جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « پروتئین پوششی » در نشریات گروه « بیوتکنولوژی و ژنتیک گیاهی »
تکرار جستجوی کلیدواژه «پروتئین پوششی» در نشریات گروه «کشاورزی»-
ویروس ها ذرات شگفت انگیزی در طبیعت هستند که برای تکثیر با حداقل مجموعه ژنتیکی طراحی شده اند. این فرآیند حیاتی بسیار پیچیده، نیازمند زمان و همکاری هماهنگ تعدادی از پروتیین های ویروس و میزبان است. به منظور بسته بندی ژنوم، زیر واحد های پروتیینی تکرارشونده ویروسی با یکدیگر و با اسیدهای نوکلییک ویروسی ارتباط برقرار می کنند. اصل کلی حاکم بر بسته بندی، برهم کنش بین ساختار پروتیین پوششی (Coat Protein) و یک سیگنال خاص در اسیدنوکلییک است. تکثیر ویروس های +ssRNA و مونتاژ نوکلیوکپسید آن ها در سیتوپلاسم رخ می دهد و به برهمکنش های پروتیین-پروتیین و پروتیین-RNA نیاز دارد. فرآیند بسته بندی در آن ها خودبه خودی بوده و به ATP نیاز ندارد. برهم کنش بین زیرواحدهای پروتیین پوششی و RNA ژنومی توسط یک ساختار منحصر به فرد در توالی که تمایل بسیار زیادی برای برهم کنش با پروتیین پوششی دارد، کنترل می شود. وجود این ساختارهای خاص در اسیدنوکلییک ویروس که سیگنال بسته بندی (Packaging signal) یا OAS (Origin of assembly sequence) نام دارند، سبب تمایز اسید نوکلییک های ویروسی از سایر مولکول های RNA سلولی موجود در ناحیه ای که مونتاژ در آن روی می دهد، می شود. دانش کلی از سازوکار های دقیق ویروسی، شکل گیری پیکره و اجتماع ویروس ها و بسته بندی ژنوم آن ها که منجر به تشکیل ساختار های پایدار ویروسی می شوند یک پیش نیاز مهم برای درک زیست شناسی کلی ویروس ها می باشد.
کلید واژگان: اسید نوکلئیک, بسته بندی, پروتئین پوششی, مونتاژ, ویروس}Viruses are the amazing particles in nature that is designed to reproduce with a minimal genetic set. This vital process is very complex and requires the time and coordinated activities of a number of virus and host proteins. In order to the genome packaging, the virus protein subunits interact with each other and with viral nucleic acids. The general principle in packaging is the interaction between the structure of coat protein and a specific signal in RNA. Replication of +ssRNA viruses and their nucleocapsid assembly occurs in the cytoplasm and requires Pro-Pro and Pro-RNA interactions. The packaging process in them is spontaneous and does not require ATP. The interaction between the coat protein subunits and the genomic RNA is controlled by a unique structure in the sequence that is highly desired to interaction with the coat protein. The presence of these unique structures in the viral nucleic acid, called the packaging signal or OAS (origin of assembly sequence), causes viral nucleic acid to be distinguished from other cellular RNA molecules in the region which assembly takes place. General knowledge of the precise mechanisms of viruses, the configuration and aggregation of viruses, and the packing of their genomes that lead to the formation of stable viral structures is an important prerequisite for understanding the overall biology of viruses.
