PSNetAl: الگوریتمی جدید جهت ردیف بندی ساختاری چندتایی در پروتئین ها بر مبنای جور سازی گراف ها

چکیده:
با افزایش روزافزون تعداد ساختارهای اضافه شده به پایگاه های اطلاعاتی نظیر PDB، اهمیت مقایسه ی ساختاری پروتئین ها به منظور بررسی روابط تکاملی بین خانواده های مختلف، پیشگویی ساختار و عملکرد در پروتئین های تعیین ساختار نشده و نیز طبقه بندی ساختاری در پروتئین ها ضروری به نظر می رسد. برنامه های همردیفی ساختاری در پروتئین ها به دلیل حجم بالای محاسبات در مقایسه با روش های متداول ردیف بندی توالی ها کندتر هستند و جواب های تخمینی را ارائه می کنند. از اینرو، طراحی الگوریتم های جدید در این زمینه یک مسئله ی باز محسوب می شود. هدف از این تحقیق، ارائه ی الگوریتمی جدید بر مبنای منطبق سازی گراف ها جهت انجام ردیف بندی های ساختاری چندتایی در پروتئین ها با استفاده ازبرنامه ی NetAl است. ورودی برنامه ی PSNetAl فایل های ساختاری پروتئین به فرمت PDB است. برای تمامی فایل های ساختارهای پروتئین، گراف های غیرجهت دار و مبتنی بر فاصله ساخته می شود و با استفاده از الگوریتمی پیشرونده، همردیفی چندتایی شبکه ها انجام می شود. بزرگترین زیرگراف مشترک حاصل از همردیفی های چندتایی در انتهای برنامه شامل راس های مشترک میان تمامی ساختارهای ورودی است. چنانچه میان ساختارهای ورودی شباهت های ساختاری و تکاملی وجود داشته باشد، انتظار می رود که موتیف های ساختاری مشترک با انجام همردیفی چندتایی شبکه ها در بزرگترین زیرگراف مشترک قابل مشاهده باشند. به منظور بررسی عملکرد برنامه، مجموعه داده ای شامل 76 خانواده ی پروتئینی با متوسط یکسانی بیش از 50% و حداقل دارای سه عضو از پایگاه داده ی HOMSTRAD استخراج شد. نتایج حاصل از این خانواده ها نشان می دهد که همردیفی های ساختاری بدرستی انجام شده است و در نتیجه ی آن در 67 خانواده از مجموع 76 خانواده بیش از 90% موتیف های ساختاری در بزرگترین زیرگراف مشترک دیده می شود.
زبان:
فارسی
صفحات:
10 تا 20
لینک کوتاه:
magiran.com/p1702624 
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یک‌ساله به مبلغ 990,000ريال می‌توانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.
دسترسی سراسری کاربران دانشگاه پیام نور!
اعضای هیئت علمی و دانشجویان دانشگاه پیام نور در سراسر کشور، در صورت ثبت نام با ایمیل دانشگاهی، تا پایان فروردین ماه 1403 به مقالات سایت دسترسی خواهند داشت!
In order to view content subscription is required

Personal subscription
Subscribe magiran.com for 50 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!