پیش بینی آثارSNPهای غیرمترادف ژن استروژن رسپتور بر ساختار و عملکرد پروتئین آن در گاومیش خوزستانی

پیشرفت های اخیر در توالی یابی DNA و الگوریتم های محاسباتی منجر به تشخیص SNPهایی با ارزش بالاتر شده است. در این تحقیق از چندین الگوریتم محاسباتی برای بیان تاثیر SNP های ژن استروژن رسپتور آلفا (ESRα) بر عملکرد پروتئین در ژنوم گاومیش استفاده شد.در این بررسی از تراشه Affymetrix90KSNP در112 گاومیش خوزستانی استفاده شده است. دو SNP (Argenin43Histedin،Thronin15Alanin) برای ژن ESRα یافت شد. آنالیز اینSNPها با استفاده از سرورهای Sift ،Panther و Provean انجام گردید. Sift با محاسبه ضریب صفر اثر SNPها را مخرب و موثر بر عملکرد پروتئین پیش بینی کرد و Panther برای دو SNP اثرات مخرب و موثر بر عملکرد پیش بینی کرد. الگوریتم Provean با محاسبه ضریب 08/0- برای SNP-Thronin15 Alanin و با محاسبه امتیاز 13/0- برای SNP-Argenin43Histedin اثرات این SNP را طبیعی پیش بینی کرد. برای بررسی بیشتر اثرات این SNPها بر پایداری پروتئین و استحکام ازالگوریتم I-mutant استفاده شد. الگوریتم I-mutant تاثیر SNP بر پایداری پروتئین را با کمک رگرسیون و براساس تغییر در انرژی آزاد (49/0-=DDG) پیش بینی کرد. SNP-Thronin15Alanin در دمای25 درجه و 7=pH ثبات پروتئین را کاهش می دهد. SNP-Argenin43Histedin با محاسبه امتیاز (53/0-=DDG) ثبات پروتئین را کاهش می دهد. مدل سازی پروتئین ESRα با سرور I-taser انجام شد. اعتبارسنجی مدل ها به کمک نقشه های راماچاندران و سرور Pro-SAحاکی از انحراف پروتئین جهش یافته در مقایسه با مدل طبیعی است. مقایسه نتایج داکینگ در دو مدل، نشاند هنده ی تغییر غیرمستقیم آمینواسیدهای درگیر در اینترکشن در مدل جهش یافته است.SNPها در اکتیوسایت نمی باشند ولی با تغییر ساختار پروتئین، به طور غیرمستقیم بر آمینواسیدهای درگیر در اینترکشن تاثیرگذار بوده اند و باعث کاهش میل اتصالی لیگاند در مدل جهش یافته شده اند.