alireza forouzan
-
رخداد مرگ سلولی برنامه ریزی شده یا آپوپتوزیس به عنوان روش حفاظت شده، تحت کنترل تعدادی ژن قرار دارد که جهت حذف سلول های غیر ضروری بکار می رود. این رویداد سلولی در سیستم های مرتبط با ایمنی و بیماری دخیل است. آپوپتوزیس یک مکانیسم تنظیم گر سلولی است که اثرات تکثیر سلولی و مرگ سلولی را متعادل می کند. در مسیر آپوپتوزیس، ژن ها و مولکول های فراوانی درگیر هستند. اخیرا گسترش تولید داده ها با استفاده از تکنیک RNAseq نشان داده که میکرو RNAها، نقش مهمی در تنظیم مرگ سلولی برنامه ریزی شده یا آپوپتوزیس بازی می کنند. هدف از این مطالعه شناسایی ژن ها و میکرو RNA ی کلیدی موثر در مسیر آپوپتوزیس در عقرب های آندروکتونوس کراسیکودا بود.
مواد و روش ها:
در این پژوهش پس از توالی یابی ترانسکریپتوم غده زهر عقرب های اندوروکتونوس کراسیکودا با استفاده از پلتفرم ایلومینا 2000 Hiseq و پیکربندی ترانسکریپتوم با استفاده از نرم افزار Trinity، مهم ترین پروتئین های ترانسکریپتوم غده زهر عقرب دخیل در آپوپتوزیس با استفاده از پایگاه اطلاعاتی KEGG شناسایی شدند. رسم شبکه ژنی آپوپتوزیس با نرم افزار استرینگ، تجزیه و تحلیل شبکه برهمکنش پروتئینی با استفاده از نرم افزار سایتواسکیپ و بررسی هستی شناسی ژن های کلیدی به وسیله پایگاه WebGestalt صورت گرفت. علاوه بر آن پس از شناسایی میکرو RNAهای عقرب با استفاده از جستجوی همسانی، پیش بینی ژن های هدف و رسم شبکه میانکنش پروتئین- میکروRNA توسط برنامه های miRTarBase, TarBase ,miRecords و نرم افزار miRNet انجام گرفت.
نتایجسه مسیر مرتبط با آپوپتوزیس شناسایی شدند که 103 پروتئین از آن ها استخراج شدند. نتایج به دست آمده از آنالیز شبکه برهمکنش پروتئینی منجر به شناسایی 30 ژن کلیدی دخیل در بروز آپوپتوزیس شد که بر اساس نتایج بدست آمده، موثرترین ژن های کلیدی درگیر در بروز آپوپتوزیس Akt1،bsk ، Jra، Dronc و rl هستند. نتایج تجزیه و تحلیل آماری شبکه برهمکنش پروتئین- میکرو RNA نیز نشان داد که میکروRNAی mir-7-5p بیش ترین ارزش را درا می باشد.
نتیجه گیری:
نتایج این بررسی نشان داد که میکروRNAها در تنظیم بسیاری از ژن های مسیر آپوپتوزیس نقش اساسی ایفا می کنند و می توان برای کنترل بیان ژن ها از آن ها کمک گرفت.
کلید واژگان: عقرب آندروکتونوس کراسیکودا, شبکه ژنی آپوپتوزیس, برهمکنش پروتئینی- میکروRNAObjectiveThe occurrence of planned cell death or apoptosis as a protected method is controlled by a number of genes that used to remove unnecessary cells. This cellular event is involved in immune and disease-related systems. Apoptosis is a cellular regulatory mechanism that balances the effects of cell proliferation and cell death. In the path of apoptosis, many genes and molecules are involved. Recently, developments using the RNAseq technique have shown that microRNAs play an important role in regulating planned cell death or apoptosis. The purpose of this study was to identify key genes and micro-RNAs affecting the apoptosis pathway in Androctonus crassicauda scorpions.
Materials and methodsIn this study, after transcriptome sequencing of venom glands of A. crassicauda scorpions using Illumina HiSeq 2000 platform and transcriptome assembly using Trinity software, the most important transcripts of the scorpion venom gland involved in apoptosis were identified using the KEGG database. Drawing of the apoptosis gene network with String software, analyzing the network of protein interactions and identifying key genes using cytoscape software and investigating the ontology of genes by the WebGestalt database were done. In addition, after identifying the scorpion microRNAs using homogeneous searches, the MRTarBase, TarBase, miRecords, and MirNet software programs were utilized to prediction of target genes and drawing a protein-microRNA interaction network.
ResultsThree pathways associated with apoptosis were identified, and 103 proteins were extracted from those. The results of protein network analysis revealed that 30 key genes involved in apoptosis were identified that according to obtained results, the most effective key genes involved in apoptosis are Akt1, bsk, Jra, Dronc, and rl. The results of statistical analysis of protein-microRNA interaction network also showed that mir-7-5p microRNA has the highest value.
