در دوره دولت دهم او هم مانند بسیاری از چهره های اصلاح طلب دانشگاهی نه تنها از صحنه فعالیت های اجرایی بلکه به صورت غیررسمی از بسیاری از محافل علمی نیز کنار گذاشته شد، چنان که دانشجویانش در شبکه های اجتماعی با ایجاد صفحه و راه اندازی کمپین تلاش کردند تا از کمرنگ شدن نام او در عرصه آکادمی جلوگیری کنند. با روی کار آمدن دولت تدبیر و امید و ایجاد تغییرات در وزارت علوم و دانشگاه نام هادی خانیکی هم از سایه سال های گذشته خارج شد اما حالامشاور رییس جمهور در امور رسانه و مطبوعات و معاون فرهنگی و اجتماعی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در زمان ریاست جمهوری محمد خاتمی تغییرات دانشگاه را نه به عنوان بخشی از