مطالعه شبکه ژنی موثر بر رشد ماهیچه سینه جوجه راس تحت داده های RNA-Seq

جوجه های بومی جز مهم ترین ذخایر ژنتیکی هستند که به شرایط محیطی بخوبی سازگاری یافته اند. اما بطور معمول سرعت رشد و راندمان غذایی آنها در مقایسه با جوجه های امروزی مناسب است. مطالعات مقایسه ای بین جوجه های امروزی و مرغان بومی امکان درک علل این تفاوت های ژنتیکی را مهیا می سازد. جهت بررسی تفاوت های ترانسکریپتومی ژن ها و مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با رشد ماهیچه سینه در دو گروه مرغ بومی و جوجه تجاری از مطالعات ژنومی تکنولوژی های توالی یابی نسل آینده استفاده شد. در این پژوهش تعداد 200 قطعه پرنده از سویه راس 708 و 200 قطعه جوجه بومی اصفهان در یک شرایط مشابه مدیریتی و تغذیه استاندارد پرورش داده شدند. در بررسی تجزیه و تحلیل داده هایRNA-Seq بین دو گروه آزمایشی، پروفایل بیان ژن در 4 نمونه ماهیچه سینه 28 روزگی عمر جوجه ها مورد مقایسه قرار گرفت. مقایسه آماری بیان ژن های توالی یابی شده در این دو گروه، 606 ژن با تفاوت معنی دار را مشخص کرد. در جوجه تجاری از این تعداد 357 ژن افزایش بیان و 249 ژن کاهش بیان نشان دادند. شبکه برهم کنش پروتئین- پروتئین (Protein-protein interaction) با استفاده از 267 ژن تشکیل و از این تعداد 75 ژن در قالب سه ماژول با حداکثر سطح معنی داری شناسایی شد. بررسی های هستی شناسی ژنی نشان داد هر سه ماژول در رشد ونموی ماهیچه سینه نقش موثری را ایفا کرده و ژن های شاخص آن ها JUN، EGR1، THBS1، ITGA4 و ACTA2 بودند.