بررسی بیوانفورماتیکی ژن های خانواده ی عوامل رونویسی WRKY در گندم

خانواده ی ژنی WRKY رمزکننده گروه بزرگی از عوامل رونویسی هستند که در تنظیم ژن های پاسخ دهنده به تنش های زیستی و غیرزیستی به خصوص در تنش خشکی دخیل می باشند؛ برای شناسایی اعضاء این خانواده ژنی در گندم، جستجوی چندگانه در پایگاه های اطلاعاتی مرتبط و tblastn براساس توالی های حفظ شده ی این خانواده در برنج در داده های nr، EST، HTGS انجام شد. توالی هایی مثل EST و cDNA (فاقد پروتئین) توسط نرم افزارهای DNAstar و NCBI ORF finder ترجمه شدند. هم ردیفی و آنالیز فیلوژنتیکی با استفاده از نرم افزارهای MEGA4 و BioEdit انجام گردید. الگوی بیانی این خانواده ی ژنی با استفاده از داده های ریزآرایه و در پایگاه های PLEXdb، GENEVESTGATOR بررسی شد. براساس نتایج به دست آمده، 94 عضو از خانواده ی ژنی WRKY در گندم یافت شد. برای 76 عضو پیدا شده ساختار حفظ شده خانواده WRKY به طور کامل وجود داشت و برای دیگر اعضاء توالی کامل پروتئین پیدا نشد. عوامل رونویسی WRKY در گندم همانند برنج بر مبنای ساختار دمین حفاظت شده WRKY به سه گروه تقسیم شدند. 7 عضو از این خانواده، با توجه به بیان افتراقی آن ها در پاسخ به تنش خشکی در ارقام حساس و متحمل گندم، به عنوان ژن های منتخب برای افزایش تحمل به خشکی در گندم انتخاب شدند.