مقایسه نواحی ژنی ITS-rDNA و tef1α در بررسی ارتباط تبارزایی بعضی گونه های Trichoderma

جنس Trichoderma قارچی تک نیائی است که بعضی از گونه های آن به عنوان عامل کنترل زیستی (بیوکنترل) شناخته می شوند. در این بررسی، یازده جدایه از هفت گونه Trichoderma شامل Trichoderma harzianum، T. capillare، T. pleuroticola، T. asperellum، T. koningiopsis،
T. brevicompactum و T. virens برای بررسی ارتباط تبارزایی (فیلوژنتیکی) آن ها با یکدیگر و با توالی گونه های مرجع ثبت شده در بانک ژن و ISTH استفاده شد. توده میسیلیومی رشدکرده در محیط PDB با استفاده از کاغذ صافی گرد آوری و پس از خشک- انجماد کردن، DNA ژنگانی (ژنومی) آن استخراج شد. نواحی ITS-rDNA و اینترون 2، 3 و 4 از tef1α با استفاده از آغازگرهای عمومی و اختصاصی افزایش و توالی یابی شدند. بررسی تبارزایی با الگوریتم درست نمایی بیشینه و انتخاب مناسب ترین مدل جانشینی نوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار MEGA 6 انجام شد. همه درختان تبارزایی حاصل، کلاد های معتبری برای بیشتر جدایه ها تولید کردند که ارتباط به نسبت یکسانی را از آن ها نشان داد. در همه درختان تبارزایی به جز درخت مبتنی بر داده های حاصل از توالی یابی ناحیه ITS، جدایه هایT. koningiopsis و T. asperellum یک کلاد قاعده ای معتبر ایجاد کردند. نتیجه بررسی تبارزایی که بر پایه توالی نواحی مختلف tef1α، اینترون 2 و3، اینترون 4 و هر سه اینترون، برای گونه های T. brevicompactum، T.virens، T.koningiopsis و T.pleuroticola به دست آمد کلاد های معتبرتری نسبت به درخت حاصل از تجزیه توالی های ITS نشان داند. تجزیه و تحلیل درست نمایی بیشینه که بر پایه توالی اینترون 4 از tef1α انجام شد، کلادهای معتبری برای بیشتر جدایه های Trichoderma ازجمله T. asperellum ایجاد کرد. این نتایج تایید می کند که تبارزایی مبتنی بر اینترون 4 از tef1α گروه بندی تبارزایی مناسبی برای گونه های تریکودرما فراهم می کند.