فهرست مطالب عبدالرحیم آبسالان
-
آلاینده های شیمیایی مختلف اثرات جبران ناپذیر برسلامت انسان و اکوسیستم دارند. زیست پالایی یکی از روش هایی میباشد، که برای از بین بردن آلودگیهای محیطی مورد استفاده قرار میگیرد. میکروارگانیسمهای مختلف از جمله نوکاردیاها،گروهی از باکتریها با پتانسیل بالا برای تولید متابولیت های ثانویه و فعال از نظر زیستی هستند که توانایی فعالیت زیست پالایی را دارند. این مطالعه با هدف غربالگری و شناسایی گونه های نوکاردیا با پتانسیل تخریب زیستی از اکوسیستم های متنوع ایران انجام شده است.روش کارایزوله ها از 90 نمونه محیطی جدا شده و با استفاده از روشهای میکروبیولوژیکی متداول و مولکولی از جمله تجزیه و تحلیل توالی 16rRNA و rpoB جداسازی شناسایی شدند. از آنالیز میزان رشد در حضور آلایندهها، کروماتوگرافی، و روش گیبس برای تعیین توانایی زیست پالایی ایزولهها استفاده شد.نتایجدر مجموع 19 ایزوله نوکاردیا از نمونه ها (1/21٪) که متعلق به 10 گونه مختلف بودند، بازیابی شدند. شایعترین گونه های نوکاردیای جدا شده به این ترتیب بودند: ن. فارسسینیکا، 4 ایزوله (21٪)؛ ن. سیریاسی جرجیکا و ن. کاشی جینسیس ، هر کدام 3 ایزوله (7/15٪)؛ ن. آستروییدس و ن. کراپنستدتی، هر کدام 2 ایزوله (5/10٪). تایج مطالعه ما نشان داد که ایزوله های مورد بررسی واجد توانایی زیست پالایی PAH، فنل و دیگر مشتقات نفت میباشند.بحث و نتیجه گیرینتایج ما نشان داد که گونه های مختلف نوکاردیا موجود در منابع زیست محیطی ایران، دارای پتانسیل زیادی در زیست پالایی آلایندههای شیمایی در محیط هستند که میتوان از آنها در فرآیندهای تجزیه زیستی استفاده کرد،کلید واژگان: 16srRNA, نوکاردیا, فیلوژنی, زیست پالایی, HPLC}IntroductionAnthropogenic pollutants are known to have adverse effect on ecosystem, and human health. Biodegradation is an option that has been widely used to remediate organic contaminants and reduce the risk of these hazardous materials. Microorganisms are readily available to screen and can be rapidly characterized to be applied in many extreme environmental conditions. Actinomycetes have a great potential for the production of bioactive secondary metabolites which have biodegradation activity. This study aimed to screen and characterize Nocardia species with biodegradation potential from diverse Iranian ecosystems.MethodsThe isolates were screened from 90 collected environmental samples, identified and characterized using conventional and molecular microbiological methods including the PCR amplification and sequencing analysis of 16S rRNA and rpoB genetic markers. Growth rate in presence of pollutants, chromatography, Gibbs and turbidometric methods were used to determine bioremediation ability.ResultsA total of 19 Nocardia isolates were recovered from the cultured samples (21.1%) that belonged to 10 various species. The most prevalent species was N. farcinica; 4 isolate (21%), followed by N. cyriacigeorgica and N. cashijiensis; 3 isolates each (15.7%) and N. asteroides 2 isolates (10.5%). In this study isolates showed biodegradation activity against PAHs, phenol and oil derivations. Discussion andConclusionOur results showed that various Nocardia species isolated from Iranian ecosystems have great potential for biodegradation of environmental contaminant, therefore we can used this bacteria in bioremediation process, although they have not received much attention for such significant usage.Keywords: Nocardia bioremediation, 16S rRNA, sequencing phylogeny}
