک مطالعه اکتشافی با استفاده از 34 نمونه بیوپسی پارافین معده است که هلیکوباکتر پیلوری مثبت بودند در یک روش Real-time PCR. برای تجزیه و تحلیل ژن rdxA، ما PCR تودرتوی یک قطعه ژن را انجام دادیم و به دنبال آن توالی یابی DNA برای تجزیه و تحلیل تغییرات اسید آمینه و تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین انجام شد.

  از 34 نمونه بیوپسی پارافینی مثبت هلیکوباکتر پیلوری، 5 مورد برای قطعه ژن rdxA مثبت بود. تجزیه و تحلیل تغییر اسید آمینه نشان داد که پروتئین NADPH دارای جایگزینی، درج، تغییر قاب و کدون های توقف زودرس است. دو درج اسید آمینه جدید پیدا شد. تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین نشان داد که پروتئین NADPH با جایگزینی دارای تغییرات اسید آمینه است و 2 پاکت برای سایت های فعال تشکیل می دهد. پروتئین NAPDH با جایگزینی و 2 درج جدید از دست دادن یک جیب را نشان داد.

  مطالعه حاضر در مورد تجزیه و تحلیل ژنتیکی ژن rdxA گزارش می دهد که تنوع توالی DNA را نشان می دهد. دو درج اسید آمینه در ژن NADPH یک یافته منحصر به فرد است و اثر آنها بر فنوتیپ مقاوم به آنتی باکتریال نیاز به بررسی در مطالعات آینده دارد.