برآورد ضریب همخونی ژنومی و اندازه موثر جمعیت در گوسفندان زندی با استفاده از تراشه متراکم نشانگری

هدف از این تحقیق بررسی میزان همخونی و اندازه موثر جمعیت با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP موجود در سراسر ژنوم حاصل از تراشه های متراکم SNPChip 50K در 96 راس گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور بعد از کنترل کیفیت داده های حاصل از تعیین ژنوتیپ SNPها با استفاده از تراشه 50K، 40879 نشانگر SNPجهت محاسبه میزان همخونی و اندازه موثر جمعیت مورد استفاده قرار گرفت. اندازه موثر تعداد افراد در حال جفت-گیری بر اساس روش هتروزیگوسیتی اضافی و به وسیله نرم افزار NEESTIMATOR به ازای هر کروموزوم جداگانه برآورد شد. همچنین ضریب همخونی با استفاده از چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM) ، میزان هموزیگوسیتی (FHOM) ، همبستگی گامت ها (FUNI) ، با استفاده از نرم افزار GCTA و Run Of Homozygosity (FROH) به کمک نرم افزار PLINK محاسبه گردید. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده به ترتیب 393/0 و 407/0 به دست آمد. متوسط اندازه موثر برآورد شده، 69 راس بود و متوسط فاصله اطمینان 95% برای این برآوردها 2/93-0/40 به دست آمد. همچنین در این تحقیق مشخص شد ضریب همخونی محاسبه شده با استفاده از سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مشابه و معادل با 063/0 تخمین زده شد. علاوه بر این میزان همخونی در روش ROH برابر با 053/0 برآورد شد. در مجموع نتایج این تحقیق نشان داد که با وجود تنوع ژنتیکی مناسب در جمعیت گوسفند زندی مورد مطالعه ، اندازه موثر آنها به شدت کاهش یافته است و طراحی برنامه های مناسب برای حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژاد بومی ضروری است.