ConclusionsThe results of this study showed that microRNAs play an essential role in the regulation of many genes in the apoptosis pathway and can be used to regulate the expression of genes.
Keywords: Scorpion of Androctonus Crassicauda, apoptosis gene network, interaction of protein-microRNA -
ااطلاعات موجود در مورد اکولوژی و زیست شناسی عقرب ها بسیار محدود است و پایه این اطلاعات شناسایی زیستگاه ها ، ریخت شناسی و ریخت سنجی عقرب های مناطق مختلف کشور می باشد. گونه های عقرب اورتوشیروش دارای پراکندگی وسیعی در دنیا می باشند. تاکنون 17 گونه از آن در سراسر دنیا شناسایی شده، که از این میان 7 گونه از آن در مناطق مختلف ایران دیده شده است. در این مطالعه، نمونه-های Orthochirus از مناطق مختلف استان خوزستان جمع آوری گردید و بر اساس 27 صفت اندازشی و 18 نسبت اندازشی محاسبه شده، مورد مطالعه قرار گرفتند. چهار گونه ی Orthochirus iranus ، zagrosensis Orthochirus ، Orthochirus farzanpay و Orthochirus stackwelli از مناطق مختلف استان خوزستان مورد تشخیص قرار گرفتند. Orthochirus iranus و Orthochirus stackwelli به ترتیب بیشترین (6/41٪) و کمترین (8/13٪) میزان فراوانی در مناطق مختلف استان را داشتند. نتایج حاصل از بررسی های ریخت شناسی و تحلیل های آماری بر روی صفات ریخت سنجی، جدایی کامل چهارگونه را نشان داد. اعتبار چهارگونه فوق به عنوان چهار گونه مجزا بر اساس تفاوت در صفات شاخص کلیدی همانند آرایش ها و نسبت ابعاد بند چهارم متازوما، طول کاراپاس به پهنای قسمت خلفی آن، اندازه تلسون ، موقعیت چشم های میانی و طول انبر و انگشت متحرک به طول دست مورد تایید واقع شده است. نتیجه تحلیل خوشه بندی نشان می-دهد که Orthochirus stackwelli از نظر ریخت شناسی از گروه های دیگر متمایز می باشد و بیشترین شباهت میان Orthochirus iranus و Orthochirus zagrosensis بوده است.
کلید واژگان: عقرب, اورتوشیروس, ریخت سنجی, خوزستانStudy on ecology and biology of scorpions is very limited and the basis of this information the country, Iran, is the identification of habitats, and morphology of scorpions in different regions of Orthochirus species are widely distributed in the world. So far, 17 species have been identified throughout the world, of which 7 species have been found in different regions of Iran. In this study, Orthochirus specimens were collected from different regions of Khuzestan province and evaluated based on 27 morphometric values and 18 morphometric ratios. Four species, O. iranis, O. zagrosensis, O. farzanpay, and O. stackwelli were identified from different regions of Khuzestan province. Orthochirus. iranis and O. stackwelli had the most (41.6%) and the least (13.8%) frequencies, respectively, in the various regions of the province. The results of morphological studies and statistical analyzes on morphometric showed the complete separation of four types. Differences of species were confirmed based on the characteristics and ratios of the fourth segment of metasoma, carapace and telson sizes, the position of the median eyes, and pedipalp chela length and movable finger. The result of cluster analysis indicated that O. stackwell is morphologically distinct from other groups and had the most similarities between O. iranis and O. zagrosensis.
Keywords: scorpion, Orthochirus spp, morphometric, Khuzestan -
سلول های خونی شاخص مهم ایمنی بندپایان در برابر بیمارگرها و پارازیتوئیدها می باشند. با شناخت دقیق سلولهای خونی و واکنش آنها در برابر عوامل بیگانه ای که به همولنف وارد می شوند، بهتر می توان جنبه های دفاع سلولی حشره را بررسی کرد. با توجه به تحقیقات بسیار اندک در بیولوژی عقر ب ها در این تحقیق، سلول های خونی مزوبوتوس اپئوس با استفاده از میکروسکوپ نوری مورد مطالعه قرار گرفت. پنج نوع هموسیت در عقرب مزوبوتوس اپئوس شناسایی شد که شامل پروهموسیت ها، گرانولوسیت ها، پلاسموتوسیت ها، ائونوسیت ها و اسفرولوسیت ها بودند. شمارش تفرقی سلول های خونی نشان داد که پلاسموسیت ها 2/70% - 2/81% و گرانولوسیت ها 6/18% -7/29% بیشترین و ائونوسیت ها 2٪ و اسفرولوسیت ها 3٪ کمترین فراوانی را نسبت به سایر سلول ها داشتند. سلول های پروهموسیت با 5/5-7 میکرومتر کوچکترین و پلاسموسیت ها (75/22-5/12میکرومتر) بزرگترین سلول های همولنف عقرب مزبوتوس اپئوس گزارش شدند. شناخت سلولهای خونی این عقرب برای اولین بار انجام شده است و فراوانی بالای سلول های پلاسموسیت ها و گرانولوسیت ها می تواند زمینه مطالعه ایمنی این عقرب را در برابر عوامل پاتوژن و مقاومت آن در برابر شرایط محیطی آن فراهم کند.