ارزیابی بیوانفورماتیکی پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (nsSNPs) بیماری زا در ناحیه کد کننده ژن پروتئین پریون انسانی (PRNP)

پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی عامل ایجاد تنوع ژنتیکی در جانداران می باشند و در این میان، پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (nsSNPs) باعث تغییر در باقیمانده های اسیدآمینه می شوند. تحقیق اخیر با هدف بررسی احتمال ارتباط بین تمامی چندشکلی های گزارش شده از ژن پریون انسانی و بروز بیماری انجام شده است.
در این مطالعه توالی اسیدآمینه ایزوفرم اصلی ژن پروتئین پریون انسانی از پایگاه داده UniProt استخراج و توسط سرورهای FoldAmyloid و AmylPred موردبررسی قرار گرفت. همچنین تمامی پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف این پروتئین از پایگاه داده dbSNP استخراج و توسط سرورهای بیوانفورماتیکی SIFT،PolyPhen-2، I-Mutant-3.0،PANTHER،SNPs&GO ،PHD-SNP،Meta-SNP و MutPred برای تعیین زیان بارترین SNP مورد ارزیابی قرار گرفت.
بررسی توالی پروتئین توسط سرورهای FoldAmyloid و AmylPerd، نواحی 15-5، 178-174، 184-180، 217-211 و 252-240 را به عنوان حساس ترین بخش های پروتئین در روند آمیلوئیدی شدن معرفی کردند. همچنین از غربالگری تمام nsSNPهای ایزوفرم اصلی پروتئین توسط سرورهای استفاده شده، 105 مورد جایگزینی والین به جای آسپارتیک اسید در جایگاه 178 با شناسه ی rs11538766 را به عنوان زیان بارترین nsSNP در ساختار پروتئین پیش بینی کردند.
بر اساس نتایج، جایگزینی والین به جای آسپارتیک اسید در موقعیت 178 (D178V) به عنوان زیان بارترین جهش در ساختمان پروتئین پریون انسانی پیش بینی شد. همچنین مکانیسم مولکولی ارائه شده توسط سرور MutPred نیز دلالت بر افزایش ساختار بتا (Gain of sheet) در فرم فضایی پروتئین دارد که مسبب افزایش احتمال تولید و تجمع تشکیلات فیبریلی خواهد بود.