تحولات فکری - ساختاری و تغییر کارکرد سازمانی سپاه برای تبدیل وضعیت از نیروی امنیتی به نیروی نظامی، حداقل تحت تاثیر سه عامل اساسی شامل؛ وقوع جنگ، اشغال سرزمین ایران و بن‎بست نظامی پس از شکست در آزادسازی مناطق اشغالی در سال اول جنگ صورت گرفته است. به این شکل که تهدیدات امنیتی عراق در استان‎های غربی با حمایت از گروه‎های تجزیه طلب، همراه با تجاوزات مرزی دشمن قبل از آغاز جنگ، موجب مقابله سپاه با تهدات امنیتی در داخل شهرها و حضور در مرز شد. ساختار و سازمان سپاه که به تناسب ماموریت‎های جدید شکل گرفته بود، با برخورداری از اطلاعات امنیتی و نظامی، همراه با نگرانی از خطر جنگ، به تدریج زمینه‎های مشارکت سپاه را برای دفاع در برابر متجاوز فراهم کرد. تداوم حضور و مقاومت در برابر ارتش عراق در آغاز جنگ و در معابر وصولی و ضرورت سازماندهی و فرماندهی نیروها، منجر به تشکیل «ستاد عملیات جنوب» در خوزستان، بمثابه ستاد فرماندهی، هماهنگی و پشتیبانی نیروها در مهرماه سال 1359 شد. مواجهه سپاه با نیروهای دشمن در مناطق اشغالی و شناسایی از مواضع و نیروهای دشمن با تشکیل خطوط پدافندی، شناخت از دشمن و ایجاد آمادگی روحی و رزمی برای طراحی عملیات ایذایی و محدود علیه دشمن را فراهم کرد. در این فرآیند، سپاه علاوه بر شناخت و اشراف اطلاعاتی بر دشمن و زمین، به تدریج اهمیت برخورداری از سازمان رزم، تجهیزات و طراحی مانور را درک و در عملیات‎های محدود مورد استفاده قرار داد. در این فرآیند، اراده جنگیدن در کنار مهارت ذهنی و عملی، دو ضلع اصلی قدرت فرماندهی و عملیاتی سپاه را شکل می‎داد که در مواجهه عملی مورد آزمون قرار گرفته و باورپذیر شده بود. چنانکه ادراک از محدودیت‎های سازمانی - تجهیزاتی سپاه و کشور، همچنین بهره‎برداری از آموخته‎های تجربی در مواجهه با دشمن، موجب استفاده از تاکتیک شکستن خطوط دفاعی دشمن با استفاده از نیروی پیاده شهادت‎طلب و تاریکی هوا شد. در واقع برای انهدام قدرت و سازمان دفاعی دشمن، متکی بر شناخت دقیق از زمین و دشمن، از طریق رخنه و عملیات در شب اقدام می‎شد. همچنین برای تثبیت مواضع تصرف‎ شده نیز از آتش توپخانه ارتش و مهندسی جهاد سازندگی برای ایجاد استحکامات استفاده می‎شد. به صورت تدریجی، ضرورت پیشروی در عمق مواضع دشمن، موجب تاکید بر پشتیبانی هوایی و تاسیس یگان زرهی و توپخانه شد. درواقع گسترش سازمان و تامین تجهیزات مناسب، بخشی از کاستی‎های سپاه برای جنگیدن در برابر دشمن بود که به تدریج مورد توجه و تاکید قرار گرفت. توانمندی جذب، آموزش، سازماندهی و به کارگیری نیروهای پیاده و تجهیز آنها در درون سازمان رزم سپاه برای انجام ماموریت دفاعی - تهاجمی، نتایجی را از نظر عملیاتی بهمراه داشت که شاکله تفکر تاکتیکی - عملیاتی سپاه بر اساس آن بنا شد. سپاه در کنار ادراک از اهمیت اشراف اطلاعاتی، برخورداری از سازمان رزم و تجهیزات مناسب برای موفقیت در طراحی و اجرای مانور عملیاتی و فرماندهی نیروها، اهمیت و تاثیر آتش پشتیبانی توپخانه و هوایی را بهمراه استفاده از قدرت زرهی در مرحله «آزادسازی مناطق اشغالی» به صورت جدی‎تری در مقایسه با مرحله قبل ادراک و مورد تاکید قرار داد. سازمان رزم سپاه در مرحله جدید، همچنان متکی بر نیروهای داوطلب مردمی بود که سطح و میزان تاثیرگذاری قدرت رزمی سپاه را نمایان می‎کرد. سازمان توپخانه و یگان زرهی هرچند در سازمان رزم سپاه ایجاد شد، ولی شکستن خطوط و پیشروی در عمق همچنان به دلیل فقدان یگان زرهی، مانند مرحله قبل با دشواری صورت می‎گرفت. به همین دلیل، استفاده از موفقیت پس از شکستن خطوط دفاعی دشمن، با پیشروی سریع در عمق مواضع و تامین اهداف صورت نمی‎گرفت. با توضیح یاد شده، با وجود تغییر در ماهیت جنگ در خاک عراق، سپاه برای شکستن خطوط دفاعی دشمن و پیشروی در عمق و حفظ مواضع تصرف ‎شده، همانند مرحله آزادسازی عمل می کرد. روش آزمون و خطا در این مرحله به دلیل تغییر در ماهیت جنگ و افزایش حمایت همه‎جانبه از عراق، موجب جنگ فرسایشی در خاک عراق شد و زمان به زیان ایران تغییر کرد و در نتیجه فرصت استفاده از ابتکار عمل و برتری عملیاتی در کسب پیروزی نظامی بر عراق، به تدریج محدود شد. عراق برای اعمال فشار سیاسی به ایران و خاتمه دادن به جنگ، همچنین خنثی‎سازی تاثیر برخی پیروزی‎های تاکتیکی ایران، حمله به زیرساخت‎های اقتصادی و نفتی را در کنار تحریم و کاهش قیمت نفت و حمله به مردم بی‎دفاع در مناطق مسکونی را به استراتژی دفاعی خود اضافه کرد. با آشکار شدن ناتوانی نظامی ایران برای دستیابی به یک پیروزی بزرگ در یک منطقه استراتژیک و پایان دادن به جنگ، در چند مرحله استراتژی سپاه در جنگ، مورد بررسی و بازبینی قرار گرفت که به شرح زیر است:

