شبیه سازی دینامیک مولکولی OmpF در غشا دولایه دوقلو: مطالعه رفتار متفاوت پروتئین OmpF در یک سیستم با حضور غلظت های یونی نامتقارن

پیام:
چکیده:
یکی از پروتئین های غشای خارجی باکتری اشریشیا کلی (E. coli) OmpF است که امکان عبور یون ها را میسر می سازد. در سالیان اخیر روش های متنوع تجربی و تئوری برای مطالعه این پروتئین مورد استفاده قرار گرفته است. در این مطالعه به منظور حفظ شرایط مرزی از دو غشای دولایه در یک جعبه شبیه سازی برای بررسی تغییرات کانال در حین عبور یون ها استفاده شده است. غلظت های یونی متفاوت در دو طرف غشا اعمال شده است تا شرایط شبیه سازی به شرایط واقعی باکتری بیشتر شباهت داشته باشد. در این شبیه سازی دو سیستم مشابه هم درون یک جعبه شبیه سازی قرار گرفته اند. برای بررسی بیشتر در این دو سیستم جهت گیری کانال پروتئینی نسب به شیب غلظت یونی در هر دو جهت اعمال شده است. در این تحقیق به بررسی اینکه در انتقال یونی جهت گیری ارجح برای این کانال وجود دارد یا خیر پرداخته می شود. آنالیزهای ساختاری برای پروتئین در دو جهت گیری نشان دهنده تفاوت بین دو کانال است همچنین الگوهای مربوط به بررسی های ساختار دوم با وجود پیک های مشابه در برخی نقاط متفاوت بود. نتایج بررسی اسیدهای آمینه درون گذرگاه و حفره درون کانال نیز برای ساختار انتهایی پروتئین دوم متفاوت از ساختار انتهایی پروتئین اول بود. همچنین عبور یون در پروتئین دوم مشاهده نشد. نتایج نشانگر این است که یکی از کانال ها که جهت گیری آن مشابه با جهت گیری واقعی این کانال در غشای باکتری است در طول این شبیه سازی 100نانوثانیه ای باز و عبور یون از آن قابل مشاهده و پیگیری است، در حالی که کانال دیگر که جهت آن برعکس آنچه در طبیعت وجود دارد، بسته شده که نشان دهنده اثرات شیب غلظت یونی روی کانال است.
زبان:
فارسی
صفحات:
93 تا 101
لینک کوتاه:
magiran.com/p1951713 
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یک‌ساله به مبلغ 990,000ريال می‌توانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.
دسترسی سراسری کاربران دانشگاه پیام نور!
اعضای هیئت علمی و دانشجویان دانشگاه پیام نور در سراسر کشور، در صورت ثبت نام با ایمیل دانشگاهی، تا پایان فروردین ماه 1403 به مقالات سایت دسترسی خواهند داشت!
In order to view content subscription is required

Personal subscription
Subscribe magiran.com for 50 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!