بررسی بیوانفورماتیکی توالی های EST سنبله گندم چینی بهاره تحت تنش شوری
نویسنده:
چکیده:
تغییرات کارکرد ژنوم تحت شرایط تنش می تواند راهکاری برای درک بهتر سازوکارهای تحمل به تنش در گیاهان باشد. در این پژوهش سعی شده است تا با بررسی توالی های EST دو کتابخانه کنترل و تنش شوری در گندم، تغییرات کارکردی ژنوم در تنش شوری و ژن های موثر در تحمل به شوری شناسایی شوند. بدین منظور توالی های EST از وب گاه هاروارد و Graingenes دریافت شدند. به منظور دستهبندی توالی های EST، تعیین پروتئین های مرتبط با یونی ژن ها (کانتیگ ها و سینگل تون ها)، تعیین گروه های کارکردی و آزمون های آماری، به ترتیب از بانک اطلاعاتی Egassembler، بلاست وب گاه NCBI، وب گاه موسسه ماکس پلانک و نرم افزار IDEG6 استفاده شد. نتایج نشان دهنده وجود اختلاف معنی دار بین 20 گروه کارکردی در شرایط کنترل و تنش شوری بود. در هر دو شرایط کنترل و تنش شوری، گروه های کارکردی پروتئین و RNA بیشترین و گروه های کارکردی متابولیسم کربوهیدرات اصلی، تبدیل مواد آلی و چرخه کربس کمترین فعالیت کارکردی ژنوم را نسبت به سایر گروه های کارکردی ژنوم به خود اختصاص دادند. تحت تنش شوری، فعالیت گروه های کارکردی سنتز ATP/ انتقال الکترون میتوکندریایی، متابولیسم چربی، اکسایش-کاهش، پروتئین، RNA، DNA و سلول افزایش یافت. بنابراین میتوان پیشنهاد کرد که این گروه های کارکردی دارای نقش مهمی در مکانیسم پاسخ به تنش شوری هستند. تجزیه و تحلیل بیان ژنها در شرایط کنترل و تنش شوری نشان داد 271 ژن دارای بیان افتراقی معنی دار بودند که در 23 گروه کارکردی مختلف قرار گرفتند. ژن های شناسایی شده در این پژوهش می توانند جهت دست-ورزی ژنتیکی با هدف بهبود تحمل به تنش شوری در گیاهان زراعی مورد استفاده قرار گیرند.
کلیدواژگان:
زبان:
فارسی
در صفحه:
33
لینک کوتاه:
magiran.com/p1631167
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یکساله به مبلغ 1,390,000ريال میتوانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
- حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران میشود.
- پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانههای چاپی و دیجیتال را به کاربر نمیدهد.
In order to view content subscription is required
Personal subscription
Subscribe magiran.com for 70 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!