کاوش ژنومی نشانه های انتخاب در گاوهای بومی نژاد سرابی و تالشی ایران

هدف این مطالعه پیدا کردن نشانه های انتخاب در گاو هابی بومی سرابی و تالشی بود، تعداد 296 راس گاو از دو نژاد سرابی و تالشی نمونه برداری و تعیین ژنوتایپ با ریزآرایه k 40 شرکت ایلومینا انجام شد. تعداد 43 دام به دلیل عدم کسب شاخص نرخ حیوانات ژنوتیپ شده (ACR) برابر با 09/0 حذف شدند. تعداد نشانگرها بعد از گذراندن فیلتر حداقل فراوانی آللی (MAF) برابر با 01/0 و تعادل هاردی واینبرگ (برابر6-10) به 28782 نشانگر رسید. جهت بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ها و خرده ساختار جمعیتی از آنالیز مؤلفه های اصلی (PCA) استفاده شد. برای شناسایی نشانه های انتخاب در جمعیت خالص سرابی و تالشی شناسایی شده با PCA، آماره تتا محاسبه شد. جهت کاهش اریب مقادیر تتای محاسبه شده با روش میانگین گیری نشانگرهای مجاور، گراف منهتن توسط نرم افزار Haploview بدست آمد که کروموزوم های 2، 5، 6، 7، 10، 22، 25 ،27 دارای نشانه انتخاب بودند. برای جستجوی نشانه های انتخاب در هر دو جمعیت از آماره هموزیگوسیتی توسعه داده شده (EHH) و میزان شکستگی LD برای آلل اجدادی و جهش یافته برای هر کروموزوم از نرم افزار R استفاده شد بررسی شد. برای مطالعه بیشتر جایگاه هایی که نشانه های انتخاب را نشان دادند وب سایت های بیوانفورماتیکی مورد جستجو قرار گرفت. در کروموزوم 2 ژن EIF4G3 شناسایی شد. این ژن در انتقال RNA از هسته به سیتوپلاسم نقش اساسی در بیان ژن دارد. در کروموزم 6 ژن ANK2 شناسایی شد که پلی پپتید آنکیرین B را رمز می کند و در تمام بافت ها بیان می شوند. در کروموزم 7 ژن ARHGAP26 شناسایی که به عنوان ژن سرکوب گر تومور گزارش شده است. در کروموزم 10 ژن کدکننده پروتئین SYNJ2BP شناسایی شد که متوقف کننده سیگنالینگ اکتیوین می باشد. در کروموزوم 22 ژن کد کننده پروتئین FAM3D که در مسیر بیوشیمیایی تنظیم سیتو اسکلتون اکتین فعالیت دارد شناسایی شد. این ژن بیشتر در جفت بیان شده و بر عملکرد های بیولوژیکی مانند مهاجرت و عملکرد لکوسیت، تنظیم درجه حرارت، بقای سلول و تمایز خون سازی نقش دارد.