آنالیز بیان ژن ها و رسم شبکه ژنی آپوپتوزیس در نژادهای مرغ بومی اصفهان و تجاری راس تحت داده های RNA-seq

در این مطالعه با استفاده از داده های توالی یابی RNA-seq، به دست آمده از 12 قطعه مرغ ماده، بومی اصفهان و تجاری راس به بررسی ژن های با بیان متفاوت ،به شناسایی مهمترین ژن های موثر در سیستم آپوپتوزیز و تقویت آن پرداخته شد. در این بررسی کیفیت داده ها با استفاده از نرم افزار FastQC سنجیده شد. پس از حذف خوانش های بی کیفیت، با استفاده از نرم افزار Trimmomatic، نقشه یابی داده ها با استفاده از نرم افزار TOP HAT2 انجام گرفت. شبکه ژنی آپوپتوزیز توسط پایگاه استرینگ رسم و آنالیز شد. تحلیل شبکه نشاندهنده معنی داری شبکه بوده و میزان و چگونگی ارتباط ژن ها مشخص شد. نتایج حاصل از بررسی ترنسکریپتوم های سیستم ایمنی با استفاده از Cuffdif نشان داد که از بین 1328 ژن دارای تفاوت بیان معنی دار در سیستم ایمنی، 11 ژن مربوط به آپوپتوزیز بود. همچنین ژن PIK3CD دارای بیشترین مقدار بیان در دو نژاد بومی و تجاری و PIK3CB دارای کمترین مقدار بیان در نژاد بومی بودند. بیشترین معنی داری در فرایندهای بیولوژیکی بر اساس آماره Bonferroni، مربوط به مسیر علامت دهی وابسته به اینوزیتول و بر اساس آماره P-value مربوط به مسیر تنظیم موضعی کردن پروتئین به سمت هسته می باشد. آنالیز شبکه ژنی آپوپتوزیز، منجر به شناسایی دو زیر شبکه (کلاستر) گردید که ژن شاخص آنها به ترتیب PIK3R1 و IL1R1 می باشد.