جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « secondary structure » در نشریات گروه « زیست شناسی »

تکرار جستجوی کلیدواژه «secondary structure» در نشریات گروه «علوم پایه»

انتخاب همه

A Survey of Gasoline Ameliorator, Methyl-Tert-Butyl Ether (MTBE) on Bovine Serum Albumin: An Spectroscopy and Molecular Dynamic Simulation Study

Ebrahim Shahmansoorian, Seyed-Mohammad Atyabi, Parichehreh Yaghmaei, Faramarz Mehrnejad *

Iranian Journal of Biotechnology, Volume:20 Issue: 3, Summer 2022, PP 77 -87

Background
Methyl-Tert-Butyl Ether (MTBE) as a gasoline modifier is frequently added to fuels and used in plenty of worldwide applications. MTBE biodegradation in groundwater occurs slowly and produces water miscibility; therefore, it causes diverse environmental and human health concerns.
Objectives
The interaction of MTBE with bovine serum albumin (BSA) as a model protein at physiological conditions is investigated to illustrate the possible interactions of MTBE with the body’s proteins.
Materials and Methods
Uv–visible, fluorescence, circular dichroism (CD) spectroscopy methods, and molecular modeling were used to analyze the MTBE’s effect on BSA structure and dynamics. The constant protein concentration and various MTBE contents were used for possible interactions.
Results
The protein structural analysis shows that MTBE binds to BSA via positive enthalpy and entropy via hydrophobic interactions. Molecular docking shows the participation of several amino acids in the MTBE-BSA interaction. The CD spectroscopy results show that the BSA structure was not changed in the MTBE concentrations utilized in the study. Molecular dynamics (MD) simulation results suggest that MTBE can slightly change protein structure in the last 50ns.
Conclusion
Comparing experimental and MD simulation results demonstrated that the BSA secondary structure was maintained in the low concentration of the MTBE. The entropy and enthalpy parameters asserted the hydrophobic interaction was the major force in the interaction between the BSA and MTBE.

Keywords: Bovine serum albumin, Methyl-tert-butyl ether, Molecular Dynamics Simulation, Secondary structure}

Abstract View Paper Research/Original Article Original: English
شناسایی و تعیین خصوصیات میکرو RNAهای حفاظت شده در عدس

سید سجاد سهرابی، احمد اسماعیلی*، فرهاد نظریان فیروزآبادی، حسین فلاحی

مجله پژوهش های سلولی مولکولی (زیست شناسی ایران)، سال سی و دوم شماره 4 (زمستان 1398)، صص 606 -616

میکرو RNAها (miRNAs) دسته ای از مولکول های ریز RNA، غیر کد کننده ی درون زا، با طولی حدود 24-18 نوکلیوتید محسوب می شوند که ژن های هدف را در سطح پس از رونویسی در گیاهان کنترل می کنند. همچنین این گروه از RNA ها نقش مهمی در رشد و نمو، فرآیندهای زیستی، تکثیر سلولی و پاسخ به تنش ها در گیاهان ایفا می کنند. تا به امروز، هیچ گونه گزارشی از شناسایی miRNA برای عدس ثبت نشده است، این در حالی است که چندین گزارش از وجود miRNA در سایر گونه های حبوبات وجود دارد. لذا در مطالعه حاضر به منظور پیش بینی و تحلیل miRNAهای حفاظت شده بالقوه و ژن های هدفشان در عدس، RNA کل از بافت برگ با استفاده از روش ترایزول استخراج شد و مورد توالی یابی قرار گرفت. ابتدا یونی ژن های غیر کننده به پروتئین شناسایی شدند و به عنوان توالی های کاندید پیش ساز miRNA در نظر گرفته شد. در نهایت از بین آن ها پنج miRNA با عناوین miR156، miR166، miR167، miR171 و miR391 متعلق به 5 خانواده حفاظت شده miRNA پس از یکسری فیلترهای سخت گیرانه شناسایی شد. علاوه بر این، mRNA ژن های هدف با استفاده از نواحی جفت شده با miRNAها پیش بینی شدند. در مجموع با توجه به نقش تنظیمی میرناهای شناسایی شده بر طیف وسیعی از ژن های پایین دستی شبکه های ژنی، می توان از این میرناها به عنوان ژن های کاندید در برنامه های به نژادی عدس با هدف بهبود عملکرد کمی و کیفی بهره برد.