Keywords: Assembly, Coat protein, Nucleic acid, Packaging, Virus} -
در سال های اخیر علائم بیماری ویروسی (موزائیک و زردی) در سطح وسیعی از مزارع باقلا استان گلستان مشاهده شده است. ویروس های گیاهی متعلق به جنس پوتی ویروس، یکی از شایع ترین و مهم ترین عوامل بیماری زای ویروسی در گیاهان می باشند. به منظور ردیابی پوتی ویروس ها حبوبات گیاهانی با علایم موزائیک، زردی، بدشکلی و پیچیدگی برگ ها طی فصل زراعی از استان گلستان جمع آوری شد. به منظور تایید آلودگی نمونه ها، RNA کل از نمونه های مذکور استخراج شد. پس از بررسی با جفت آغازگر عمومی پوتی ویروس (Oligo1n/Oligo2n) از بین 35 نمونه، تعداد 12 نمونه آلوده تشخیص داده شد. از بین نمونه های آلوده، تعدادی از نمونه ها به منظور ردیابی ویروس تعیین توالی شدند. نتایج نشان داد که نمونه های استان گلستان آلوده به ویروس موزائیک زرد لوبیا (Bean yellow mosaic virus، BYMV) می باشند. تجریه های تبارزایی، محاسبه فاصله ژنتیکی و تنوع نشان داد که جدایه گلستان در کنار جدایه های استرالیا و ژاپن در یک گروه قرار می گیرند. تعیین جایگاه جدایه ایرانی ویروس BYMV و مقایسه آن با سایر جدایه های دنیا منشا تکاملی و پیدایش این جدایه در ایران را مشخص کرد و به نظر می رسد منشا خارجی دارد. بیش ترین تنوع مولکولی و میزبانی در شرق آسیا موجود می باشد. براساس این نتایج باقلا با علایم موزائیک و بدشکلی برگ بیش ترین میزان آلودگی را به ویروسBYMV در بین میزبان های دیگر دارد.کلید واژگان: آغازگر عمومی, پروتئین پوششی, واکنش زنجیرهای پلی مراز معکوس, ویروس موزائیک زرد لوبیا}In recent years, the viral symptoms (mosaic and yellowing) have been observed in a wide range of broad bean fields in Golestan province in Iran.Viruses of Potyvirus genus are one of the most important viral pathogens in plants. In order to detect these viruses, plants with symptoms of mosaic, leaf deformation and rolling were collected during the growing season in 2013 from legume fields of Golestan Province. Total RNA of the samples was extracted, to confirm the infection. Then, samples were tested by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) using potyvirus universal primers (Oligo1n/Oligo2n). Twelve out of 35 samples showed infection. Some of the infected samples were sequenced. Sequencing results revealed that samples are infected by Bean yellow mosaic virus (BYMV). The results showed that all BWMV sequences can be placed into 4 clades. Golestan isolate was grouped with isolates from Japan and Australia. Determination of the taxonomic position of CP gene in Iranian strain of BYMV and comparison with other strains of worldwide, identified origin, evolution and emergence of the strains in Iran and seems having foreign origin and maximum molecular and host variation occur in Eastern Asia. For result of this study, the broad bean with symptoms of mosaic, leaf deformation were Maximum infection of BYMV in other hosts.
-
ویروس وای سیب زمینی (Potato virus Y، PVY) یکی از رایج ترین و مخرب ترین ویروس های یافت شده در سیب زمینی بوده و پراکنش جهانی دارد. به طورکلی PVY دارای سه نژاد اصلی PVYN، PVYC، PVYO و دو نژاد نوترکیب PVYNTN و PVYWilga می-باشد. به منظور تعیین نژاد های این ویروس در استان گلستان نمونه برداری از مزارع سیب زمینی صورت گرفت. نمونه ها با روش الایزای غیر مستقیم با آنتی سرم اختصاصی PVY آزمون شدند. تهیه cDNA از نمونه های مثبت انجام شده و سپس واکنش RT-PCR انجام شد. محصول نهایی PCRتعیین ترادف شد و ترادف ها با ترادف سایر نژاد های PVY موجود در بانک ژن مقایسه شدند. سه نژاد PVYN، PVYO و PVYWilga برای اولین بار در این استان بر روی میزبان مذکور یافت شد. آنالیزهای فیلوژنتیک این جدایه ها نشان داد که نژاد های PVY در چهار گروه مجزا قرار گرفته و نژاد های ایران بیشترین شباهت را با نژاد های کشورهای لهستان، آلمان، کانادا و برزیل داشت. نژاد PVYN با 03/64 درصد پراکنش به عنوان نژاد غالب در مزارع سیب زمینی استان گلستان شیوع دارد.