-
مقدمهتعیین ساختار سوم پروتئین ها با استفاده از روش کریستالوگرافی اشعه X ، روشی زمان بر بوده که نیازمند تسهیلات خاص و اپراتور های متخصص می باشد. تعیین ساختار سوم با استفاده از روش های بیوانفورماتیک برای مطالعات آزمایشگاهی و به ویژه اکتشاف داروها و ارتباطات تکاملی ارزشمند است. در مطالعه حاضر با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی و پایگاه های اطلاع رسانی، ساختارهای سوم انواع کانال های سدیمی انسان تعیین و ارتباطات تکاملی آن ها بررسی شد .مواد و روش هاتوالی های آمینو اسیدی کانال های سدیمی از Uniprot به دست آمد و از SWISS-MODEL جهت پیشگویی ساختار سوم استفاده شد. ساختار سوم این کانال ها با استفاده از نرم افزار SWISS-MODEL با استفاده از الگوریتم تعریف شده برای Protein BLAST ، پیشگویی شدند . ساختارهای پیشگویی شده با استفاده از نرم افزار Molegro Virtual Viewer تصویربرداری شد. برای تعیین ارتباطات تکاملی انواع کانال های سدیمی از نرم افزار Mega 5 جهت رسم درخت فیلوژنی براساس توالی کانال ها، استفاده شد. شناسایی ارتباطات متقابل کانال های سدیمی وابسته به ولتاژ از طریق نرم افزار String db صورت گرفت .یافته هابر اساس اطلاعات پایگاه داده-های نورون، 9 نوع کانال یونی سدیم در انسان وجود دارد که به صورت SCN1A-5A و SCN8A-11A نام گذاری می-شوند . نرم افزار SWISS-MODEL تنها قادر به پیشگویی برخی دمین های کانال های سدیمی با درصد شناسایی بالا می باشد. درصد یکسانی توالی ها برای هر کانال های سدیمی وابسته به ولتاژ متفاوت و از 57/16 درصد (SCN4A) تا 100 درصد (برای SCN2A و SCN5A) متغیر بود. نتایج حاصل از انجام هم ترازی توالی ها (BLAST) و ترسیم درخت فیلوژنیک، حاکی از آن است که پروتئین کانال سدیمی حیواناتی نظیر شامپانزه، میمون و گوریل نسبت به سایر جانوران، دارای درصد تشابه توالی بیشتری با انسان هستند .نتیجه گیریدر اغلب موارد SWISS-MODEL برای پیشگویی ساختار سه بعدی پروتئین های کانال سدیمی مناسب نمی باشد. بنابراین پیشنهاد می شود که در مدل-های آزمایشگاهی مطالعات کانال های سدیمی و طراحی یا ارزیابی داروها بهتر است از حیوانات فوق الذکر استفاده شود. در این صورت نتایج حاصل از کارآزمایی های حیوانی قابلیت تعمیم بیشتری به انسان خواهند داشت .کلید واژگان: ساختار سه بعدی پروتئین, زیست شناسی محاسباتی, کانال های سدیمی, فیلوژنی}IntroductionTertiary (3D) structure determination using X-ray diffraction crystallography is a time consuming method, needs special facilities and expert operators. 3D structure determination by bioinformatics software is worth in experimental research, especially for drug discovery purposes and evolutionary relationships. Using computational biology software and databases, we have determined probable 3D structure of human voltage-gated sodium ion channels (VGSCs) and their developmental associations.Materials And MethodsAmino acid sequences of VGSCs were obtained from Uniprot and used to predict their 3D structure using SWISS-MODEL server and by its definitive algorithm for protein basic local alignment search tool (BLAST)-(followed by visualization using Molegro Virtual Viewer software). Phylogenic tree was plotted using Mega 5 application for VGSCs sequences. VGSCs interactions were determined by String-db server.ResultsAccording to the Neuron data-base, there are 9 types of human VGSCs named SCN1A-5A