عذرا کنارکوهی
-
مقدمه
میکروسپوریدیوزیس یک عفونت فرصت طلب رو به افزایش در بیماران مبتلا به ویروس ایدز می باشد. پنج گونه میکروسپوریدیا شامل انتروسیتوزون بینوزی، انسفالیتوزون هلم، انسفالیتوزون کونیکولی، سپتاتا اینتستینالیس و گونه های پلیستوفورا که هرکدام طیف وسیعی از علایم ایجاد می کنند، در افراد آلوده به ویروس ایدز گزارش شده است. هدف از این مطالعه تعیین میزان شیوع میکروسپوریدیا در بیماران آلوده به ویروس ایدز به روش متاآنالیز و مرور سیستماتیک در ایران بود.
مواد و روش هابانک های اطلاعاتی Magiran, Scopus, Web of Sciences,، Iran Medex، SID Irandoc, Pubmed Google scholar, برای بررسی مطالعات گزارش شده در مورد «شیوع میکروسپوریدیا در بیماران مبتلا به ویروس ایدز در ایران» مورد مطالعه قرار گرفتند. متاآنالیز با استفاده مدل اثرات تصادفی انجام گرفت و ناهمگونی بین مطالعات با استفاده از آزمون I2 تعیین گردید.
یافته های پژوهشبر اساس داده های حاصل از مطالعات انجام گرفته، تعداد 1708 بیمار آلوده به ویروس ایدز در 8 مطالعه در ایران در فاصله بین سال های 1391 تا 1396 مورد بررسی قرار گرفته است. بر اساس نتایج میزان شیوع میکروسپوریدیا در بیماران افراد مبتلا به ویروس ایدز، با روش تشخیص مولکولی PCR 13 درصد (CI 95%: 18/0- 8/0) محاسبه گردید. میزان شاخص هتروژنتی در مطالعات (P<0.001)، 3/93I2= برآورد گردید. شایع ترین میکروسپوریدیا انتروسیتوزون بینوزی، ژنوتایب های D, M و WL-11، گزارش شده است، اما انسفالیتوزون اینتستینالیس، انسفالیتوزون کونیکولی (ژنوتایپ I, II) و انسفالیتوزون هلم (ژنوتایپ 1A) نیز از بیماران جدا شده است.
بحث و نتیجه گیریدر مطالعه حاضر مشخص شد میانگین شیوع میکروسپوریدیا در بیماران مبتلا به ویروس ایدز در ایران (00/13 درصد) با میانگین جهانی آن (15 درصد) هم خوانی دارد. شایع ترین میکروسپوریدیا در بیماران ایدزی انتروسیتوزون بینوزی ژنوتایپ D می باشد، این ژنوتایپ بین انسان و حیوان مشترک است و بیماران از تماس با حیوانات باید خودداری کنند.
کلید واژگان: میکروسپوریدیوزیس, عفونت های فرصت طلب, نقص سیستم ایمنیIntroductionMicrosporidiosis is an increasing opportunistic infection in patients with HIV/AIDS. There are five species of Microsporidia, including Enterocytozoon bieneusi, Encephalitozoon hellem, Encephalitozoon cuniculi, Septata intestinalis, and Pleistophora species that have been reported in HIV-infected individuals each causes a wide range of symptoms. This meta-analysis and systematic review aimed at determining the prevalence of Microsporidia in HIV-infected patients in Iran.
Materials & MethodsDatabases of Magiran, Scopus, Web of Sciences, Iran Medex, SID, Pubmed, Google scholar, and Irandoc were searched to investigate the studies on "Prevalence of Microsporidia in patients with HIV/AIDS in Iran". Moreover, the meta-analysis was performed using a random-effect model, and the heterogeneity among the studies was determined using the I2 test.
