در سال های اخیر یکی از انتقاداتی که به سازمان بورس وارد می کردند، داشتن سهام بیش از سقف در شرکت سپرده گذاری مرکزی بود اتفاقی که بارها در سال های اخیر محل مناقشه بین این دو گروه بود، چرا که منتقدان معتقد بودند سازمان بورس بیش از سقف سهام در اختیار دارد و سازمان هم اعتقاد داشت که این شرکت قبل از ابلاغ قانون تشکیل شده و به دلیل نقش راهبردی این شرکت بهتر است سازمان بورس همچنان به عنوان سهامدار عمده آن باشد.

از طرفی با توجه به درآمد خوبی که این شرکت از محل وثیقه سهام داشت بسیاری از فعالان بورس را ترغیب می کرد تا به دنبال این سهام باشند اما درنهایت این سازمان بورس بود که تصمیم گرفت برای رعایت