اهمیت خویشاوندی ژنتیکی و رکورد فنوتیپی بر صحت ژنومی داده های جانهی شبیه سازی شده با استفاده از مدل های حیوانی در حضور اثرات متقابل ژنوتیپ و محیط

هدف این تحقیق بررسی نقش ارتباط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و تایید با نسبت های مختلف رکوردهای فنوتیپی جمعیت مرجع بر صحت پیش بینی های ژنومی مدل های حیوانی مختلف با استفاده از شبیه سازی داده های ژنومی جانهی بود. بدین منظور، چهار سناریو متفاوت برای سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (بالا و پایینLD=) و جایگاه های صفات کمی (90 و 300) با تراکم K15 شبیه سازی شد. بعد از شبیه سازی جمعیت ها، به طور تصادفی اقدام به حذف 50 و 95 درصد نشانگرها نموده و در مرحله بعد نشانگرهای حذف شده جانهی شدند. در ادامه، از طریق کد نویسی در نرم افزار R، شبیه سازی جهت ایجاد خویشاوندی ژنتیکی بین صفات در سه محیط با وراثت پذیری های مختلف برای داده های اصلی و جانهی انجام شد. دامنه صحت جانهی بین 737/0-941/0 بود. LD فاکتور اصلی موثر بر صحت جانهی بود. با افزایش سطح LD و وراثت پذیری، صحت پیش بینی ژنومی افزایش یافت. زمانی که حیوانات بدون رکورد فنوتیپی محیط دوم، با استفاده از اطلاعات ژنومی خویشاوندان شان در محیط سوم ارزیابی شدند مقدار صحت پیش بینی ژنومی بالا بود. هنگامی که حیوانات با 75 درصد رکورد فنوتیپی در محیط دوم، با استفاده از اطلاعات ژنومی خویشاوندان شان در محیط اول و سوم ارزیابی شدند بالاترین مقدار صحت پیش بینی ژنومی مشاهده شد. نتایج نشان داد که جانهی پنل های با تراکم خیلی پایین به K15 همیشه راه کار مناسبی جهت پیش بینی ژنوتیپ ها نمی باشد. به طور کلی، استفاده هم زمان از اطلاعات خویشاوندان و افزایش تعداد رکورد فنوتیپی در جمعیت مرجع، صحت پیش بینی ژنومی مدل های حیوانی مختلف را در حضور اثرات متقابل ژنوتیپ و محیط افزایش داد.