فهرست مطالب محمدرضا نژادمقدم
-
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, is the cause of the new Coronavirus 2019 disease, which has caused a severe pandemic that is unprecedented 21st century. The virus has triggered at least seven mutations in the last two years, leading to either an increase in pathogenicity or transmission. Including, Alpha, Beta, Gamma, Eta, Delta, Lambda, and the recent emergence of Omicron variants. Indicating, we have a long way to deal with the complete eradication of this disease. Several scientific evidence show that respiratory droplets and aerosols are the most common route for coronavirus transmission. Using face masks by all people is generally recommended as a simple and inexpensive solution to cut this outbreak as the virus can be transmitted by asymptomatic patient. Many governments and public health organizations around the world have promoted the use of face masks in public places and have made them mandatory, especially in situations where social distancing is not possible; However, the effectiveness of face mask remains a challenge. This paper considers the challenges from three viewpoints: the quality standards of different face masks and the basis of their filtration mechanisms, the quantitative methods available to determine mask integrity and efficiency in particle filtration, and finally disinfection methods for disposable masks that make possible their reuse.
Keywords: Corona virus, COVID 19, face mask, filtration, decontamination, reusing} -
معرفی روش آنالیز فلوسایتومتری / اساس روش و اجزای تشکیل دهنده دستگاه فلوسایتومتر
-
معرفی روش سنجش جذب ایمنی آنزیمی یا روش الایزا / بخش اول - اصول و کاربردهای آنIntroduction of Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) method / Part 1 Principles and applications
The ELISA technique is an immunochemical method for determining the amount of an antibody or antigen molecule. In this technique, the solid phase is used to create a suitable subs trate for binding to an antigen or antibody. The enzyme attached to the antigenantibody complex is then used to convert the appropriate subs trate into a dye product. The rate of conversion of a colorless subs trate to a dye product by an enzyme, which indicates the presence of an antigen or antibody and also its concentration, it can be determined by measuring the optical density with a spectrophotometer. This s tudy aims to introduce the ELISA technique, its applications, advantages, disadvantages, challenges and important parameters in improving the results.
Keywords: ELISA, Antigen, Antibody, Immune Complex, Conjugated Enzyme, Subs trate, Colorimetric assay} -
سابقه و هدفاسترپتوکیناز به عنوان فعال کننده میکروبی پلاسمینوژن پلاسمائی در درمان بسیاری از بیماری ها از جمله سکته قلبی، درمان لخته های ایجاد شده در مجاری مصنوعی هنگام دیالیز کلیه، پروستات و التهاب های مقاوم به آنتی بیوتیک کاربرد دارد. لذا این مطالعه به منظور تولید استرپتوکیناز در کشت بسته (Batch Culture) و بررسی فاکتورهای موثر بر تولید آن، همچنین میزان دوز کشنده هگزیل ریزورسینول جهت غیرفعال سازی باکتری انجام شد.مواد و روش هادر این مطالعه از سوش استرپتوکوکیH46A پربازده از نظر تولید استرپتوکیناز استفاده شد. میزان رشد باکتری، مرحله رشد صعودی و میزان تولید استرپتوکیناز در دو وضعیت تلقیح 1% و 10% به روش کدورت سنجی در فواصل زمانی 4 ساعت، در طول موج 600 نانومتر و رنگ سنجی با سوبسترای S2251 ارزیابی شد. همچنین با طراحی یک فرمانتور، فاکتورهای موثر بر رشد باکتری و تولید استرپتوکیناز مورد ارزیابی قرار گرفت.