مرحله اول در آغاز سال 1362؛ پس از عملیات رمضان و والفجر مقدماتی، ناکامی نظامی و تشدید اختلاف با ارتش برای انتخاب منطقه عملیات، طراحی مانور و فرماندهی نیروها.

مرحله دوم در سال 1364؛ پس از عملیات خیبر و بدر و قبل از فتح فاو، با تاکید بر گسترش سازمان و عملیات مستقل از ارتش.

مرحله سوم در سال 1366؛ پس از عملیات کربلای 8 و بن بست جنگ در جبهه جنوب.

مرحله چهارم در سال 1367؛ پس از سقوط فاو و خطر حمله عراق به اهواز، به صورت محدود.

در ارزیابی علت ناتوانی در کسب پیروزی در عملیات، برای نخستین بار تغییر در شرایط جنگ با توجه به تغییر در ماهیت جنگ پس از فتح خرمشهر، مورد بحث قرار گرفت و بر نتایج زیر تاکید شد:

توانمندی‎های تاکتیکی و عملیاتی و استعداد نیروی انسانی، برای تامین اهداف نظامی در خاک دشمن پاسخگو نیست.

شکستن خط با نیروی پیاده در شب به منظور انهدام قوای نظامی دشمن، همچنین تثبیت منطقه تصرف شده، با توان رزم، سازمان و تجهیزات سپاه تناسب ندارد.

حفظ مواضع تصرف شده و تثبیت آن، بدون آتش توپخانه و ایجاد استحکامات و پشتیبانی هوایی، دشوار و پرتلفات خواهد بود.

پیشروی در عمق مواضع دشمن، نیازمند پشتیبانی آتش هوایی و توپخانه و اقدامات لجستیکی است.