کلید واژگان: تجزیه محاسباتی, ریز RNA, ساختار ثانویه, عدس, miRBase}

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: فارسی

Identification and characterization of conserved miRNAs in lentil

Seyed Sajad Sohrabi, Ahmad Ismaili *, Farhad Nazarian, Fallahi Hossein

Journal of Molecular and Cellular Research, Volume:32 Issue: 4, 2020, PP 606 -616

MicroRNAs (miRNAs) are endogenous, noncoding, small RNA molecules consisting of 18-24 nucleotides (nts) that regulate target genes at the post-transcriptional level in plants. Also, this group of RNAs play a crucial role in development of plant, biological processes, cell proliferation and stress response. To date, no miRNAs have been identified in the lentil species although there are several reports on miRNAs in other legume species. Therefore, in this study, in order to identify and analysis of potential miRNAs and their target genes in lentil, total RNA from leaf tissue was extracted using with TRIzol method and was sequenced. Non-protein coding unigenes were identified and considered for candidates of miRNA precursor. Finally five miRNAs belonging to 5 highly conserved families were identified following a range of strict filtering criteria, designated as, lcu-miR156, lcu-miR166, lcu-miR167, lcu-miR171 and lcu-miR391. In addition, we predicted target mRNA genes form complementary base pair in seed region of miRNAs. Totally, due to the regulatory role of the identified miRNA on changing the range of downstream genes in the gene networks, it may be possible to use the identified microRNA as candidate genes in breeding programs aimed at improving the quality and quantity of lentil.

Keywords: Computational analysis, MicroRNA, Secondary structure, Lentil, miRBase}

Abstract View Paper Research/Original Article Original: Persian
سنتز شیمیایی فاز جامد Brevinin2R و دیاسترومر آن به عنوان پپتید ضد باکتریایی ومطالعه ساختار-فعالیت

هاشم یعقوبی، حسین نادری منش، یدالله امیدی، احمد آسوده

مجله زیست شناسی ایران، سال بیست و پنجم شماره 3 (پاییز 1391)، صص 366 -376

ترشحات سطح پوست دوزیستان سرشار از ترکیبات مختلف است. برخی ترکیبات دارای عملکرد فیزیولوژیک و برخی دیگر که دارای فعالیت ضد میکروبی هستند بخشی از دفاع اولیه دوزیستان را تشکیل می دهند. در این تحقیق Brevinin-2R که حاوی 25 آمینواسید برای اولین بار به صورت فاز جامد در ایران سنتز گردید. Brevinin-2R حاوی 25 آمینواسید می باشدکه از پوست قورباغه Rana ridibunda ترشح می شود. این پپتید دارای خاصیت ضد باکتریایی بالقوه بوده وخاصیت همولیتیک ضعیفی دارد. ازلحاظ خصوصیات ساختاری این پپتید دارای انتهای آمینی آب دوست و انتهای کربوکسیل آن دارای لوپ است که توسط یک پیوند دی سولفیدی ایجاد شده است، این ساختار در گونه های Rana مشترک است. به منظور بررسی خصوصیات ساختاری، ضد باکتریایی، فعالیت همولیتیکی و پایداری پروتئولیتیکی آنالوگهای D(دیاسترومرهای D-leu) به صورت فاز جامد سنتز شد ودرستی توالی سنتز شده توسط دستگاه طیف سنجی جرمی تایید گردید. مطالعات ساختاری نشان داد که ساختار مارپیچ α و هیدروفوبیسیته نقش بسیار مهمی را در فعالیت این پپتیدها ایفاء می کند. آنالوگ D هیچ گونه فعالیت همولیتیکی حتی تا غلظت g/mlμ 400 از خود نشان ندادند. در حالی که Brevinin-2R به صورت جزیی دارای خاصیت همولیتیک بود. فعالیت ضد باکتریایی((MIC Brevinin-2R در مقایسه با آنالوگ D در هر دو باکتری های گرم منفی وگرم مثبت بیشتر بود. فعالیت طیف CD در محیط آب و (50 درصد) TFE تری فلورواتانل نشان داد که این پپتیدها در محیط آب هیچ گونه ساختار مشخصی ندارند ولی در محیط TFE که مشابه ساختار غشاء می باشد به صورت مارپیچ آلفا در می آیند که در مورد Brevinin-2R درصد آلفا هلیکس نسبت به آنالوگ خود تفاوت فاحشی داشت. در مورد Brevinin-2R درصد آلفا هلیکس محاسبه شده 53 درصد است. پایداری پروتئولیتیکی نشان داد که پپتید Brevinin-2Rدر مقایسه با آنالوگ D به پروتئازها حساس است.

کلید واژگان: Brevinin2R, خاصیت ضد باکتریایی, وخاصیت همولیتیک, طیف CD, هیدروفوبیسیته, سنتز شیمیایی فاز جامد}

چکیده مشاهده متن زبان: فارسی

Solid phase chemical synthesis and structure- activity study of brevinin-2R and analogues as antimicrobial peptides

Iranian Journal of Biology, Volume:25 Issue: 3, 2012, PP 366 -376

Brevinin-2R، consisting of 25 amino acid residues، from the skin of the frog Rana ridibunda has potent antimicrobial and low hemolytic activity. From a structural point of view، this peptide has an N-terminal hydrophilic region، and a C-terminal loop region delineated by an intra-disulfide bridge، which is a common structural feature of antimicrobial peptides from Rana species. To investigate the structural features for antimicrobial، hemolytic activity and proteolytic stability، analogues diastereomer Sami-D brevinin-2R were synthesized and characterized. Structure-activity relationship studies revealed the importance of the amphipathic α-helical conformation of the reported peptides in inducing antimicrobial effects. Analogues D shows lower antimicrobial activity than brevinin-2R and did not show any hemolytic activity up 400 µg/ml whereas the brevinin-2R show low hemolytic activity. Circular dichroism spectra and the retention time on the C18 reverse phase column revealed that the brevinin-2R formed an amphipathic loop which increased hydrophobicity and helped to induce the α-helical structure in the membrane-mimetic environment. The hemolytic activity of brevinin-2R and its analogs also correlated well with the retention time and the α-helicity.