یافته هادر 4 ساعت اول کشت، سلولها به صورت تصاعدی رشد کردند و از ساعت چهارم به بعد سرعت رشد باکتری ها کاهش یافته و به مرحله سکون وارد شد و این وضعیت تا ساعت هشتم ادامه یافت. با استفاده از مقدار مایع تلقیح مناسب (10%) در شروع کشت و افزودن گلوکز بهمراه کنترل همزمان pH محیط کشت میزان تولید استرپتوکیناز تا 3 برابر میزان شرایط عادی افزایش یافت. ضمنا غلظت کشنده موثر ماده هگزیل ریزورسینول بر این باکتری 2 میلی گرم به ازای هر میلی لیتر بدست آمد.نتیجه گیرینتایج مطالعه نشان داد که بدلیل حساسیت بالای استرپتوکیناز به تغییرات pH و دما، همزمان با تولید آن مقداری نیز از بین می رود. بنابراین ایجاد شرایطی که سوش استرپتوکوکی H46A را در مدت زمان کوتاهتری وارد مرحله رشد صعودی کند و سرعت رشد این مرحله را افزایش دهد در افزایش برآیند تولید استرپتوکیناز موثر می باشد.کلید واژگان: استرپتوکیناز, استرپتوکوک H46A, کشت بسته, هگزیل ریزورسینول}Background And ObjectiveStreptokinase (SK) is a microbial plasminogen-activator that is used in the treatments, especially at Acute ischemic stroke, declotting of dialysis shunts and inflammatory antibiotic-resistant prostatitis. The aim of this study was production of streptokinase in batch culture system and evaluation of some effective factors on SK production. Moreover, the effect of Hexyl Resorcinol as a bactericidal material on Streptococcus equisimillis H46A is determined.MethodsWe used Streptococcus equisimillis strain H46A. The log phase of bacterial growth and streptokinase production for two inoculation conditions, 1% and 10% were determined at an interval of 4 hours by turbidity test at 600nm and colorimetric assay using S2251 chromogenic substrate, respectively. Moreover, effective factors on bacterial growth and streptokinase yield were evaluated by using a manual fermentor designed in our laboratory.FindingsBacterial cells proliferated logarithmically in the first four hours and after that, the rate of proliferation decreased. It means bacterial cells are being entered to the stationary phase, this condition extended to the 8th hour. Streptokinase production increases up to 3-fold with use of 10% inoculum, adding glucose and adjusting pH simultaneously. In addition, Hexyl Resorcinol bactericide effective dose is reported to be 2 mg/ml.ConclusionBecause of high sensitivity of streptokinase to pH and temperature change, some produced streptokinase is degraded at the same time. Therefore, conditions that decrease lag phase period and increase the growth rate of logarithmic phase, results in higher SK yield.
-
مقدمه و هدفترانسفورم سازی مولکولی سلول های باکتری، نقشی محوری را در روش های کلون سازی مولکولی ایفا می کند. در حال حاضر عمل ترانسفورم سازی به روش شیمیایی و یا به روش شوک الکتریکی (الکتروپوریشن) انجام می شود. درصد موفقیت این روش ها به میزان تجربه و دقت آزمایش کننده ارتباط دارد. بنابراین هر اندازه روش ترانسفورم سازی مولکولی کارایی و کیفیت بیش تری داشته باشد درصد میزان موفقیت آن روش افزایش خواهد یافت، هدف از تحقیق حاضر طراحی یک روش ساده و سریع برای ترانسفورم سازی مولکولی سلول های E.coli بود تا ضمن عدم نیاز به ابزارهای گران قیمت و اختصاصی واجد کارایی لازم نیز باشد.مواد و روش هادر روش ابدایی ما بعد از آماده سازی رسوب سلول باکتریایی، آن را با محلول جدیدی به نام ترانسفورم کننده سلول های مستعد (Competent Transformation Solution) (CTS) مخلوط، پس از اضافه کردن 1 میکرولیتر DNA پلاسمیدی و انکوباسیون در دمای 4 درجه سانتی گراد به مدت 30-5 دقیقه به آن گلوکز اضافه شده و در دمای 37 درجه سانتی گراد انکوبه گردید، سپس عمل کشت سلول ها در پلیت انتخابی LB آگار حاوی 100 میلی مولار کلسیم کلراید انجام شد تا پس از انکوباسیون 18 ساعته کلنی های مربوط به سلول های ترانسفورم شده بر روی پلیت رشد یابند.نتایجدر این روش مرحله شوک گرمایی حذف شد ضمن این که کارایی آن بیش تر از انواع روش های معمول محاسبه گردید (107 سلول ترانسفورم شده در هر میکروگرم DNA پلاسمیدی).نتیجه گیریروش حاضر به عنوان یک روش ساده و راحت برای تهیه همزمان سلول های مستعد و ترانسفورم سازی معرفی می گردد.