کلید واژگان: عقرب, مزوبوتوس اپئوس, سلولهای همولنفArthropoda hemocytes are an important indicator of the safety of arthropoda against pathogens and parasitoids. Morphological characterization of hemocytes, is the first step to investigate the involvement of hemocytes in scorpion immunity and specific functions of cells. Due to limited researches on the biology of scorpion in this research the hemocytes of Mesobuthus eupeus were examined using light microscopy. Giemsa staining was used to identify these cells. Five identified types of hemocytes in this scorpion were; Prohemocyte, plasmatocyte granulocytes, spherulocytes, and oenocytoids. Two cell types are very common, plasmatocytes and granulocytes, Plasmatocytes constitute 70.2–81.2%, followed by granulocytes with 18.6–29.7% of the total cell population. Prohomocyte with 5-7 μm was the smallest and plasmocytes (12.25- 75.2 μm) were reported to be the largest hemolymph of Mesobuthus eupeus. Identification of blood cells of this scorpion for the first time and can provide a study of the immunity of scorpion against pathogens and its resistance to environmental conditionsKeywords: scorpion, Mesobuthus eupeus, hemocyte
-
عقرب ها از جمله بندپایانی هستند که دارای پراکندگی وسیعی می باشند و نسبت به شرایط محیطی بسیار مقاوم اند. بسیاری از عوامل از جمله میکروارگانیسم های موجود در محوطه بدنی عقرب بر بیولوژی آن ها موثر است. باکتری های دستگاه گوارش از عوامل تاثیرگذار بر ایمنی و تغذیه بند پایان می باشد. تا کنون اطلاعات محدودی مبنی بر تنوع میکروبی موجود در دستگاه گوارش عقربها در دسترس می باشد. با توجه به پراکندگی گسترده عقرب در استان خوزستان تاکنون مطالعاتی در خصوص بررسی عوامل پاتوژن از جمله عوامل باکتریایی در این بندپا صورت نگرفته است. در این مطالعه تنوع باکتریایی دستگاه گوارش تعدادی از عقرب های خانواده بوتیده که از مهمترین عقرب های موجود در استان خوزستان می باشد با استفاده از روش جداسازی، بررسی بیوشیمیایی و توالی یابی قطعه16S rRNA انجام شد. باکتری های گرم منفی و مثبت جدا شده از دستگاه گوارش عقرب های آندروکتونوس کراسیکودا، هوتنتوتا شاخ و مزوبوتوس اپئوس شناسایی شد. باکتری های استافیلوکوکوس ساپروفیتیکوس، باسیلوس سرئوس، باسیلوس فیرموس، کورینه باکتریوم واریبیلیس، سودوموناس پوتیدا، سودوموناس اوریزوهیبیتنس، انتروباکتر ائروژنز، پانتوا اگلومرانس، سراتیا ائریلیتیکا، استافیلوکوکوس گالیناروم گونه های جدا شده از دستگاه گوارش عفرب های ذکر شده می باشد. باکتری های شناسایی شده ممکن است دارای روابط همزیستی یا بیماریزا با عقرب باشند. مطالعه حاضر اولین بررسی در مورد جمعیت باکتریایی موجود در دستگاه گوارش عقرب های ایران است که میتواند در مطالعات و بررسی های شرایط اکولوژی، بیولوژی و پاتوژن های احتمالی در عقرب ها مورد استفاده قرار بگیرد.
Scorpions (order: Scorpiones) are widely distributed predatory arachnids and highly resistant to environmental conditions. Some factors such as microorganisms of internal cavity of scorpions may affect their biology. In addition, microbial communities of gut effect on immunity system and nutrition in arthropoda. However, few data are availablefor the microbiota diversity of scorpion gut. Thus, the present study aimed to evaluate the microbial diversity of scorpions related to the Buthidae family which is considered as the most important scorpions from south-west of Iran by chemical test and sequence analysis of 16S rRNA gene. To this aim, both gram positive and negative bacteria were detected from the gut of Androctonus crassicuda, Hottentota schach and Mesobuthus epeus. The staphylococcus saprophyticus, Bacillus cereus, Bacillus firmus, Corynebacterium variabilis, Pseudomonas putida, Pseudomonas oryzihabitans, Enterobacter aerogenes, Pantoe aagglomerans, Serrati aureilytica, staphylococcus gallinarum were isolated from the gut of scorpion. The isolated bacteria may have symbiotic or pathogenic relationships with scorpions. The present study was first considered the gut of buthide scorpion of Iran and can provide a reference for future studies on the digestive system microbiota from other scorpions by determining the role of these bacteria in the biology of scorpion.
- در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو میشود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشتههای مختلف باشد.
- همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته میتوانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
- در صورتی که میخواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.