شناسایی نشانگرهای EST-SSR عدس (Lens culinaris) تحت تنش سرما

پیام:
نوع مقاله:
مقاله پژوهشی/اصیل (دارای رتبه معتبر)
چکیده:

توسعه برنامه های به نژادی عدس برای مقابله با عوامل نامساعد محیطی نسبت به سایر حبوبات، به علت کمبود منابع ژنتیکی با چالش های بیشتری روبرو می باشد. نشانگرهای EST-SSR به دلیل ایجاد چندشکلی در نواحی کدکننده ژن ها، یکی از پرکاربردترین نشانگرهای مولکولی در بسیاری از برنامه های اصلاحی به شمار می روند. از این رو در تحقیق حاضر به منظور توسعه نشانگرهای EST-SSR در مقیاس بالا، از فرآیند سرهم بندی مجموعه خوانش های کوتاه حاصل از فناوری توالی یابی RNA عدس تحت تنش سرما و حالت طبیعی استفاده شد. به منظور اعمال تنش سرما، گیاهچه های 21 روزه عدس به مدت 48 ساعت در معرض دمای 4 درجه سانتی گراد قرار گرفتند. از نمونه های گیاهی تهیه شده، RNA کل استخراج شد و مورد توالی یابی قرار گرفتند. تعداد 8905 مکان ریزماهواره در 7211 یونی‎ژن حاصل از داده های RNA-seq عدس شناسایی شد که 1293 یونی ژن شامل بیش از یک مکان نشانگر SSR بود. فراوان ترین نوع نشانگر EST-SSR یافت شده از نوع تک نوکلئوتیدی بود. در این مطالعه موتیف های A/T، AG/CT و AAG/CTT به ترتیب بیشترین فراوانی را در بین موتیف های تک، دو و سه نوکلئوتیدی به خود اختصاص دادند. نتایج بلاست یونی ژن های حاوی SSR، نشان داد که 80 درصد از یونی ژن ها دارای رکورد مشابه در پایگاه پروتئین های غیرتکراری بودند. تفسیر کارکردی ژن ها، حضور یونی ژن های حاوی ریزماهواره را در زیر گروه های مهم پاسخ به تنش سرما نظیر اتصال، سلول و اجزای سلول و متابولیک را نشان داد. همچنین با توجه به نتایج می توان چنین اظهار نمود که اغلب نشانگرهای شناسایی شده در ژن هایی قرار داشتند که نقش مهمی در پاسخ به تنش سرما دارند و جایگاه احتمالی اغلب آن ها نواحی UTR می باشد. از این رو بررسی بیشتر این نواحی در رونوشت ژن های کاندید پاسخ دهنده به تنش سرما از اهمیت بیشتری برخوردار می باشد.

زبان:
فارسی
صفحات:
1 تا 13
لینک کوتاه:
magiran.com/p1895105 
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یک‌ساله به مبلغ 990,000ريال می‌توانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.
دسترسی سراسری کاربران دانشگاه پیام نور!
اعضای هیئت علمی و دانشجویان دانشگاه پیام نور در سراسر کشور، در صورت ثبت نام با ایمیل دانشگاهی، تا پایان فروردین ماه 1403 به مقالات سایت دسترسی خواهند داشت!
In order to view content subscription is required

Personal subscription
Subscribe magiran.com for 50 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!