شناسایی مولکولی و تعیین جایگاه تبارزایی ویروس چروکیدگی توت فرنگی (Strawberry crinkle virus) از مزارع توت فرنگی استان کردستان بر اساس بخشی از ژن پلیمراز

علایم چروکیدگی و بدفرم شدن برگ در تعدادی از بوته های توت فرنگی در مزارع توت فرنگی استان کردستان مشاهده گردید. با بررسی علایم این نمونه ها احتمال داده شد که این علایم مربوط به آلودگی نمونه ها به ویروس چروکیدگی توت فرنگی (Strawberry crinkle virus, SCV) باشد و برای اطمینان با آزمون RT-PCR بررسی شدند. در کل، تعداد 55 نمونه ی برگی (دارای علایم و بدون علایم) طی تابستان 1396 از مناطق مختلف استان کردستان جمع آوری و RNA کل با روش سیلیکا استخراج گردید و سپس cDNA آن ها با استفاده از آغازگرهای تصادفی شش تایی ساخته شد. PCR با آغازگرهای اختصاصی SCVdeta و SCVdetb انجام و قطعه ای به طول 345 جفت باز از ژن پلیمراز SCV تکثیر گردید. نتایج RT-PCR نشان داد که 9/50 درصد از نمونه ها آلوده به ویروس SCV بودند. به منظور بررسی مشخصات مولکولی و تبارزایی این ویروس، هفت جدایه بر اساس منطقه ی جغرافیایی، رقم میزبان و نوع علایم انتخاب شده و تعیین توالی شدند. جدایه های SCV توالی یابی شده در این تحقیق به صورت یک زیرگروه مجزا در گروه تبارزایی اول قرار گرفتند. میانگین فاصله ی ژنتیکی در بین جدایه های توالی یابی شده در این تحقیق در سطح نوکلئوتیدی 005/0 ± 031/0 و با سایر جدایه های موجود در ژن بانک 014/0 ± 069/0 بود. مقایسه ی دوبه دوی توالی های نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین و کمترین تشابه نوکلئوتیدی به ترتیب میان جدایه SAr6 با جدایه 4MM از آرژانتین (1/95 درصد) و جدایه S26 با جدایه HB-A1 از هلند (5/86 درصد) وجود داشت. این اولین گزارش از شناسایی این ویروس در مزارع توت فرنگی استان کردستان و اولین گزارش از ردیابی مولکولی این ویروس در ایران می باشد.