کلید واژگان: نژاد, آنالیزهای فیلوژنتیک, اندامک درونهستهای بزرگ, پروتئین پوششی, ویروس وای سیبزمینی}Journal of Genetics, Volume:10 Issue: 3, 2015, PP 429 -436Potato virus Y one of the most common and destructive viruses found in potatoes (Solanum tuberosum L.), and has a worldwide distribution. Generally, PVY have three strains including PVYN، PVYC، PVYO and two recombinant strains PVYNTN and PVYWilga. In order to determine the strains of the virus in the Golestan province samples were collected from potato fields. Samples were verified using an antiserum against PVY by indirect ELISA and posetive samples used in purvey of cDNA and RT-PCR test. Final PCR product was sequenced and comparison was made between these isolates and a number of other PVY strains available in GenBank. Three strains PVYN, PVYO and PVYWilga was reported first time in this province. In phylogenetic analysis showed that investigated strains were grouped into 4 groups. In this tree, Iranian isolate had most similarity with strains of Poland, Germany, Canada and Brazil. PVYN with 64. 03 percent distribution as the dominant strain has spread in potato fields in Golestan province.Keywords: Coat protein, Large nuclear inclusion protein, Phylogenetic analyses, Potato virus Y, Strain} -
ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته داران (Prunus necrotic ringspot virus، PNRSV)، ویروس موزائیک سیب (Apple mosaic virus، ApMV) و ویروس موزائیک آرابیس (Arabis mosaic virus، ArMV) از مهمترین ویروس های گل رز در دنیا به شمار می آیند. هدف از انجام این پژوهش ردیابی و تعیین پراکنش این ویروس ها در گلستان های گل محمدی واقع در استان های اصفهان، کرمان و مرکزی بود. به این منظور، 749 نمونه برگی طی دو سال زراعی 1391 و 1392 و بصورت تصادفی از این گلستان ها جمع آوری شدند. آلودگی این نمونه ها به PNRSV، ArMV و ApMV با استفاده از آزمون سرولوژیکی به روش الیزای مستقیم (Double Antibody Sandwich-ELISA، DAS-ELISA) و با استفاده از پادتن های اختصاصی برای هر کدام از سه ویروس، بررسی شد. نتایج نشان داد که در سال زراعی 1391، 4/41 درصد از نمونه ها به ArMV، 2/20 درصد از نمونه ها به ApMVو 6/3 درصد از نمونه ها به PNRSV و در سال زراعی 1392، 2/31 درصد از نمونه ها به ArMV، 5/32 درصد از نمونه ها به ApMV و 4/16 درصد از نمونه ها به PNRSV آلوده بودند. با توجه به این که پراکنش PNRSV نسبت به دو ویروس دیگر بیشتر بود، تعیین توالی ژن رمزکننده پروتئین پوششی PNRSV برای بررسی بیشتر جدایه های این ویروس انجام، درخت فیلوژنتیکی ترسیم و ماتریس درصد تشابه و ردیابی وقایع نوترکیبی انجام شدند. بر اساس درخت فیلوژنتیکی، جدایه-های ایرانی در گروه PV96 قرار گرفتند. این اولین گزارش از بررسی تنوع ژنتیکی PNRSV در ایران و اولین گزارش از وقوع آلودگی گلستان های گل محمدی استان های مرکزی و اصفهان به PNRSV، ApMV و ArMV می باشد.
