پیش بینی بیوانفورماتیکی miRNA های هدف گیرنده ژن های HBx و NOTCH1 در هپاتوسلولار کارسینوما ناشی از هپاتیت Bمزمن

هپاتوسلولار کارسینوما(HCC) سومین عامل اصلی مرگ ناشی از سرطان در سراسر جهان محسوب می شود. ویروس هپاتیت B و ژن HBx آن به واسطه تداخل در مسیرهای سیگنالینگ نقش بسیار مهمی در پیشرفت سرطان HCC دارند. هم چنین به دلیل عدم وجود علائم بالینی در مراحل اولیه‏ی ابتلا، ضرورت شناسایی مارکرهای اختصاصی با حساسیت بالا جهت شناسایی زود هنگام افراد مبتلا به HCC احساس می گردد. از سوی دیگر، با پیشرفت و توسعه علوم بیوانفورماتیک، امکان پیش‏ بینی انواع مختلفی از miRNAها و ژن‏های هدف این بیومارکرها به وجود آمده است. بدین ‏منظور، در این مطالعه با توجه به داده های حاصل از نرم افزارهای بیوانفورماتیک با الگوریتم‏های مختلف، miRNAهای هدف گیرنده ژن‏های HBx و NOTCH1 براساس بالاتر بودن امتیاز، اتصال مناسب با ژن هدف و تایید در نرم افزار های بیشتر انتخاب و معرفی گردیدند.
مواد و روش‏ ها: ابتدا توالی ژن‏ های HBx و NOTCH1 از سایت NCBI دریافت گردید و سپس با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک TargetScan، mirWalk ، miRBase ، Miranda ، PicTar ، miRVir و DIANA به بررسی و پیش‏گویی miRNAها پرداخته شد.
یافته ها: با توجه به امتیاز دهی توسط نرم افزار های بیوانفورماتیک و بالاتر بودن امتیاز و هدف گیری مناسب تر،miR-34a به عنوان هدف گیرنده ژن NOTCH1 و miR-6510، miR-5193 و miR-214 به عنوان عوامل هدف گیرنده ژنHBx معرفی گردیدند.
نتیجه‏ گیری: با توجه به نقش تومورساپرسوری miR-214 و miR-34a در انواع سرطان ها احتمالا بتوان از آن ها به عنوان استراتژی درمانی در تحقیقات سرطان استفاده کرد. هم چنین به نظر می رسد که miR-5193 یکی از مارکرهای اختصاصی در تشخیص سرطان HCC باشد.