FindingsBased on the data obtained from the studies, out of 8 studies, 1794 patients with HIV/AIDS were investigated in Iran between 2012 and 2016. According to the results, the prevalence of Microsporidia in patients with HIV/AIDS was evaluated using the PCR technique (0.8-0.18: %95 CI, 13%). The amount of heterogeneity among the studies (P<0.001) was obtained at I2=93.3. The most common Microsporidia were Enterocytozoon bieneusi, D, M, and WL-11 genotypes. However, Encephalitozoon intestinalis, Encephalitozoon cuniculi (genotypes 1 and 2), and Encephalitozoon hellem (genotype 1A) were also isolated.
Discussion & ConclusionsThe present study showed that the mean prevalence of Microsporidia in patients with HIV/AIDS in Iran (13%) is close to its global mean (15%). The most common Microsporidia in HIV-infected patients is Enterocytozoon bieneusi (genotype D) which is a common genotype between humans and animals; therefore, the patients should avoid contact with animals.
Keywords: Immune deficiency, Microsporidiosis, Opportunistic infections -
زمینه و هدف
واکنش زنجیره پلیمراز(PCR) رایج ترین تکنیک در عرصه زیست شناسی مولکولی است که برای تکثیر یک توالی اختصاصی اسید نوکلئیک به کار می رود. پرایمرهای دژنره دارای توانایی تکثیر توالی های وابسته اما متفاوت هستند. هدف مطالعه حاضر استفاده از دو جفت پرایمر دژنره در ترکیب با Hemi Nested PCR برای تشخیص ناحیه V3-Loop ژن پوشش طیف وسیعی از ساب تایپ های ویروس HIV-1 است.
مواد و روش هادر مطالعه تجربی حاضر یک جفت پرایمر دژنره طراحی و بهینه سازی گردید و در ترکیب با Hemi Nested PCR برای تشخیص ناحیه V3-Loop ژن env طیف وسیعی از ژنوتیپ های ویروس HIV-1 که دارای تغییرات نوکلئوتیدی بسیار شدید است استفاده گردید. روش طراحی شده، برروی 40 نمونه سرم مثبت HIV، 10 کنترل منفی و ژنوم انسانی و 5 نمونه از هر کدام از ویروس های HBV،HCV،HGV،TTV انجام شد.
یافته هاپس از بهینه سازی، در 35 مورد از 40 نمونه مثبت باند مورد نظر مشاهده شد. در هیچ یک از نمونه های کنترل منفی انسانی و ویروسی هیچ باندی مشاهده نشد. علاوه بر آن در نمونه های مثبت باند غیر اختصاصی تشکیل نشده بود.
نتیجه گیریدر این مطالعه علاوه بر PCR متداول، از دو پرایمر دژنره با قابلیت اتصال به نواحی اختصاصی از ژنوم استفاده گردید. در حقیقت محصولات PCR واکنش اول به عنوان DNA الگو برای یک جفت پرایمر داخلی مورد هدف قرار می گیرد و منجر به تولید محصولاتی با اندازه های کوچک تر و با حساسیت بالاتر به دلیل دژنره بودن، خواهد بود. بر اساس یافته های مطالعه، روش طراحی شده دارای مزیت هایی شامل تایید محصولات اولیه و افزایش حساسیت روش تشخیص می باشد.
کلید واژگان: پرایمر دژنره برای PCR, ویروس نقص ایمنی انسان, V3, Loop, واکنش رونویسی معکوسBackgroundPolymerase chain reaction is the most common technique in the field of molecular biology that use for amplification of a specific nucleic acid sequence. Degenerate primers have ability to amplify related but distinct sequences. The aim of current study was to use, two sets of degenerate primers in combination with Hemi Nested PCR for detection V3-Loop sequence of envelope gene from wide spectrum of Human Immunodeficiency Virus (HIV) subtypes.
Material And MethodsIn this experimental study we designed and optimized, a degenerate primer pair in combination with Hemi Nested PCR, to detect HIV-1 V3 loop from Envelop gene that has wide variations among genotypes. The developed assay was used to check, 40 HIV infected, 10 negative controls as well as 5 samples from each HCV, HBV, HGV, and TTV were analyzed using developed method.
Resultsafter optimization, 35 out of 40 positive controls were positive using our test. None of the negative human and viral control samples showed specific band. Also, in positive samples, non-specific bands were not detected.