کلید واژگان: ترانسفورم سازی, سلول های مستعد, اشریشیاکلی}Background and ObjectiveTransformation of plasmid DNA into bacterial competent cells is a key technique for molecular cloning. Transformation can be achieved using either chemical or physical methods, e.g., electroporation. The rate of success in these methods depends on experience and attention to method’s details. Therefore, the higher the efficiency and quality of a transformation method, the more the rate of success in that experience would be. The aim of the present study was to design a simple and rapid molecular transformation method, to achieve the efficiency without the need for special expensive apparatus.Materials and MethodsIn our improved method after preparation of bacterial cell’s pellet, it was resuspended in new Competent/Transformation Solution (CTS); the suspension was mixed with 1 µl (0.1ng) of plasmid DNA and incubated for 5-30 minutes at 4°C. Then 10 µl of 1 M glucose was added to it and cells were grown at 37°C with shaking for 1 hour. After incubation, the cells were spread on selective medium plates containing 100 mM CaCl2 by standard methods.ResultsThis method does not necessary to heat shock and it is more efficient than classical transformation methods (107 transformants/µg).ConclusionOur procedure represents a simple and convenient method for simultaneous Escherichia coli preparation and its transformation. -
سابقه و هدف
از خصوصیات مهم نایسریاها، مقاومت در برابر ماده رنگی کریستال ویوله است. هدف از این مطالعه، بررسی اثر کریستال ویوله بر رشد این باکتری ها، افزودن آن به محیط کشت جهت جداسازی این باکتری ها، و ساخت یک محیط کشت اختصاصی برای نایسریا است.
روش بررسیاقدامات انجام شده عبارتند از: 1) ترشحات مجرای 106 بیمار مرد مبتلا به اورتریت، بر روی محیط های New York City Medium Agar (NYC agar)، آگار شکلاتی، و آگار شکلاتی دارای غلظت های کریستال ویوله در حد فاصل 1:100000 تا 1:250000 کشت داده و لام گرم تهیه شد. 2) ترشح حلق 230 فرد سالم، بر روی محیط های آگار خوندار، آگار شکلاتی و نیز آگار شکلاتی حاوی غلظت های متفاوت کریستال ویوله در حد فاصل 1:50000 تا 1:500000 کشت داده و لام گرم تهیه گردید. 3) برای بررسی احتمال رشد سوش استاندارد ATCC گونوکوک در حضور کریستال ویوله، باکتری در محیط های آگارشکلاتی، آگارخوندار، مولرهینتون آگار، تایرمارتین آگار و نیز در همین محیط ها، همراه نسبت های 1:50000 تا 1:200000 کریستال ویوله کشت داده شد.
یافته ها69 نفر از 106 بیمار مبتلا به اورتریت، مشکوک به سوزاک بودند که کشت 64 نفر از آنان در محیط NYC، از نظر گونوکوک، مثبت بود. حاصل رشد این نمونه ها، در محیط آگار شکلاته، 54 مورد مثبت (با حساسیت 84% نسبت به محیط NYC) همراه باکتری های مختلف فلور نرمال بود. بیشترین و مناسبترین رشد، در آگار شکلاتی حاوی کریستال ویوله به نسبت 1:150000، 58 مورد مثبت (با حساسیت 91% نسبت به محیط NYC) و با حداقل رشد فلور نرمال همراه بود. ترشح حلق 228 نفر از 230 فرد سالم، از نظر نایسریا، مثبت بود. این نایسریاها، قادر به رشد در حداقل 1:500000 و حداکثر 1:50000 غلظت کریستال ویوله بودند. با این تفاوت که در غلظت 1:500000، باکتری های فلور طبیعی نیز رشد کامل داشته و با افزایش تدریجی غلظت، از رشد آنها کاسته شد تا اینکه در غلظت نهایی 1:50000، فقط نایسریا رشد کرده بود. در آزمایش مستقیم این نمونه ها نیز در 228 مورد دیپلوکوک های گرم منفی نایسریا فرم مشاهده شده بود. نتیجه کشت نایسریا گونوره آی استاندارد بر روی محیط های آگار شکلاته، مولرهینتون و تایرمارتین، همراه مقادیر مختلف کریستال ویوله و نیز بدون آن عبارت است از: در همه محیط های بدون کریستال ویوله، رشد این نمونه بطور کامل و یکسان مشاهده شد؛ درحالی که در محیط های حاوی کریستال ویوله، حداقل تعداد کولونی، در غلظت 1:50000 و حداکثر 1:200000 مشاهده گردید.
