متا-آنالیز ترانسکریپتوم ژن های مسیر موالونیک اسید و متیل اریتریتول فسفات برای بیوسنتز ایزوپرینوئیدها در گیاهان

ایزوپرینوئیدها و مشتقات آن ها بزرگترین گروه از ترکیبات طبیعی در گیاهان هستند که از واحدهای پنج کربنه ایزوپرینیل فسفات ساخته می شوند. این واحدهای پنچ کربنه در گیاهان از طریق دو مسیر بیوسنتزی مجزا شامل مسیر موالونات (MVA) در سیتوپلاسم و مسیر متیل اریتریتول فسفات (MEP) در پلاستید، تولید می شوند. به منظور انجام متا-آنالیز ژن های دو مسیر MVA و MEP از داده های بیانی آزمایشات ریزآرایه در بافت های مختلف، مراحل نموی، تنش های زیستی و غیرزیستی در گیاه مدل آرابیدوپسیس استفاده شد. متا-آنالیز ترانسکریپتوم با استفاده از ابزار Genevestigator به عنوان یک بانک اطلاعاتی بزرگ شامل داده های ترانسکریپتوم مخازن GEO در NCBI و ArrayExpress در EBI، انجام گرفت. نتایج حاصل از متا-آنالیز نشان داد که به طور کلی رونویسی ژن های کد کننده آنزیم های دو مسیر MVA و MEP گیاهی با هم هماهنگ نیست و در بافت ها، مراحل رشدی و شرایط مختلف الگوی بیانی متفاوتی دارند. ژن های مسیر MVA بیشترین بیان را در ریشه و اندام های زایشی نشان می دهند، درحالی که ژن های مسیر MEP بیشتر در بافت های فتوسنتزی بیان می شوند. این نتایج می تواند به درک چگونگی تولید پیش سازهای ایزوپرینوئیدها از طریق دو مسیر با جایگاه متفاوت کمک کرده و همچنین سازماندهی شبکه های ژنی و تنظیم آن ها در شرایط، بافت ها و مراحل نموی مختلف را آشکار می سازد.