در واقع تجربه به دست آمده در دوره آزادسازی مناطق اشغالی، با نظر به تغییر در ماهیت جنگ و دکترین عراق از تهاجمی به دفاع مطلق در خاک خود، به دلیل کوتاه ‎شدن خطوط پشتیبانی از یگان‎های رزم، پاسخگوی نیازهای مرحله جدید نبود. با این وجود، به جای ایجاد تناسب لازم میان اهداف با منابع در کشور، همچنین تغییر در تاکتیک و مانور عملیات و زمین برای تامین اهداف نظامی، منطقه نبرد در چند مرحله تغییر کرد. در این فرآیند، عملیات در سه منطقه رملی در عملیات‎های والفجر مقدماتی و والفجر یک، عبور از رودخانه اروند در عملیات فاو و کربلای چهار، همچنین عملیات در دشت باز و در برابر استحکامات دفاعی چندلایه عراق در عملیات رمضان و کربلای پنج، انجام شد. هوشیاری عراق نسبت به تاکتیک و جغرافیای منطقه عملیات، جنگ را از نظر تاکتیکی در منطقه جنوب با بن بست همراه کرد و انتقال جنگ از جنوب به شمال غرب در نیمه دوم سال 1366، فرصت لازم را برای تغییر استراتژی عراق از دفاعی به تهاجمی فراهم کرد. با این توضیح، دشواری‎های پیروزی نظامی در جنگ در دو سطح ایجاد شد: یکی در سطح سیاسی برای هدف‎گذاری، تامین پشتیبانی و تبدیل پیروزی‎های نظامی به دستاوردهای سیاسی که همیشه در نوسان بود و دیگری در سطح نظامی که پیروزی بر ارتش عراق مستلزم تصرف سرزمین و انهدام ارتش عراق، با توسعه سازمان رزم و نیروی انسانی بود. برای تصرف زمین باید علاوه بر عبور از خطوط چندلایه در جنگ سخت با دشمن، منطقه تصرف شده با ایجاد استحکامات در برابر ضدحملات و حملات توپخانه‎ای، هوایی و شیمیایی دشمن، تامین می‎شد. مساله اساسی در عملیات‎های نظامی، دشواری‎های تحکیم و تامین منطقه تصرف ‎شده و انهدام ارتش عراق بود، در حالی که نه تنها توانایی لازم در این زمینه وجود نداشت، متقابلا با گذشت زمان، هزینه و تلفات جنگ برای ایران رو به افزایش بود. با وجود یک سال تلاش برای بسیج نیرو و طراحی عملیات، پس از یک رویارویی سخت و پیروزی تاکتیکی پس از انهدام توان نظامی ارتش عراق و آسیب رسیدن به توان نظامی ایران، عراق زودتر از ایران قوای نظامی خود را بازسازی و از آمادگی نظامی برای دفاع از تهاجمات نظامی ایران برخوردار شد. درواقع تاکتیک عملیاتی سپاه و میزان پشتیبانی کشور از جنگ، نه موجب تصرف یک منطقه استراتژیک (غیر از فاو) ‎شد و نه انهدام اساسی ارتش عراق را به‎دنبال داشت. در نتیجه سرنوشت جنگ بیش از آنکه تابع استراتژی ایران و نتایج عملیات های نظامی باشد، تابع شکل‎گیری موازنه نیروها بود که تغییر آن به زمان نیاز داشت. در حالی که عمده قوا و تمرکز فرماندهی سپاه در استان سلیمانیه بود، حمله عراق به فاو، نقطه تعیین‎کننده در تغییر موازنه نیروها و شکل‎گیری روند خاتمه جنگ بود که موجب پذیرش قطعنامه 598 از سوی ایران و عقب نشینی از مناطق تصرف‎ شده در خاک عراق شد. در این فرآیند، دکترین دفاعی عراق با هدف «دفاع از تمام سرزمین و اجتناب از عقب نشینی» با «حفظ و توسعه توان نظامی» به «رویکرد تهاجمی» تغییر کرد. به این شکل که: عمق دادن به مواضع دفاعی و استحکامات چندلایه، با ایجاد مواضع و میادین مین که مانع از پیشروی سریع و کم‎تلفات قوای نظامی ایران می‎شد. در واقع نیروی مهاجم دچار آسیب و به سازمان آن ضربه وارد می شد. در حالی که امکان مقاومت مدافع افزایش پیدا می‎کرد. حفظ توان نظامی و تهاجمی عراق، با قراردادن نیروهای ضعیف در خط مقدم و خارج کردن نیروهای اصلی از خط و جلوگیری از انهدام آنها. سازماندهی و آمادگی نیروهای ورزیده سپاه گارد برای ضدحمله، در صورت از دست دادن مواضع دفاعی. بنابراین نحوه پایان جنگ در سال 1367، با پذیرش قطعنامه 598، حاصل یک روند 6 ساله بود که ریشه در مشخصه های استراتژی ایران و عراق، میزان برخورداری طرفین از توان و منابع برای جنگ طولانی، همراه با تاثیر مداخله خارجی داشت.