فهرست مطالب نویسنده:

hajar nasrollahi

انتخاب همه

آنالیز بیوانفورماتیک ژنوم کلروپلاست پنبه دیپلوئید (Gossypium herbaceum) و مقایسه آن با دو گونه آلوتتراپلوئید

هاجر نصراللهی، فرشید طلعت*، ایرج برنوسی، مهدی بدری انرجان

مجله زیست فناوری گیاهان زراعی، پیاپی 20 (زمستان 1396)، صص 1 -12

هشت ژنوم دیپلوئید شامل ژنوم های A، B، C، D، E، F، G و K در جنس گوسیپیوم Gossypium شناسایی شده اند. ژنوم A فقط به دو گونه herbaceum و arboreum پنبه های دنیای قدیم محدود شده است و این ژنوم از G. herbaceumبه گونه های دیگر انتقال پیدا کرده است. به منظور توالی یابی ژنوم کلروپلاست G. herbaceum (A1) و مقایسه آن با دو گونه G. hirsutum (AD1) و G. barbadense (AD2) توالی های ژنوم سه گونه از سایت مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی برداشت شده است. موقعیت هر کدام از ژن ها، تعداد نوکلئوتید ها، نواحی بین ژنی و اینترون ها مشخص گردید. ژنوم کلروپلاست G. herbaceum دارای 160140 جفت باز بوده و ساختمان چهاربعدی حفاظت شده دارد. نواحی تک نسخه ای ژنوم کلروپلاست، توسط دو ناحیه تکرار معکوس از هم جدا شده که ناحیه تک نسخه ای بزرگ دارای 88709 جفت باز، ناحیه تک نسخه ای کوچک 20221 جفت باز بوده و هر ناحیه تکرار معکوس 25605 جفت باز دارد. ژنوم پلاستیدی 114 ژن تک نسخه ای و 19 ژن دو نسخه ای دارد که ژن های تک نسخه ای شامل 79 ژن رمزکننده پروتئین، 4 ژن rRNA ریبوزومی و 31 ژن tRNA است. نتایج نشان داد میان ژن های پلاستیدی فقط 18 ژن دارای 2-1 اینترون هستند که در مقایسه با ژنوم کلروپلاست دو گونه آلوتتراپلوئیدی ژن ycf15 تنها ژن دو نسخه ای موجود در G. herbaceum بود. در G. herbaceum و G. barbadense ژن rpl22 وجود داشت ولی ژن ycf15 در G. barbadense، ژن های rpl22 و ycf15 در G. hirsutum از دست رفته اند. با وجود میزان بالای حفاظت SSRها در ژنوم کلروپلاست این SSRها به دلیل بازده بالا در مقابل SSR ژنومی برای آنالیز تنوع ژنتیکی مفید هستند.

کلید واژگان: G, herbaceum, ژنوم کلروپلاست, توالی یابی

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: فارسی

Comparative bioinformatics analyses of the chloroplast genome of a diploid Cotton (G. herbaceum) with two allotetraploid species

Hajar Nasrollahi, Farshid Talat*, Iraj Bernousi, Mehdi Badri Anarjan

Journal of Crop Biotechnology, Volume:7 Issue: 20, 2018, PP 1 -12

Diploid genome contains 8 genomes designated as A, B, C, D, E, F, G and K which have been identified in the genus Gossypium. The genome of A is limited only in two species as G. herbaceum and G.arboreum, and it is transferred from G. herbaceum to other species. The chloroplast genome (CP) of G. herbaceum has 160,140 bp lengths with protected quadripartite structure. Single copy regions of chloroplast genome are separated by two inverted repeat regions with a large copy region with 88,709 bp also the single copy region and each small inverted repeat regions have 20,221 and 25,605bp. The plastidic' s genome has 113 single copy genes and 19 duplicated copy genes. Single copy genes are encoding of 79 genes for protein production, four ribosomal RNA genes and 31 transfer RNA genes. Result showed that among all plastid genes only 18 genes appeared to have 1-2 intron/s and when compared with chloroplast genome of two allotetraploid species. Ycf15 gene as the only duplicated gene, rpl22 was in G. herbaceum and in the two species has studied G. herbaceum, G. barbadense. But ycf15 gene in G. barbadense and both ycf15 and rpl22 genes were lost in G. barbadense and G. hirsutum. Though the high level of SSR protection in the chloroplast genome. SSRs are useful for genetic variation analysis since they have high efficiency against genomic SSRs.

Keywords: Gossypium herbaceum, Chloroplast Genome, Sequencing

Abstract View Paper Research/Original Article Original: Persian

بدانید!

در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو می‌شود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشته‌های مختلف باشد.
همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته می‌توانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
در صورتی که می‌خواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.

به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

hajar nasrollahi