بررسی مقایسه ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط کنترل و تنش خشکی با استفاده از داده های EST

چکیده:
برنج غذای اصلی بیش از نیمی از جمعیت جهان به ویژه کشورهای در حال توسعه است و خشکی مهمترین عامل کاهش عملکرد برنج در آسیا می باشد. این تحقیق به منظور شناسایی ژن های پاسخ دهنده به تنش خشکی با کمک تجزیه و تحلیل اطلاعات EST دو کتابخانه برگ برنج انجام شد. داده های کتابخانه های EST در شرایط شاهد و تنش خشکی، از پایگاه ‏داده NCBI دریافت و با استفاده از نرم‏افزار EGassembler ویرایش، دسته‏بندی و هم‏گذاری شدند. توالی های کانتیگ و سینگلتون به دست آمده به عنوان الگو برای جستجوی بلاست ‏x در بانک توالی پروتئین برنج و انتساب گروه عملکردی با استفاده از نرم‏ افزار CLC Genomic Workbench و AgriGO به کار برده شدند. پروتئین های شناسایی شده در کتابخانه های شاهد و خشکی به ترتیب در70 و 82 گروه کارکردی مختلف قرار گرفتند. برای شناسایی تفاوت های معنی دار بین گروه های کارکردی در کتابخانه های شاهد و تنش خشکی از نرم‏افزار IDEG6 استفاده شد. بررسی هستی شناسی ژن ها، تفاوت معنی‏ دار در 20 گروه عملکردهای مولکولی، 35 گروه فرایندهای زیستی و 12 گروه اجزای درون سلول را آشکار ساخت. به منظور تعیین بیان افتراقی ژن‏ها بین دو کتابخانه، 4012 EST دارای کد Unigene با استفاده از الگوریتم پیاده‏ سازی شده در نرم‏افزار MATLAB انتخاب و با استفاده از نرم افزار IDEG6 تفاوت معنی دار بین 42 ژن تحت تنش خشکی نسبت به شاهد، مشاهده شد (31 ژن افزایش و 11 ژن کاهش بیان). ژن‏های افزایش بیان یافته، در پاسخ به تنش های محیطی و اکسیداتیو، برقراری هموستازی، پروتئولیز و گلیکولیز نقش داشته و ژن های مربوط به فتوسنتز کاهش بیان نشان دادند.
زبان:
فارسی
صفحات:
1 تا 15
لینک کوتاه:
magiran.com/p1613658 
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یک‌ساله به مبلغ 990,000ريال می‌توانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.
دسترسی سراسری کاربران دانشگاه پیام نور!
اعضای هیئت علمی و دانشجویان دانشگاه پیام نور در سراسر کشور، در صورت ثبت نام با ایمیل دانشگاهی، تا پایان فروردین ماه 1403 به مقالات سایت دسترسی خواهند داشت!
In order to view content subscription is required

Personal subscription
Subscribe magiran.com for 50 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!