ConclusionIn this study moreover than standard PCR, we used two degenerate primers that could detect specific region of genome. In fact, first round of PCR product act as a template for second round inner primers and can produce smaller sequence with high sensitivity due to degeneracy. Based on the current investigation, the developed assay had advantages including product confirmation and hence more sensitivity.
-
زمینه و هدفویروس تورکوتنو اولین سیرکوویروس انسانی است که در سال 1997 در ژاپن از بیماران مبتلا به هپاتیت با عامل ناشناخته، جداسازی گردید. از آن زمان تا کنون مطالعات متعددی بر روی جنبه های مختلف عفونت زایی این ویروس انجام شده است. هدف مطالعه حاضر، شیوع ویروس تورکوتنو در مبتلایان به هپاتیتC شهر شیراز با استفاده از دو جفت پرایمر مختلف میباشد.
مواد و روشها: در این مطالعه توصیفی نمونه های خون 240 بیمار مبتلا به هپاتیت C مزمن مراجعه کننده به مرکز تحقیقات بالینی استاد البرزی شیراز از نظر وجود DNA ویروس تورکوتنو توسط روش واکنش زنجیره ای پلی مراز با استفاده از دو جفت پرایمر مختلف مورد مطالعه قرار گرفتند. نتایج با استفاده از نرم افزار SPSS و آزمون آماری کای دو تجزیه و تحلیل شدند.
یافته ها: از تعداد240 بیمار مورد مطالعه، 220 نمونه (92درصد) به وسیله پرایمرهای ناحیه 5 ́-UTRو 12 نمونه (5 درصد) به وسیله پرایمرهای ناحیه N22 مثبت بودند. براساس اطلاعات دموگرافیک، تفاوتی بین میزان شیوع ویروس تورکوتنو در جنس مرد و زن موجود نبود.نتیجه گیریشیوع ویروس تورکوتنو در بین بیماران مبتلا به هپاتیت C مزمن با استفاده از پرایمرهای ناحیه5 ́-UTR بالا بود و تقریبا با مطالعات کشورهای دیگر همخوانی داشت اما با استفاده از پرایمرهای ناحیه N22 در این مطالعه شیوع پایینتری به دست آمد. در مجموع ارتباط معنیداری بین جنس با میزان شیوع ویروس وجود نداشت. شیوع بحث انگیز و یا حتی بالای ویروس در بین بیماران مبتلا به هپاتیتC ضرورت مطالعات بیشتری را در زمینه ارتباط این دو ویروس ایجاد میکند.
کلید واژگان: ویروس تورکوتنو, ویروس هپاتیت C, ایرانBackgroundTTV is the first human circoviridae that was isolated from Japanese patients with unknown hepatitis in 1997. Since then, several studies have been done on different aspects of TTV pathogenesis. The aim of this study is to determine the prevalence of TTV in patients with chronic hepatitis using two different primer sets.Materials And MethodsIn this descriptive study, blood samples from 240 patients with chronic hepatitis C at Professor Alborzi Clinical Microbiology Research Center were assessed in terms of the presence of TTV DNA in plasma through the nested polymerase chain reaction using two primer sets.ResultsOf the 240 patients, TTV-DNA was detected in 220 (92%) patients with chronic hepatitis C using 5΄-UTR primer and in 12 (5%) patients using N22 primer. According to the demographic data, there was not a significant difference between male female patients in prevalence of TTV infection.ConclusionThe prevalence of TTV DNA in plasma samples from patients with chronic HCV by using 5΄-UTR primer was high and it was congruent with studies done in other countries; however, N22 primer showed a lower prevalence of viral DNA in the samples. Overall, there was not a significant correlation between sex and the presence of viral DNA in patients. Controversial or high prevalence of this virus in HCV infected people necessitate further studies for determining the relationship between HCV and TTV infection. -