Keywords: Brevinin, 2R, Antimicrobial peptide, Secondary structure, Hemolytic activity}

Abstract View Paper Original: Persian
نشان ویژگی ملکولی ژن گاما توکوفرول متیل ترانسفراز (γ-tmt) از گیاه گوجه فرنگی(Lycopersicum esculentum L.) رقم Memory 1

طاهره رئوف زاده، رامین حسینی *؟

مجله سلول و بافت، سال سوم شماره 1 (بهار 1391)، ص 29

هدف

هدف این تحقیق همسانه سازی ژن گاما توکوفرول متیل ترانسفراز (γ-tmt) از گیاه گوجه فرنگی رقم Memory 1، جهت تعیین توالی و خصوصیات ملکولی آن و نیز انتقال این ژن به یک گیاه روغنی مثل کلزا در پژوهش های آتی برای بالا بردن خاصیت تغذیه ای آن بود.

مواد و روش ها

از بافت میوه گوجه فرنگی، RNAی کل استخراج و ساخت cDNAصورت گرفت. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن مذکور تکثیر و همراه با ناقلpBluescript (SK-) به کمک آنزیم برشی XbaI هضم و واکنش اتصال با آنزیم T4 انجام شد. باکتریE. coli مستعد با ناقل نوترکیب تراریخت و شناسایی کلونی های نوترکیب بر اساس آزمون سفید–آبی انجام شد.

نتایج

با استفاده از PCR و آغازگرهای اختصاصی، cDNA به طول 1089 bp به دست آمد. همردیف سازی توالی نوکلئوتیدی و اسیدآمینه ای ژن هدف با توالی های γ-tmt دیگر ثبت شده از خانواده Solanaceae به میزان 98 درصد شباهت داشت. در توالی اسید آمینه ای پروتئین استنتاج شده چند تغییر مشاهده شد. با استفاده از نرم افزار PSIpred، ساختارهای دوم و سوم این پروتئین پیش بینی و با استفاده از نرم افزار ClustalW درخت فیلوژنتیکی پروتئین حاصل از این ژن ساخته شد.

نتیجه گیری

cDNAی ژن γ-tmt همسانه سازی شده با توالی ثبت شده از گوجه فرنگی رقم Cerasiforme 98 درصد شباهت داشت. با انتقال این ژن به گیاهان دانه روغنی مانند کلزا می توان میزان آلفا توکوفرول را افزایش داد. این کار هم به اهمیت این گیاه از نظر تغذیه ای می افزاید و هم می تواند مقاومت آن را نسبت به تنش های محیطی بالا ببرد

کلید واژگان: گاما توکوفرول متیل ترانسفراز, ساختمان دوم, ویتامین E}

چکیده مشاهده متن زبان: فارسی

Molecular Characterisation of Gamma Tocopherol Methyl Transferase (γ-tmt) From Tomato CV Memory 1

Raoufzadeh T., Hosseini R

Journal of Cell &Tissue, Volume:3 Issue: 1, 2012, P 29

Aim

The aim of this research was the cloning and sequencing of gamma tocopherol methyl transferase gene (γ-tmt) from Memory 1 cv and transferring it into an oilseed plant such as canola, in the future studies for improving its nutritional value.

Material And Methods

Total RNA was extracted from tomato fruit and cDNA constructed. By using specific primers the γ-tmt gene was amplified by PCR reaction and a 1089 bp fragment was produced. The amplified fragment and the pBluescript (SK-) vector were digested by XbaI. The ligation reaction was carried out by T4 ligase. E. coli competent cells were transformed by the resulting vector and recombinant colonies were identified using the white-blue screening assay.

Results

The nucleotide sequence of the gene was determined and aligned with the available sequences recorded in the NCBI data bank. This sequence showed 98% similarity with the other recorded γ-tmts from Solanaceae family. Some changes in nucleotide sequence and the deduced amino acids were observed. The secondary and tertiary structures of the protein were predicted, using PSIpred software. A phylogenetic tree was also constructed for the protein product of the gene, using ClustalW.

Conclusion

The cloned cDNA of γ-tmt showed 98 % similarity with the recorded sequence from tomato cv Cerasiforme. Upon transfer of this gene into an oil seed plant such as canola, one can increase both its nutritional value and resistance to environmental stresses.

Keywords: Gamma tocopherol methyltransferase, Secondary structure, Vitamin E}

Abstract View Paper Original: Persian

نکته

نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.

به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « secondary structure » در نشریات گروه « زیست شناسی »