مطالعه آنزیمی و بیوانفورماتیکی باکتری های بومی کوتینازی

کوتین پلیمری است که از تراکم و اکسیدشدن اسیدهای چرب در گیاهان به وجود آمده و نقش کلیدی در حفاظت از گیاهان در برابر عوامل بیماری زا ایفا می کند. کوتیناز یک آنزیم هیدرولازی است که کوتین را تجزیه می کند. هدف این پژوهش استخراج کوتین سیب قرمز،  بررسی فعالیت باکتری های تولید کننده آنزیم کوتیناز در محیط LB و تحلیل های بیوانفورماتیکی است. بدین منظور، از پوست میوه سیب قرمز و به کمک بافر اگزالات، کوتین جداسازی شد. سپس سویه های تولیدکننده آنزیم که قبلا جداسازی شده اند، در داخل پلیت های حاوی محیط کشت کوتین تلقیح داده شدند. پس از کشت اولیه، باکتری ها را در محیط LB کشت داده و به کمک سوبسترای اختصاصی پارانیتروفنول بوتیرات فعالیت کوتینازی نمونه ها سنجیده شد. به منظور انجام تحلیل های بیوانفورماتیکی، توالی جداسازی شده شش نمونه باکتریایی تولیدکننده آنزیم کوتیناز در پایگاه های محاسباتی تحلیل شد و درخت فیلوژنتیکی هر توالی تهیه شد. سپس، توالی آنزیمی نمونه های تولیدکننده کوتیناز بررسی و با رسم درخت فیلوژنتیکی میزان شباهت این توالی ها تحلیل شد. نتایج نشان داد که کوتینازهای پروکاریوتی از یوکاریوتی جدا شده اند. در ادامه، توالی ناحیه 16S rDNA این نمونه ها به همراه توالی نمونه های جدید، ارزیابی شده و روابط فیلوژنتیکی این گونه ها تعیین شد. این تحلیل نشان  داد که توالی جدید در کنار نمونه های باکتریایی قرار می گیرد؛ بنابراین، احتمالا آنزیم کوتیناز نمونه های شناسایی شده، از نظر ساختار و کارکرد با آنزیم کوتیناز این باکتری ها، ممکن است شباهت زیادی داشته باشد.