کلید واژگان: پروتئین پوششی, تعیین ترادف, ApMV, ArMV, PNRSV}Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV)، Apple mosaic virus (ApMV) and Arabis mosaic virus (ArMV) are important rose viruses in the world. The aims of this study were to detect the viruses and evaluate their distribution in damask rose floricultures of the Isfahan، Kerman and Markazi Provinces. To do this، total 749 leaf samples were collected randomly from floricultures of the mentioned provinces in 2012-13. Presence of the viruses in the samples was checked by DAS-ELISA using specific antibodies against each of the viruses. The result of ELISA test on collected samples in 2012 showed that 4. 41%، 2. 20% and 6. 3% of the samples were infected with ArMV، ApMV and PNRSV، respectively. These percentages for samples collected in 2013، were 2. 31%، 5. 32% and 4. 16%. Because of wider distribution of PNRSV in comparison to ArMV and ApMV، coat protein gene in four isolates of PNRSV was cloned and sequenced. Phylogenetic tree was drawn and recombination analyses were performed. Based on the phylogenetic tree، Iranian isolates were placed in PV96 phylogroup. This is the first report of genetic diversity of PNRSV in Iran and also the first incidence report of ArMV، ApMV and PNRSV in Isfahan and Markazi provinces.Keywords: ApMV, ArMV, Coat protein, PNRSV, Sequencing} -
ویروس موزائیک خیار (CMV Cucumber mosaic virus،) یکی از ویروس های مهم کدوئیان در نقاط مختلف دنیاست. به منظور شناسایی و تعیین جایگاه تکاملی جدایه های این ویروس، تعدادی نمونه از استان های کرمان و یزد جمع آوری گردید. آلودگی به CMV در این نمونه ها توسط آزمون DAS-ELISA مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس گیاه میزبان و مناطق نمونه-برداری، از نمونه های آلوده شش جدایه متفاوت، جهت مطالعات مولکولی انتخاب گردیدند. با استفاده از آزمون RT-PCR و آغازگرهای اختصاصی، یک قطعه 946 جفت بازی در برگیرنده ژن پروتئین پوششی، تکثیر، همسانه سازی و تعیین ترادف گردید. قطعات همسانه سازی شده جهت تعیین جایگاه تکاملی جدایه های ایرانی با ترادف های مشابه مربوط به سایر جدایه های CMV موجود در بانک ژن مقایسه شدند. آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه های بررسی شده در دو زیر گروه I و II قرار می-گیرند که زیر گروه I نیز به دو زیر گروه IA وIB تقسیم می-گردد. دو جدایه ایرانی CMV در زیر گروه IA و چهار جدایه دیگر در زیر گروه IB واقع گردیدند. بیشترین میزان تشابه ترادف نوکلئوتیدی در بین جدایه های ایرانی به میزان 1/99% دربین دو جدایه Ker.Ker.Pep و Ker.Ker.Mel.2 از زیر گروه IB و کمترین میزان تشابه به میزان 1/92% بین دو جدایه Ker.Jir.Cu از زیر گروه IA و Yaz.Yaz.Tom از زیر گروه IB تعیین گردید. جدایه های زیر گروه IB اختصاص به کشورهای شرق آسیا داشته و این بررسی اولین گزارش از وجود تعدادی ازجدایه های CMV مربوط به زیر گروه IB از ایران و خاورمیانه می باشد.
