بررسی نواحی تنظیمی در پروموتور ژن های هم بیان تحت شرایط تنش دمای پایین در گوجه فرنگی

روش های نسل نوین توالی یابی همچون RNA-Seq توانایی ارائه حجم بالایی از اطلاعات در زمینه رونوشت ژن ها را دارند. بازسازی شبکه ژن های هم بیان بر اساس اطلاعات حاصل از داده های RNA-seq اطلاعات ارزشمندی جهت درک سیستم پاسخی گیاهان به تغییرات محیطی را ارائه می دهد. لذا در این تحقیق پروفایل کامل بیانی ژن های گوجه فرنگی تحت تیمار دمای پایین با استفاده از روش شبکه های هم بیان وزن دار مورد آنالیز قرار گرفت. نتایج کلاسترهای هم بیان نشان داد که 20267ژن نرمال شده در هشت ماژول معنادار قرار می گیرند. نتایج آنالیز عبارات GO نشان داد که بین گروه های هم بیان عملکردهای متفاوتی بر حسب فرایندهای بیولوژی و عملکرد مولکولی وجود دارد. بر این اساس ماژول اول به پروتئین های شوک دمایی (HSPs) اختصاص یافت. پروتئین کینازها و پروتئین های درگیر در تغییرات پس از ترجمه به ترتیب در ماژول دوم و سوم قرار گرفتند. پروموتور ژن های ماژول پنج با توجه به الگوی بیان متفاوت در ژنوتیپ ها مورد بررسی قرار گرفت. عناصر سیس ACGTG و TTGACدر پروموتور همه ژن ها مشاهده شدند. عوامل رونویسی خانواده AP2/ERF و ZF-HD دارای بیشترین جایگاه اتصال در پروموتور ژن های ماژول پنج بودند. نتایج حاصل توانست عناصر تنظیمی کلیدی که در تنظیم بیان یک شبکه ژنی تحت تنش سرما و فرایندهای آنتی اکسیدانتی درگیر بودند، را معرفی نماید.