مقایسه روش های مختلف لایه بندی جمعیتی گاوهای سرابی و نجدی با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم

تاکنون از روش های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود درکل ژنوم (چند شکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP)) استفاده شده است که هر کدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در پژوهش حاضر از خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر داده کاوی است، برای بررسی ساختار جمعیت گاوهای سرابی و نجدی استفاده شد. جمعیت مورد مطالعه 424 راس گاو شامل 213 راس گاو نجدی و 211 راس گاو سرابی بود که باChip 40 K v 2 Illumina Bead برای نشانگرهای تک نوکلئوتیدی تعیین توالی شدند. برای تجزیه ساختار جمعیت از بسته ی نرم افزاری (SPIN) SORTING POINTS INTO NEIGHBORHOOD  استفاده شد. بعد از ویرایش داده ها، 27859 نشانگر اتوزومی تجزیه و تحلیل شدند. خوشه بندی بر اساس شباهت ها و تفاوت های نوکلئوتیدها، منجر به طبقه بندی دو جمعیت پایه و نه زیر جمعیت شد. در مقایسه با سایر روش های موجود برای لایه بندی جمعیت، در حال حاضر روش SPIN با توجه به عدم نیاز به فرض های پیشین، کارایی مناسبی جهت تجزیه و تحلیل ساختار جوامع دارد.