نتیجه گیریبرای جداسازی و تشخیص نایسریاهای بیماریزایی مانند گونوکوک می توان از محیط اختصاصی کروموژن مانند آگار شکلاتی حاوی 1:150000 کریستال ویوله یا یکی از محیط های تایر مارتین و مولرهینتون حاوی 1:200000 کریستال ویوله استفاده نمود. نایسریاهای بی آزار، مقاومت زیادی به این ماده داشته و در غلظت 1:50000، در هریک ازمحیط های فوق، قابل رشد و جداسازی هستند. برای ساخت انبوه محیط کروموژن، با توجه به وزن پودر و غلظت های ذکرشده می توان میزان پودر کریستال ویوله لازم را محاسبه و با پودر اولیه هریک ازاین محیط ها بطور هوموژن مخلوط نمود.
کلید واژگان: نایسریا, کریستال ویوله, ویوله دوژانسیان, محیط کشت}Neisseria species are gram negative diplococci an important characteristic of these bacteria is resistance against crystal violet. This study was done to investigate the effect of crystal violet on the growth of Neisseria, to observe the outcome of adding this substance in culture media for isolating these organisms, and finally to make a specific medium for isolation of the Nisseria species.
Materials and MethodsThe study was done in 3 phases: 1) Initially urethral discharge from 106 male patients with urethritis was cultured on NYC, chocolate agar and chocolate violet agar with various concentrations of violet from 1:100000 to 1:250000. We also made direct smears for gram stains. 2) Pharyngeal secretions from 230 healthy persons were cultured on chocolate agar, Muller Hinton agar, and Thayer Martin agar with different concentrations of violet between 1:50000 to 1:500000. Also direct smears were made for gram stains. 3) The standard strain of gonococcus (ATCC) were cultured on the three media. Concurrently we added various concentrations of violet from 1:50000 to 1:200000 to the above media and studied the effect of adding crystal violet on the growth of the standard strain.
ResultsIn first step, 69 out of 106 patients with urethritis were suspicious of gonorrhea, with positive culture of gonococcus on NYC medium from 64 patients. On chocolate agar only 54 positive cultures, (with 84% sensitivity against NCY medium), were seen together with a growth of normal flora. Chocolate agar plus violet in concentration 1:150000, showed 58 positive cultures, (with 91% sensitivity against NYC medium), with minimal growth of normal flora. In second step, 228 out of 230 healthy persons had positive culture of Neisseria, these organisms grew in different concentrations of crystal violet between 1:500000 and 1:50000. However, with minimal concentration of violet, there was a dense growth of normal flora and with gradual increase in concentration, normal flora grew sparsely. In direct exam, 228 cases of gram negative Neisseria like diplococci were observed. In third step, result of growth of the standard Neisseria gonorrhea in chocolate agar, Muller-Hinton agar and Thayer-Martin agar with and without different concentrations of crystal violet are as follow: In all media without crystal violet, the growth of the bacteria was perfect and abundant while in media containing crystal violet, minimum colony count was observed in concentrations of 1:50000 and maximum colony count occurred at concentrations of 1:200000
ConclusionTo isolate pathogenic species of Neisseria, for e.g. gonococcus, we can use a specific chromogen medium like chocolate-violet agar 1:150000, or Thayer-Martin-violet agar or Muller-Hinton-violet agar with a concentration of 1:200000. Although nonpathogenic Neisseria have high resistance to crystal violet and were isolated from cultures with 1:50000 dilutions of this substance, but growth become sparse with higher concentrations. We can make chromogen media of varying strengths by adding different amounts of crystal violet in various media to get the desired results.