هدفواکنش زنجیر پلیمراز یکی از مهم ترین پیشرفت ها در زمینه زیست شناسی و تشخیص مولکولی است. با وجود سادگی در مفهوم این روش نیازمند کنش های پیچیده بین توالی هدف، آغازگرها، dNTP و آنزیم پلیمراز به منظور تکثیر و تشخیص موفق است. شناسایی ویروس های RNA دار نیازمند استفاده از روش هایی با حساسیت و ویژگی بالا است، بنابراین تکثیر براساس روش Nested PCR تا حدی منجر به بهبود حساسیت شده و از سوی دیگر، یک مرحله ای کردن روش مذکور باعث کاهش آلودگی های احتمالی خواهد شد. هدف از مطالعه حاضر راه اندازی و به کارگیری روش جدید، سریع و حساس Nested PCR یک مرحله ای- یک لوله ای در سیستم بسته با استفاده از دو آغازگر به هم چسبیده است.مواد و روش هادر این مطالعه، روش جدید و ویژه ای از طراحی آغازگر به منظور یک مرحله ای- یک لوله ای کردن واکنش استفاده شد. روش طراحی شده پس از راه اندازی و بهینه سازی، روی نمونه های کنترل مثبت و منفی ارزیابی شد.نتایجروش راه اندازی شده، روی50 نمونه مثبت ویروس هپاتیت C، 10 کنترل منفی ژنوم انسانی و 5 نمونه از هرکدام از ویروس های هپاتیت B، نقص ایمنی اکتسابی انسان، هپاتیت G و تورکوتنو انجام گردید. براساس نتایج به دست آمده از مجموع آزمایشات میزان حساسیت و ویژگی روش طراحی شده، محاسبه شد. در 48 مورد از 50 نمونه مثبت باند مورد انتظار مشاهده گردید و در هیچ یک از نمونه های کنترل منفی باندی مشاهده نشد.نتیجه گیریبراساس سیستم ویژه طراحی آغازگر که در مطالعه حاضر استفاده شد، آغازگرهای داخلی به صورت مکمل حالت معمول PCR و چسبیده به آغازگرهای خارجی ساخته می شوند. احتمال اتصال آغازگرهای خارجی و داخلی به الگوهای نادرست در هر دو دور واکنش غیرممکن می شود و در نتیجه باندهای غیراختصاصی تولید نخواهد شد. برتری دیگر روش طراحی شده عدم وجود آلودگی به دلیل یک مرحله ای شدن و علاوه بر آن؛ کوتاه تر شدن زمان واکنش و نیز کاهش هزینه ها است.
کلید واژگان: Nested PCR, PCR سریع, PCR یک لوله ای, یک مرحله ای, ویروس هپاتیت CObjectivePolymerase chain reaction (PCR) is one of the most important progress in the field of molecular biology and diagnosis. Despite simplicity in concept, the reaction needs complex interaction between target sequence, primers, dNTPs and DNA polymerase for a successful amplification and diagnosis. For the detection of RNA viruses highly sensetive and specific technique is required. Hence amplification based on Nested PCR would improve sensitivity, and also use of one step reaction would decrease probable contaminations as reported previously in several studies. The aim of the current study was to develop a new, rapid and sensitive one step– one tube Nested PCR in a closed system, by using two novel coherent primers.Materials And MethodsIn this study, a novel and special primer development method was used for one step– one tube reaction. After development and optimization, the assay was evaluated with known positive and negative controls.ResultsThe developed assay was performed on 50 HCV positive samples and 10 negative controls and 5 samples from each HIV, HBV, TTV (Torque Teno Virus) and GBV-C (Hepatitis G Virus: HGV). Based on the obtained results, sensitivity and specifity was calculated. 48 out of 50 HCV positive samples showed expected band while none of the negative controls gave any band.ConclusionBased on the specific primer design system which has been used in the current study; the inner primer was synthesized as complementary of routine PCR primers and was bound to the outer primers. Therefore, there is no probability for false priming in the both rounds of the reaction, hence there would be no nonspecific amplifications. Other advantages of this assay system were prevention of contamination which was due to one step- one tube reaction, decrease in duration and the cost of the reaction. -
مقدمه و هدف
یکی ازپارامترهای مهمی که درواکنش زنجیره ای پلی مراز آشیانه ای برای بهینه سازی می توان در نظر گرفت، دمای دورگه شدن پرایمر با DNA الگو می باشد. یکی از تغییرات صورت گرفته در روش واکنش زنجیره ای پلی مراز معمولی استفاده از روش Touchdown PCR است که بر خلاف برنامه واکنش زنجیره ای پلی مراز معمولی و استاندارد که از یک دمای اتصال ثابت برای تکثیر توالی استفاده می شود، در این روش محدوده ای از درجه حرارت های اتصال استفاده می شود. مطالعه حاضر به منظور ازریابی کارایی روش Touchdown Nested PCR برای جلوگیری از اتصالات غیر اختصاصی و افزایش اختصاصیت در تکثیر ژنی طراحی و انجام شد.