and SCN8A-11A. SWISS-MODEL software was just only able to predict some domains of VGSCs with high identity percentages. The identity percentages were variable for each VGSC and varied from 16.57% (SCN4A) to 100% (SCN2A, SCN5A). Blast results and drawing phylogenetic trees practice showed that animals, such as chimpanzee, gibbon, and gorilla have the most similar protein sequences.ConclusionIn most cases, modeling using SWISS-MODEL is not enough decisive for prediction of protein 3D structure. Thus, we propose that researchers use mentioned animals for experiments of VGSCs, characterized structures for bioinformatics and drug designing surveys. In this case, the results of animal trials could be generalized to human more precisely.Keywords: Protein Structure, Tertiary, Computational Biology, Sodium Channels, Phylogeny}
-
همزمان با گسترش روز افزون فناوری نانو، نگرانی های بسیاری در مورد خطرات احتمالی نانو مواد برای سلامتی انسان و محیط زیست به وجود آمده است. دو فاکتور مهم در سمیت این قبیل مواد، ترکیب شیمیایی و اندازه بسیار کوچک آنها است. طی بررسی حاضر، راه های مواجهه و خطرات احتمالی نانو ذرات برای محیط زیست و انسان مورد بحث قرار خواهد گرفت. مواجهه جانداران با نانو ذرات از طریق آب، هوا و خاک می باشد. از جمله مهمترین اثرات زیست محیطی نانو مواد می توان به ایجاد آسیب مغزی و تاخیر در زاد و ولد برخی ماهی ها، کاهش رشد ریشه گیاهان و تغییر در جمعیت میکروبی آب و خاک اشاره کرد. راه های اصلی مواجهه جمعیت های انسانی با نانو ذرات از طریق استنشاق، پوست و گوارش می باشد. نانو ذرات استنشاق شده علاوه بر اثرات سمی بر ریه، با ورود به جریان خون در تمام بدن پراکنده می شوند و باعث بروز اثراتی چون مسمومیت حاد و مزمن، تحریک، خوردگی بافت، ایجاد حساسیت و عوارض سرطانزایی، جهش زایی و سمیت برای سیستم تولید مثل می شود. ضمن اینکه ورود آنها به سلول می تواند باعث اختلال در عملکرد آن نظیر همانند سازی DNA گردد. ورود فناوری نانو به عرصه بهداشت، درمان و تولید لوازم آرایشی در سال های اخیر در حالی صورت گرفته است که به هیچ وجه نمی توان اثرات بهداشتی احتمالی آنها را نادیده گرفت.
کلید واژگان: فناوری نانو, نانو ذرات, محیط زیست, مواجهه, سلامتی انسان} -
مجله دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی یزد، سال نوزدهم شماره 3 (پیاپی 80، امرداد و شهریور 1390)، صص 323 -328مقدمه
سکته قلبی، یکی از عمده ترین علل مرگ و میر در جوامع مختلف، با تشکیل لخته در شریان های کرونر قلب ایجاد شده که اقدامات لازم برای لیز نمودن سریع لخته نقش مهمی در درمان بیماران دارد، برخی گزارشات حاکی از تداخل برخی عناصر در تشکیل و لیز لخته می باشد. هدف از این مطالعه بررسی تاثیر سه عنصر آلومینیوم، روی و مس بر فرآیند تشکیل و لیز شدن لخته در شرایط خارج بدن بوده است.
روش بررسیدر این مطالعه کارآزمایی آزمایشگاهی پلاسمای سیتراته تازه از افراد سالم و ناشتا تهیه و مخلوط شد، سپس پلاسمای مخلوط به چهار گروه برای تاثیر روی، مس، آلومنیوم و گروه شاهد تقسیم گردید. برای القای انعقاد از کلرور کلسیم و برای لیز لخته از آنزیم استرپتوکیناز کمک گرفته شد و فرآیند انعقاد و لیز لخته به روش کدورت سنجی و با تعیین تغییرات جذب نوری پیگیری و با رسم منحنی کینتیکی کمیت های زمان تاخیر انعقاد، زمان انعقاد، زمان تاخیر در شروع لیز شدن و زمان لازم برای نیمه لیز شدن لخته محاسبه گردید. برای آنالیز داده ها از ویرایش 11 نرم افزارSPSS و تست t مستقل استفاده و ارزش آماری مساوی یا کمتر از 05/0 معنی دار تلقی شد.
