maryam amirirad
-
Squalene synthase (SQS, EC.2.5.1.21) is a key enzyme involved in the biosynthesis pathway of triterpenoid and steroidal saponins. The present study aimed to collect molecular information about the SQS gene in Achillea species, the medicinal plants rich in saponins. For this reason, genomic DNA was isolated from leaves of three Achillea species, including A. millefolium, A. wilhelmsii, and A. vermicularis in Iran, then partial SQS gene was amplified through PCR and sequenced (NCBI accession numbers: AmSQS KX589055, AwSQS KX685330, and AvSQS KX685331). AmSQS was 800 bp, containing four exons and three introns; AwSQS and AvSQS were 510 bp and 500 bp, respectively, containing three exons and two introns. Phylogenetic analysis demonstrated that the isolated SQS sequences were significantly similar to each other, and to Artemisia annua, another species of the genus Achillea. Furthermore, in the phylogeny tree, the SQS gene sequences of dicots and monocots were located in separate clades. The deduced amino acid sequences obtained from the isolated SQS gene had also a high similarity to each other and other organisms SQSs (>73% similarity to higher plants and more than 57% and 47% to the yeast and human). The deduced amino acid sequences included two regions overlapping with domains B and C of SQS, comprising an important motif of aspartate-rich (DYLED) for substrate binding via Mg2+-bridge. Data resulting from this study was the first report of SQS gene isolation and characterization in Achillea species, which also showed the ability of this gene in taxonomic classification.Keywords: Achillea, Catalytic center, DNA extraction, Phylogenetic tree, SQS sequence
-
علوم زیستی از جمله علوم پایه محسوب شده که هر روزه بر اهمیت آن در جهان افزوده می شود و کشورهای مختلف تلاش دارند تا با سرمایه گذاری بیشتر بر آن بتوانند اقتدار بیشتری پیدا کنند. در آمریکا بیش از نیمی از کل حمایت های دولت فدرال در علوم مختلف، تنها به علوم زیستی اختصاص می یابد. در اتحادیه اروپا علوم زیستی زمینه اشتغال بیش از 22 میلیون نفر را فراهم کرده است. در جمهوری اسلامی ایران از یک سو سیاست های کلی علم و فناوری با تاکید بر مرجعیت علمی و نیز تقویت علوم پایه ابلاغ شده، و از سوی دیگر رشته ها و مقاطع مختلف علوم زیستی در دانشگاه های مختلف کشور دایر است و سالانه پژوهش های زیادی در این حوزه به انجام می رسد. در راستای رهیافت به اهداف سیاست های کلان، در این مطالعه ارزیابی علوم زیستی با مبنای پژوهش در ایران و نیز مقایسه آن در سطح جهانی، در سطح آسیا و در سطح کشور طی یک مطالعه تطبیقی و در دو بازه زمانی سه ساله (2008 تا 2011 و 2012 تا 2015) با استفاده از نظام رتبه بندی لایدن صورت گرفت. این مقایسه با نگاه به کمیت مقالات، کیفیت مقالات، همکاری های بین المللی و همکاری دانشگاه و صنعت صورت گرفت. نتایج این مطالعه نشان می دهد که گرچه علوم زیستی در ایران از نظر تعداد مقالات در وضعیت نسبتا مناسبی قرار دارد، ولی نیاز است تا این شاخص از میانگین رشد این حوزه در جهان فراتر رود تا بتوان این جایگاه را حفظ کرد. همچنین این مطالعه نشان می دهد که از جنبه کیفیت مقالات، دانشگاه های ایران نیاز به تقویت بسیار زیادی داشته و در این شاخص، فعالیت دانشگاه های کشور نسبت به رقبا از کفایت لازم برخوردار نبوده است. از جنبه همکاری های بین المللی نیز دانشگاه ها در ایران در حوزه علوم زیستی باید بتوانند همکاری های خود را با سایر کشورها گسترش دهند. همچنین ارتباط دانشگاه ها با صنعت در حوزه علوم زیستی باید تقویت شود. یافته های این پژوهش نشان می دهد که لزوم تدوین نقشه راه تعالی علوم زیستی در ایران بشدت احساس می شود تا بتوان از این طریق در این حوزه اقتدار آفرین پیشرفت مطلوب داشته باشیم و دراستای مرجعیت علمی حرکت کنیم.