مواد و روش هااین یک مطالعه تجربی است که طی سال های 1388 1387 در دانشگاه تربیت مدرس انجام شد. نمونه های جمعیت مورد بررسی در این مطالعه، 35 مورد پلاسمای بیماران آلوده به ویروس هپاتیت جی و 35 مورد پلاسمای بیماران آلوده به ویروس نقض ایمنی انسان بودند. بعد از استخراج اسید نوکلئیک، طراحی پرایمرهای مورد نظر برای دو ویروس نقص ایمنی انسان و هپاتیت جی و ساخت cDNA، روش واکنش زنجیره ای پلی مراز آشیانه ای به دو صورت استاندارد و Touchdown بر روی نمونه های کنترل مثبت و منفی انجام شد.
یافته هادر تمامی نمونه های مثبت باند مورد نظر مشاهده شد، در حالی که در هیچ یک از نمونه های کنترل منفی انسانی و ویروسی هیچ باندی مشاهده نشد. در نمونه های مثبت با روش استاندارد، پس از الکتروفورز محصولات واکنش زنجیره ای پلی مراز، باندهای غیر اختصاصی به ویژه در نمونه های ویروس نقص ایمنی انسان و به مقدار کمتری در نمونه های ویروس هپاتیت جی مشاهده شد. پس از اجرای پروسه Touchdown میزان باندهای ناخواسته و غیر اختصاصی، تا حد زیادی کاهش یافت و یا کاملا حذف شد.
نتیجه گیریدر مطالعه حاضر علی رغم شکل گیری باندهای ناخواسته در واکنش استاندارد، با اجرای پروسه Touchdown باندهای اضافی بدون این که اثر منفی در میزان محصول نهایی ایجاد شود، به میزان قابل توجهی کاهش یافتند. با توجه به سادگی این روش و نیز عدم ایجاد هزینه و مراحل کاری اضافی به نظر می رسد که استفاده از این پروتکل برای بهینه سازی سریع واکنش های زنجیره ای پلی مراز، روشی منطقی و به صرفه باشد.
کلید واژگان: Touchdown Nested PCR, اتصالات غیراختصاصی, افزایش اختصاصیت, تکثیر ژنیIntroduction &
ObjectivePrimer-Template hybridization temperature is one of the important parameters in Nested PCR optimization. Unlike instant temperature for sequence amplification in routine PCR process, Touchdown PCR is a modified form of standard PCR that employs a range of annealing temperature. This study intended to develop a Touchdown Nested PCR in order to circumvent spurious priming and enhancing specify during gene amplification.
Materials and MethodsThis is an experimental study conducted at Tarbiat Modarres University of Tehran during 2008-2009. Study samples were collected from Digestive Diseases Research Centre- at Shariati Hospital and HIV research center – Imam Khomeini Hospital. After extracting the nucleic acid, primer designing for HIV and GBV-C and c-DNA synthesis; Nested PCR was performed on negative and positive samples using standard and touchdown protocols.
ResultsThe intended band was observed in all positive samples. No band was observed in any human and viral negative control samples. After electrophoresis of PCR products, non specific band were seen in HIV and GBV-C samples during standard PCR. Using the touchdown protocol, undesirable bands were omitted or significantly decreased.