کلید واژگان: فیلوژنی, پروتئین پوششی, ویروس موزائیک خیار}Cucumber mosaic virus (CMV) is one of the most important viruses of cucurbits worldwide. To study the phylogenetic relationships of several CMV isolates, a number of samples were collected from Kerman and Yazd provinces. The CMV infection of the samples was tested using DAS-ELISA method. Based on the host and geographical regions, six ELISA positive samples were chosen for molecular characterization. A 946 bp fragment comprising fulllength of coat protein gene with its flankes was amplified by RT-PCR using specific primer pairs, cloned and sequenced. Sequence comparisons were done using DNAMAN software on CP gene of Iranian isolates and those of available in GenBank. Phylogenetic analysis showed that CMV isolates were divided into two subgroups I and II in which the subgroup I was further divided into two subgroups of IA and IB. Two Iranian isolates sequenced in the present study were placed in the subgroup IA and the rest of isolates in the subgroup IB. The higest nucleotide sequence identity of 99.1% was obtained for the isolates Ker.Ker.Pep and Ker.Ker.Mel.2 (subgroup IB) while the lowest for the isolates Ker.Jir.Cu isolate (subgroup IA) and the Yaz.Yaz.Tom of 92.1 %. Isolates of subgroup IB belong almost exclusively to East Asia. It is the first report of occurrence of subgroup IB of CMV isolates in Iran and Middle East.Keywords: Phylogeny, Coat protein, Cucumber mosaic virus} -
ویروس نوارک ایرانی گندم (Iranian wheat stripe virus، IWSV) عضو غیر قطعی جنس Tenuivirus است. از مهمترین پروتئین های کد شونده توسط تنوئی ویروس ها، پروتئین پوششی (CP) و پروتئین عمده غیرساختمانی (NS4) می باشند و آنتی بادی های تهیه شده بر علیه آنها می توانند برای ردیابی ویروس در طبیعت و بررسی وظایف این ژن ها مورد استفاده قرار گیرند. تهیه آموده خالص این پروتئین ها از گیاه مبتلا اغلب با اشکال روبرو است. در این مطالعه به منظور بیان ژن های cp و ns4 ویروس فوق، هر کدام از این دو ژن با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر و پس از همسانه سازی به ناقل pET 28a انتقال داده شد. پلاسمیدهای نوترکیب در تراریختی باکتری E. coli سویه BL21(DE3) استفاده گردید و سلول های باکتری نوترکیب در محیط کشت حاوی IPTG جهت القاء بیان ژن های هدف کشت شدند. پس از القای بیان، پروتئین های سنتز شده به منظور شناسائی، استخراج شدند. نتایج حاصل از الکتروفورز SDS-PAGE دو نوار را با وزن مولکولی 9/40 و 23 کیلودالتون نشان داد که منطبق با وزن مولکولی محصولات بالقوه ای است که توسط دو ژن مزبور در دیگر تنوئی ویروس ها تولید می شوند. تجزیه وسترن بلات بیان پروتئین های CP و NS4 را با استفاده از آنتی بادی پلی کلونال اختصاصی تائید نمود. چنین پروتئین هائی در مقیاس وسیع و با خلوص زیاد می توانند در سیستم میکروبی تولید شوند و برای تهیه آنتی بادی های اختصاصی مورد استفاده قرار گیرند.
کلید واژگان: بیان ژن, پروتئین پوششی, پروتئین غیرساختمانی, تنوئی ویروس, ویروس نوارک ایرانی گندم}Iranian wheat stripe virus (IWSV) is a tentative member of the genus Tenuivirus. The coat and nonstructural proteins (CP and NS4, respectively) are the most common proteins of tenuiviruses encoded by the vcRNA3 and vRNA4 segments, respectively. The specific antibodies against those proteins can be used for detection of the viruses and investigation of functions of the related genes. To express CP and NS4 of IWSV, the related genes were amplified using specific primers and cloned into the expression vector pET 28a. Recombinant plasmids were used to transform Escherichia coli strain BL21(DE3). The transformed bacteria were cultured in IPTG-induced media. SDS-polyacrylamide gelelectrophoresis showed two bands with molecular weights 40.9 and 23 kDa which corresponded to the molecular weight of the putative products of the related genes in tenuiviruses. The expression of target proteins was confirmed using specific polyclonal antibodies by western blot analysis. The large-scale production of highly purified proteins by a microbial system represents pure antigen free from the contaminating plant materials that can be used to produce the related antibodies.
نکته
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.
©2000-2024 magiran.com All Rights Reserved.