Keywords: Neisseria, Gentian Violet, Crystal Violet, Culture Media} -
استرپتوکیناز: استخراج، کلون سازی و بیان بالای پروتئین نوترکیب فعال با رویکرد تسهیل در فرایند خالص سازیسابقه و هدف
استرپتوکیناز به عنوان شناخته شده ترین داروی فیبرینولیتیک، مدت مدیدی است که در درمان سکته قلبی استفاده می شود. ویژگی های ساختاری ساده این پروتئین زمینه لازم برای دستیابی به انواع نوترکیب آن را فراهم ساخته است. هدف از این تحقیق تهیه سوش استرپتوکوک equisimilis H46A (پربازده از نظر تولید استرپتوکیناز) برای اولین بار در ایران بود تا پس از استخراج DNA، ژن استرپتوکیناز بگونه ای تکثیر شود که امکان کلون سازی آن در حاملهای متعدد بوجود آید.
روش بررسیپس استخراج DNA ژنومی ژن استرپتوکیناز از دو ناحیه با استفاده از دو پرایمر بالادست و یک پرایمر پایین دست ضمن در نظر گرفتن یک جایگاه آنزیم برش دهنده معمول برای دو سر محصولات (کل ORF، 1323bp و قسمت مربوط به پروتئین بالغ، 1245bp) تکثیر شد و در حامل pGEX-4T-2 تحت پروموتور قوی tac و قابلیت بیان بالا کلون شد. پلاسمید نوترکیب حاصل بوسیله عملیات هضم دو طرفه و تعیین توالی، تایید و در اشریشیاکلی سویه BL21(DE3)plysS ترانسفورم شد. میزان بیان و فعالیت استرپتوکیناز نوترکیب مربوط به کلون واجد قطعه 1245bp با استفاده از دانسیتومتر لیزری و تست اختصاصی با سوبسترای S2251 در مقایسه با یک نمونه استرپتوکیناز خارجی مورد ارزیابی قرار گرفت.
یافته هااستفاده از یک آنزیم برش دهنده برای دو سر قطعه ژن، کلون شدن آن را در تعداد زیادی از حاملهای بیانی امکان پذیر ساخت. میزان بیان پروتئین نوترکیب به بیش از 45% کل پروتئینهای میزبان، موفقیت در کلون سازی را تایید کرد. وجود دم اتصالی گلوتاتیون S ترانسفراز (GST) مانع فعالیت استرپتوکیناز نشد و مقدار آن بدون بهینه سازی و تخلیص شرایط کشت بیش از 15000u/ml از کشت ثبت شد.
نتیجه گیریاستفاده از حامل pGEX-4T-2 ضمن تولید استرپتوکیناز نوترکیب فعال و با بازدهی فراوان، دم GST را نیز به ابتدای آمینی آن اضافه می کند که می توان از آن برای تخلیص یک مرحله ای و آسان با استفاده از لیگاند گلوتاتیون سود برد.
کلید واژگان: استرپتوکیناز, کلرون سازی, پروتئین نوترکیب, تخلیص}Streptokinase: extraction, cloning and overexpression of recombinantBackgroundStreptokinase has been widely prescribed as a fibrinolytic agent for myocardial infarction. Simple structural characteristics of this protein have provided techniques for production of different recombinant types of this protein. The present study was designed to prepare equisimilisH46A subtype of streptokinase in our country.