نتایجدر مقایسه با شاهد، افزودن روی زمان تاخیر انعقاد(4/4±8/216 در برابر 6/2±2/229 ثانیه، 001/0=P) و افزودن مس زمان انعقاد را کاهش دادند(7/3±4/194 در برابر 5/3±280 ثانیه، 001/0=P). افزودن آلومینیوم در مقایسه با شاهد، زمان تاخیر در شروع انعقاد(8/8±6/563 ثانیه، 001/0=P)، زمان تاخیر در شروع فیبرینولیز(6/3±194 ثانیه، 001/0=P)، زمان انعقاد(7±484 ثانیه، 001/0=P) و زمان لازم برای نیمه لیز شدن لخته(1/6±328 ثانیه، 001/0=P) را افزایش داد.
نتیجه گیرینتایج نشان می دهند که عناصر کمیاب ضروری نظیر روی و مس در غلظت های پایین تاثیر قابل توجهی بر سیستم انعقاد و فیبرینولیز ندارند، در حالی که آلومنیوم به عنوان یک عنصر سمی حتی در غلظت های بسیار پایین نیز در فرآیندهای فوق تداخل ایجاد نموده و آنها را به مقدار زیادی مهار می نماید.
کلید واژگان: انعقاد, فیبرینولیز, استرپتوکیناز, عناصر کمیاب}Journal of Shaeed Sdoughi University of Medical Sciences Yazd, Volume:19 Issue: 3, 2011, PP 323 -328IntroductionMyocardial infarction as a leading cause of death in most populations is associated with blood clot formation in coronary artery, and rapid clot lysis is important for patient treatment. Some reports have indicated the effects of some trace elements on blood coagulation and clot lysis. The aim of this study was to evaluate the effects of zinc, copper and aluminum on in-vitro coagulation and clot lysis by streptokinase.
MethodsThe citrated fasting fresh-pooled plasma prepared from healthy individuals was divided to zinc, copper, aluminum and control groups. Calcium chloride and streptokinase were used for induction of plasma coagulation and Fibrinolysis, respectively. Clot formation and lysis were monitored turbidimetrically, and quantitative parameters including lag time for coagulation, clot lysis, time of coagulation and time for half lysis were calculated after plotting a kinetic curve of time versus absorbance. SPSS software and independent t-test were used for statistical analysis.
ResultsIn comparison with control, addition of zinc reduced lag time of coagulation(216.8±4.4 vs 229.2±2.6 sec, P= 0.001) and copper reduced coagulation time(194.4±3.7 vs 280±3.5 sec, P= 0.001). Addition of aluminum increased lag time for coagulation(563.6±8.8 Sec, P= 0.001), lag time for clot lysis(194±3.6 sec, P= 0.001), coagulation time(484±7 sec, P= 0.001), and time for half lysis of clot (328.4±6.1 sec, P=0.001).
ConclusionResults indicated that essential trace elements including zinc and copper at low levels do not have important effects on coagulation and fibrinolysis, but aluminum as a toxic element affects these processes and partially inhibits them even at very low levels.
-
سابقه و اهدفسطوح آلوده همواره بعنوان یکی از راه های انتقال بیماری در مراکز بهداشتی-درمانی مطرح بوده اند. لذا استریل کردن مناسب سطوح، بویژه در بیمارستانها می تواند راهی مؤثر در کنترل عفونتهای بیمارستانی باشد. در این مطالعه اثر ضد باکتریایی ترکیب پراکسید هیدروژن (H2O2) و نقره (Ag+) بر باکتری های اشرشیا کلی، پروتئوس میرابیلیس و کلبسیلا پنومونیه بر سطح استیل نشان داده شده است.روش بررسیاین مطالعه از نوع تجربی می باشد. ابتدا سطح یک میز فلزی به 30 قسمت، هر باکتری 10 قسمت، و در ابعاد 20×20 علامت گذاری گردید. در طی سه مرحله متفاوت، ابتدا این سطوح با الکل و آتش استریل، سپس توسط سوسپانسیون غلیظی از باکتری ها آلوده و در نهایت با محلولی حاوی ppm30 H2O2 و ppb30 Ag+ تماس داده شدند. بعد از هر مرحله، کشت باکتریایی روی محیط ائوزین متیلن بلو انجام گردید. پس از 24 ساعت انکوباسیون در c◦37 کشتها رشد یا عدم رشد باکتری ها قرائت و نتایج بدست آمده با آزمون McNemar تجزیه و تحلیل گردید.یافته هاآنالیز نتایج نشان داد تفاوت معنی داری بین وضعیت رشد باکتری ها قبل و بعد از اعمال ترکیب H2O2 و Ag+ وجود دارد (008/0P=، 014/0P= و 002/0P= به ترتیب برای اشرشیاکلی، کلبسیلا پنومونیه و پروتئوس میرابیلیس).
