جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « snp marker » در نشریات گروه « زیست شناسی »
تکرار جستجوی کلیدواژه «snp marker» در نشریات گروه «علوم پایه»-
ریحان (Ocimum basillicum L.) از مهم ترین گیاهان دارویی حاوی ترکیبات ترپنوییدی از جمله مونوترپن و سزکویی ترپن ها می باشد. ژن های لینالول سینتاز و ژرماکرین D سینتاز از ژن های کلیدی دخیل در سنتز ترپن ها می باشند .در مطالعه حاضر به منظور شناسایی SNPها در این دو ژن در 5 توده مختلف ریحان از نشانگرهای CAPS و توالی یابی استفاده شد. قطعاتی به اندازه 600 و 583 جفت باز از نواحی کدکننده این دو ژن تکثیر و با آنزیم های برشی Pst1 و MseI هضم شد. بعد از توالی یابی و بازیابی قطعه تکثیری هر ژن، شناساییSNPها با استفاده از هم ردیفی توالی های هر ژن در افراد مختلف انجام گرفت. از نه SNP شناسایی شده در ژن لینالول سینتاز، به ترتیب چهار و پنج SNP در ناحیه اینترون و اگزون مشاهده شد. از کلSNP های شناسایی شده در این ژن، 8/77 درصد آنها از نوع همجنس با فراونی 4/44 درصد A/Gو 3/33 درصد T/C و 2/22 درصد آنها از نوع ناهمجنس با فراونی یکسان ناشی از تبدیلات C/G و C/A بود. از 28 SNP شناسایی شده در ژن ژرماکرین D سینتاز، هفت SNP در ناحیه اگزون و 21SNP در ناحیه اینترون شناسایی شد که 8/67 درصد آنها از نوع همجنس با فراوانی 7/35 درصد G/A و 1/32 درصد C/T و 1/32 درصد آنها از نوع ناهمجنس با فراوانی 1/7 درصد T/A، 3/14 درصد G/C و 7/10 درصد C/A بود. نتایج همردیفی توالی ژن ها بین افراد نشان داد که بیشترین جهش در ژن های لینالول سینتاز و ژرماکرین D سینتاز از نوع تبدیل بازهای همجنس A/G و T/C می باشد.کلید واژگان: ریحان, لینالول سینتاز, ژرماکرین D سینتاز, SNP}Basil (Ocimum basillicum L.), one of the most important medicinal plants, contains monoterpene and sesquiterpene compounds. Linalool synthase (LIS) and Germacrene D synthase (GDS) are two key genes involved in terpenes biosynthesis. In the current investigation, cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) markers and sequencing were used to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) in both genes in five different basil populations. For this means, fragments of 600 and 583 bp from the coding sequences of these genes were amplified and digested by using Pst1 and Mse1 restriction enzymes. After retrieval of the sequences of the amplified gene fragments, SNPs were identified based on multiple sequence alignment in both genes in studied basil genotypes. Out of the nine SNPs identified in LIS gene, five occurred in exon region while the number of SNPs identified in intron was four. Of the total SNPs detected in this gene, the proportion of transition was 77.8%, with frequencies of A/G: 44.4% and T/C: 33.3% and C/G and C/A (transversion) with the same frequencies of 22.2%. In GDS gene, in total, 28 SNPs was detected (seven in exon and 21 in intron) of which 67.8% was transient with a frequency of G/A: 35.7% and C/T: 32.1%, and 32.1% transversion (T/A: 7.15%, G/C: 14.3% and C/A: 10.7%). The results of the sequence alignments revealed that the highest number of the identified SNPs in the studied genes are A/G and TC.Keywords: Basil, Linalool Synthase, Germacrene D Synthase, SNP marker}
نکته
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شدهاند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شدهاست. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که میخواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.