Materials and methodsHaving extracted the DNA, the streptokinase gene was replicated and cloned in pGEX-4T-2. The recombinant product was transformed in BL21(DE3)plysS'. Then the recombinant streptokinase expression and performance was assessed by lasic densitometry and special test for S2251 substrate.
ResultsUse of a restriction enzyme for both sides of a gene may facilitate its cloning in different expressive carriers. Expression rate of recombinant protein (45%) confirmed successful cloning.
ConclusionsUse of pGEX-4T-2 carrier was not only associated with active recombinant streptokinase production, added GST to its amine ending that could facilitate purification process.
Keywords: pGEX-4T-2, Streptokinase, Cloning, Recombinant protein, Purification} -
مقدمهناباروری از مسائل و مشکلات با اهمیت جامعه است و این موضوع برای هر زوجی جای نگرانی دارد. احتمال دخالت مایکوپلاسما هومینیس (Mycoplasma hominis) در بروز ناباروری در سال های اخیر مطرح گردیده، ولی این ارتباط کاملا مشخص نشده است. به منظور اثبات این فرضیه و تعیین میزان فراوانی و نقش باکتری مذکور مطالعه حاضر انجام گرفته است.روش کاردراین مطالعه که از نوع مورد و شاهد (Case-Control) است، 40 نفر از مردان نابارور با مایع منی (Semen) غیرطبیعی مراجعه کننده به کلینیک رویان شهر تهران به عنوان گروه مورد و40 نفر از آقایان سالم مراجعه کننده به همان مرکز به عنوان گروه شاهد انتخاب شدند. از هر دو گروه، ضمن تکمیل پرسشنامه، نمونه ای از مایع منی گرفته شد. نمونه ها در محیط ترانسپورت به آزمایشگاه میکروبیولوژی انتقال یافتند و مورد مطالعه و شناسایی قرار گرفتند. اطلاعات به دست آمده در نرم افزار آماری SPSS تجزیه و تحلیل گردید.یافته هادر بررسی های انجام شده، میانگین سن افراد در گروه مورد 97/31 سال (با انحراف معیار 54/5) و در گروه شاهد 9/31 سال (با انحراف معیار 9/5) به دست آمد. میزان مایکوپلاسما هومینیس جدا شده در گروه مورد 7 نفر (5/17 درصد) و در گروه شاهد 2 نفر (5 درصد) بود (077/0=p). لذا ارتباط آماری معنا داری بین ناباروری و ابتلا به عفونت با مایکوپلاسما هومینیس ملاحظه نگردید. در این مطالعه، بین میزان تحصیلات و سابقه سوزش مجرا با ناباروری ارتباط آماری معنا داری به دست آمد؛ ولی بین ازدواج، سابقه جلوگیری، سابقه ترشح صبحگاهی از مجرا، سابقه خارش مجرا، سابقه کاهش میل جنسی، سابقه ناتوانی جنسی، سابقه انزال زودرس، سابقه درد قسمت های تحتانی شکم، سابقه درد بیضه ها، سابقه مصرف سیگار و ناباروری اطلاعات حاصل معنا دار نبود.بحث و نتیجه گیریدر این مطالعه، علیرغم افزایش میزان حضور مایکوپلاسما در نزد افراد گروه مورد (5/17 درصد) در مقایسه با گروه کنترل (5 درصد)، ارتباط آماری معنا داری بین ناباروری و وجود عفونت با مایکوپلاسما هومینیس به دست نیامد که این با بیش تر یافته های مطالعات انجام شده در خارج از کشور تفاوت دارد. بنابراین توصیه می شود آقایان ناباروری که مشکلی در سیستم آناتومیکال و هورمونال خود ندارند، حتما از نظر آلودگی با مایکوپلاسما هومینیس مورد بررسی و کشت دقیق قرار گیرند تا در صورت مثبت بودن آلودگی با درمان لازم و به موقع، میزان بروز ناباروری در آن ها کاهش یابد.
کلید واژگان: ناباروری, مردان, مایکوپلاسما هومینیس}
- در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو میشود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشتههای مختلف باشد.
- همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته میتوانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
- در صورتی که میخواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.