بحث: تحقیقات قبلی عمدتا متمرکز بر گندزدایی بخار H2O2 بوده است. در اینجا ما نشان دادیم ترکیب مایع H2O2 همراه با Ag+ به خوبی باعث ممانعت از رشد باکتری های بیماریزا بر روی سطح می شود. لذا تاثیر این ترکیب بر گندزدایی سطح اشیا در مراکز بهداشتی-درمانی قابل بررسی می باشدکلید واژگان: رشد باکتریایی, پراکسید هیدروژن, یون نقره, گندزدایی سطوح}BackgroundInfected surfaces are a means of transporting infection, especially in health-care centers. Thus an appropriate sterilization method can help controlling hospital infection. In this study the antibacterial effect of Hydrogen peroxide and silver ions composition (H2O2 + Ag+) on growth inhibition of Escherichia Coli as well as Proteus Mirabilis and Klebsiella Pneumonia on a steel surface were tested.MethodInitially we sterilized each 10-part bacterium, overall 30 steel surfaces using alcohol and fire. Then we contaminated the surfaces with a heavy suspension of aforementioned bacteria and contacted the H2O2+Ag+ solution (concentrations were 30 ppm ad 30 ppb respectively). After each step, bacterial cultures were performed on Eosin Methylen Blue (EMB) agar. Cultures were interpreted using Mc Nemar analysis method in 37O C after 24 h.ResultsStatistical analysis showed a significant difference before and after performing H2O2+ Ag+ solution (P= 0.008 for E.coli, P=0.014 for Klebsiella, P=0.002 for Proteus).ConclusionPrevious studies focused mostly on Hydrogen peroxide vapor disinfection, but here we indicated its effect as a surface disinfectant in the form of solution and composition with silver, a heavy metal with antibacterial property. Our future objective is to evaluate the effect of such disinfectant in hospital and health-care centers that is underway. -
سابقه و هدفبتا- تالاسمی ماژور یک اختلال ژنتیکی خونی است که مبتلایان به آن، نیاز مکرر به دریافت خون دارند. گزارشات مختلف حاکی از وجود اختلال در لیپیدها و لیپوپروتئین های پلاسما در این بیماران است. علی رغم شیوع نسبتا بالای تالاسمی در برخی از نواحی ایران، اطلاعات کمی در خصوص وضعیت لیپیدها و لیپوپروتئین های پلاسمائی در این بیماران در دسترس می باشد. لذا، هدف این مطالعه ارزیابی وضعیت لیپیدها و لیپوپروتئین های پلاسما در بیماران تالاسمی مراجعه کننده به مرکز انتقال خون یزد بوده است.مواد و روش هادر این مطالعه مقطعی، لیپیدها، لیپوپروتئین ها و لیپوپروتئین- آ[Lp(a)] سرم در 58 (32 زن و 26 مرد) بیمار بتا-تالاسمی ماژور با 68 (40 زن و 28 مرد) فرد سالم مقایسه شد. نمونه خون افراد سالم در اول صبح و در شرایط ناشتا و در مورد بیماران قبل از دریافت خون تهیه شد. کلسترول تام (TC)، تری گلیسرید (TG)، کلسترول لیپوپروتئین سنگین (HDL-C) و کلسترول لیپوپروتئین سبک (LDL-C) با استفاده از کیت های آزمایشگاهی با اصول آنزیمی و Lp(a) به روش الکتروایمونواسی اندازه گیری شدند. تست های آماری شامل t-test برای مقایسه لیپیدها و لیپوپروتئین ها، U-test برای مقایسه Lp(a) و آزمون همبستگی پیرسون برای تعیین ضریب همبستگی متغیرها، بودند.نتایجدر بیماران تالاسمی غلظت سرمی TC (7/17 ± 8/113)، HDL-C (8 ± 3/32) و LDL-C (7/14 ± 2/58) به طور معنی داری (001/0p<) از افراد سالم (6/30 ± 3/158، 2/9 ± 8/43، 4/26 ± 2/96) کمتر بود، در حالی که TG و Lp(a) در دو گروه اختلاف معنی داری نشان ندادند. 