ConclusionIn the present study, despite the formation of uncalled bands in standard reaction; using the touchdown method led to omission of non-specific bands without any significant effect on the final products. As for its simplicity, cost and time saving, it seems that using this method is a rational and economical way for fast optimization of PCR reactions.
-
زمینه و اهدافویروس سیتومگال (CMV) از مهم ترین پاتوژن هایی است که حضورآن در دریافت کنندگان پیوند عضو بررسی شده است. این ویروس می تواند بیماری و مرگ و میر چشمگیر ایجاد کند. شیوع عفونت CMV در دریافت کنندگان پیوند اعضا از کشوری به کشور دیگر متفاوت گزارش شده است. روش ایمونوفلورسانس غیرمستقیم نشان دهنده تکثیر ویروس و عفونت فعال است، و روش PCR حضور ویروس را نشان می دهد. هدف از این مطالعه تعیین شیوع عفونت فعال CMV در دریافت کنندگان پیوند کلیه با روش های PCR و ایمونوفلورسانس غیرمستقیم و بروز آن بر اساس متغیرهای فصل، سن و جنس بود.روش بررسینمونه های ارسال شده بیماران داوطلب پیونداز مراکز پیوند کلیه سراسر کشور، از سال 1385 تا 1386، به آزمایشگاه قلهک بررسی شدند. این بررسی با روش های PCR و ایمونوفلورسانس غیرمستقیم (pp65 antigenemia) انجام گرفت. نتایج با آزمون های کای دو و رگرسیون لجستیک تجزیه و تحلیل شدند.یافته هادر مجموع 923 نمونه بررسی شد. شیوع عفونت CMV با روش های آنتی ژنمیا pp65 و PCR، به ترتیب در (%7.7) 71 و (%35) 323 نمونه بود. ارتباط معنی داری بین میزان مثبت بودن حضور CMV و سن و جنس مشاهده نشد (P>0.05). بین مثبت بودن حضور CMV و فصل انجام آزمایش ارتباط معنی داری یافت شد (p=0.01). بیشترین نتایج مثبت به هر دو روش در فصل بهار بود.نتیجه گیرینتایج به روش PCR بیشتر از نتایج روش pp65 antigenemia است. هیچ کدام از روش ها ارتباط با سن و جنس را نشان نمی دهند. عفونت در فصل بهار افزایش معنی دار دارد.
کلید واژگان: سیتومگالوویروس, اپیدمیولوژی, آنتی ژنمیا pp65, PCR, پیوند کلیهBackground And ObjectivesCytomegalovirus is one of the most important viruses that its presence in transplant recipients has been surveyed. This virus can led to the severe disease or death. The prevalence of CMV infections in transplant recipients varies from one country to another. Indirect immunofluorescent method represents the virus multiplication and active infection, while PCR technique shows the presence ofvirus. The aim of this study was to determine the prevalence of active CMV infection in kidney transplant recipients using PCR and indirect immunofluorescent methods based on the season, age, and sex variables.Material And Methodssamples from kidney recipients admitted to Gholhak laboratory during year 2006 and 2007 from all over Iran. This study was performed using PCR technique and indirect immunofluorescent method (PP65 antigenemia assay). The results were analyzed by Chi2 and lojestic regression.ResultsIn total 923 samples were investigated. Seventy one (7.7%) and 323(35%) of samples were positive by antigenemia and PCR respectively. There was no correlation between CMV infection and age or sex of the patients (p >0.05). However there was a correlation between presence of virus and season in either used methods of study, which was statistically significant in the spring. The spring has meaningfull (p =0.01).ConclusionPositive results obtained by PCR were more than antigenemia and this shows the higher sensitivity of this method to detect viral infection. we found no correlation between viral infection and sex or age by tested methods, but the infection rate had significant increase during spring.Keywords: Cytomegalovirus, Epidemiology, Antigenemia pp65, PCR, Kidney transplantation
- در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو میشود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشتههای مختلف باشد.
- همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته میتوانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
- در صورتی که میخواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.