کلید واژگان: علوم زیستی, کمیت, کیفیت, دانشگاه, صنعتToday, the biological sciences are one the most important parts of the basic sciences. This explains why most industrial countries are heavily investing in it. In the USA, more than half of all federal government support in science is allocated to the biological sciences. In the EU, more than 22 million people are employed in professions relating to the biological sciences. In Iran, Science and Technology Initiatives consider basic sciences as one of the important parts of science and most universities educate students in the biological sciences. In addition, some incubators and science parks are devoted to biological sciences. To evaluate the research in biological sciences in Iran, we compared the quantity, quality, international cooperation, and the cooperation between academia and industry with Asian and global universities. To do this, we used Leiden ranking results in two time frames, namely 2008-2011 and 2012-2015. The results demonstrate that Iran stands at a relatively good point based on the number of publications. However, greater efforts are necessary to avoid falling behind in terms of rank. Additionally, this study shows that the quality of publications requires significant improvements. Furthermore, international cooperation of universities should be expanded. Poor industrial cooperation between university and industry is mainly due to the lack of related industries. In conclusion, a detailed plan should be developed to ensure leadership in biological sciences and achieve scientific authority in the field.
Keywords: Biological sciences, Scientific papers, Quantity, Quality, University, Industry -
استخراج DNA از بافت های گیاهی اغلب مشکلاتی را فراهم می سازد. بطورمثال عدم حذف متابولیت های ثانویه نظیر ترکیبات فنلی گیاهان معطر و دارویی، باعث بروز خطا در نتایج کاربرد DNA استخراج شده طی آزمایش های مولکولی می شود. بومادران (Achillea wilhelmsii)، گیاهی دارویی متعلق به تیره کاسنیان (Asteraceae) و انحصاری ایران است که اطلاعات کمی در رابطه با ژنوم آن وجود دارد. بدین جهت بهینه سازی روش های استخراج برای تهیه DNA با کمیت و کیفیت مناسب ضروری به نظر می رسد. در این مطالعه دو روش سنتی استخراج DNA ژنومی از برگ گیاه بومادران (با استفاده از بافت تازه و گیاکده ای) و یک روش دیگر با استفاده از کیت استخراج تجاری MAGNANTM مورد مقایسه قرار گرفته است. نتایج نشان داد که استخراج DNA از برگ های تازه طبق دستورالعمل Khanuja و همکاران (1999) به دلیل افزایش مقدار DNA استخراج شده و کاهش آلودگی ترکیبات مزاحم مثل RNA، پلی ساکاریدها، پروتئین ها و متابولیت های ثانوی بهتر از دو روش دیگر بود. ارزیابی کیفیت DNA استخراج شده از نمونه های گیاکده ای نشان داد که علیرغم مقدار بالای DNA (50-10 برابر نسبت به دو روش دیگر)، کیفیت عصاره روی ژل آگارز بخاطر وجود کشیدگی و شکستگی مولکول DNA پایین بود. این امر می تواند استفاده از عصاره فوق را در آزمایشهای مولکولی با محدودیت روبرو سازد. کاربرد کیت استخراج MAGNANTM گرچه از نظر کاهش زمان و هزینه استخراج و کاهش آلودگی به پروتئین و RNA مناسب بود، اما نیازمند اصلاح فرایند تخلیص برای گیاه بومادران جهت افزایش کمیت DNA حاصل است.کلید واژگان: استخراج ژنومی, بومادران, پلی فنل ها, نانوذرات مغناطیسی, نمونه خشکNova Biologica Reperta, Volume:5 Issue: 4, 2019, PP 458 -465DNA extraction from plant tissues often causes most problems. For example, unsuccessful removal secondary metabolites during extraction, such as phenolic compounds in aromatic and medicinal plants, cause to some mistakes in result of molecular experiments by using of the extracted DNA. Achillea wilhelmsii is a medicinal plant belong to Asteraceae family and native to Iran, there is little information about genomic data in this plant. Therefore, optimizing of the DNA extraction methods for obtaining suitable quality and quantity yield is necessary. In this study, two traditional DNA extraction methods (using fresh and herbarium leaf samples) and commercial DNA kit MAGNANTM in Yarrow have been compared. Results showed that DNA extracted from fresh leaves of yarrow according to Khanuja et al. (1999) was better than the other methods which mentioned in this research, because of the increased amount of extracted DNA and reduced harmful compounds such as RNA, polysaccharides, protein and secondary metabolites. To evaluate the quality of extracted DNA from herbarium specimens showed that, in spite of the high yielding DNA (10-50 fold ratio to the other methods), quality of this extract was low on agarose gel because of smear and broken down the molecules. It can be considered as a limitation of the extract in molecular experiments. Procedure of MAGNANTM DNA kit was appropriate for reducing time and cost of the extraction as well as low contamination to protein and RNA, but the process needs some modifications for yarrow to increase the amount of extracted DNA.Keywords: Achillea wilhelmsii, genomic DNA extraction, herbarium samples, magnetic nanoparticle, polyphenols
- در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو می‌شود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشته‌های مختلف باشد.
- همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته می‌توانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
- در صورتی که می‌خواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.
©2000-2025 magiran.com All Rights Reserved.