19 درصد بیماران و 27 درصد افراد سالم دارای غلظت Lp(a) پلاسمائی مساوی و یا بالاتر از 30 میلی گرم بر دسی لیتر بودند. بین لیپیدها و لیپوپروتئین ها با سن در دو گروه همبستگی معنی داری مشاهده نشد، ولی کلسترول و تری گلیسرید تنها در گروه شاهد با یکدیگر همبستگی مثبت (001/0p<، 5/0r=) نشان دادند.نتیجه گیرینتایج نشان می دهند که در بیماران تالاسمی ماژور کلسترول و لیپوپروتئین های ناقل آن در سرم در مقایسه با افراد سالم کاهش می یابند، در حالی که تری گلیسرید و Lp(a) در این بیماران تغییر نمی کنند. به نظر می رسد که اختلال در سیستم هورمونی نقش بیشتری در تغییر الگوی لیپیدهای پلاسما در بیماران تالاسمی داشته باشد. برای پی بردن به تاثیر قطعی شرایط مختلف بر وضعیت لیپیدها در این بیماران مطالعات بیشتری نیاز است.
کلید واژگان: بتا, تالاسمی, لیپیدها, لیپوپروتئین ها, لیپوپروتئین, آ}Backgroundβ thalassaemia is an inherited blood disorder that needs repeated blood transfusions. Serum lipid abnormalities have been repeatedly reported in these patients. Although thalassemia is common in some regions of Iran, there is little evidence on serum lipids and lipoproteins profile in these patients.�The aim of this study was to evaluate plasma lipids and lipoproteins in thalassemic patients referring to Yazd Blood Transfusion Center.Materials And MethodsIn this cross-sectional case-control study, serum lipids, lipoproteins and lipoprotein(a) from 58 patients (32 females, 26 males) with β thalassemia major, were compared to 68 (40 females, 28 males) age matched healthy control. Blood samples were taken after at least 12 hours fasting and before the patient's blood transfusion. Total cholesterol (TC), triglycerides (TG), and high-density lipoprotein-cholesterol (HDL-C), were determined enzymatically using laboratory test kits. Lipoprotein (a) assay was done by electro-immunoassay method. SPSS software (V.11), t-test and U-test were used to compare lipids, lipoprotein, and lipoprotein (a) and Pearson correlation test was used to determine the correlation between variables.Resultsβ thalassemic patients had significantly lower TC, HDL-C and LDL-C values compared to the control (113.8±17.7, 32.3±8, 58.2±14.7 vs 158.3±30.6, 43.8±9.2, 96.2±26.4, p<0.001), while serum TG and lipoprotein(a) levels had no significance difference in two groups. Nineteen percents of patients and 27% of controls had serum lipoprotein (a) levels equal to or higher than 30 mg/dl. There was no significant correlation between lipids, lipoproteins and age in two groups, however in control group a significant correlation was seen (r = 0.5, p < 0.001).ConclusionThe results indicate that in patients with β thalassemia major, cholesterol and its carrier lipoproteins are lower than those in the healthy controls, but triglycerides and lipoprotein (a) have no significant difference. It seems that endocrine disorders in patients with β thalassemia has more effects on serum lipid profile. Further studies are needed to clarify the exact effect of different conditions on lipid profile in thalassemic patients.
- در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو میشود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشتههای مختلف باشد.
- همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته میتوانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
- در صورتی که میخواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.