جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « Quantitative trait loci » در نشریات گروه « بیوتکنولوژی و ژنتیک گیاهی »
تکرار جستجوی کلیدواژه «Quantitative trait loci» در نشریات گروه «کشاورزی»-
To evaluate the genetic basis of drought tolerance in rice, an experiment was conducted using 120 recombinant inbred lines (RILs) derived from Neda × Ahlamitarom cross. A factorial experiment based on completely randomized design with three replications was used under greenhouse conditions setting at Gonbad Kavous University. In this study, Polyethylene Glycol (PEG) 6000 was employed to induce osmotic stress (at levels of −4.5 and −9 bar) during both vegetative and reproductive stages. In addition to assessing root and shoot morphological characters, genetic linkage map was constructed using Simple Sequence Repeat (SSR), Inter Primer Binding Site (iPBS), Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism (IRAP), and Inter Simple Sequence Repeats (ISSR) markers. Sixteen Quantitative Trait Loci (QTLs) were identified during vegetative growth stage, while twenty QTLs were identified during the reproductive stage. Through a comparative analysis of the three evaluated treatments, the qRN-12, qRS-11, and qRV-12 lines were determined as stable QTLs suitable for the selection of drought-tolerant lines at the vegetative stage under varying conditions. Several new alleles associated with drought-tolerant QTLs were identified in this study. Notably, in two distinct environmental conditions, crucial QTLs, such as qNTF-12 and qNL-3, related to the numbers of fertile tillers and leaves, were identified as stable QTLs at the reproductive stage. The QTLs identified at vegetative and reproductive stages in this study can serve as stable and major QTLs for selecting drought-tolerant lines in marker-assisted selection (MAS).
Keywords: Major QTL, osmotic stress, Quantitative trait loci, Rice} -
هدف
هدف از پژوهش حاضر، تهیه نقشه پیوستگی نشانگر های SSR و ISSR در جمعیت برنج ایرانی و مکان یابی QTLهای دخیل در تحمل شوری و همجنین ارزیابی تحمل ژنوتیپ های مورد بررسی به تنش شوری بود.
مواد و روش هابه منظور شناسایی QTL های تحمل به تنش شوری آزمایشی در مرحله جوانه زنی بر روی یک جمعیت برنج ایرانی (حاصل از تلاقی اهلمی طارم × ندا) به صورت فاکتوریل در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه سطح تیمار شوری NaCl (0، 12، 22 دسی زیمنس بر متر) و سه تکرار انجام شد.
نتایجاختلاف بین لاین های جمعیت در سطوح مختلف شوری برای کلیه صفات مرتبط با جوانه زنی معنی دار بود. در شرایط نرمال، 4، 1، 2 و 1 QTLبه ترتیب برای وزن ریشه چه، وزن ساقه چه، درصد جوانه زنی و سرعت جوانه زنی ردیابی شد. در تنش شوری 12 دسی زیمنس بر متر به ترتیب 1، 1، 1، 2، 1 و 1 QTLبرای وزن گیاهچه، وزن ساقه چه، طول ریشه چه، طول کلئوپتیل، درصد جوانه زنی و سرعت جوانه زنی مشخص شد و در شوری 22 دسی زیمنس بر متر، به ترتیب 2، 1، 1 و 1 QTL برای وزن ریشه چه، طول گیاه چه، درصد جوانه زنی و سرعت جوانه زنی مکان یابی شد.
نتیجه گیریQTLهای بزرگ اثر در این پژوهش نقش مهمی را در تحمل به شوری ایفا نمودند و می توانند در برنامه های انتخاب به کمک نشانگر جوانه زنی برنج در شرایط شور مورد بررسی قرار گیرند.
کلید واژگان: جوانه زنی, برنج, مکان های ژنی کنترل کننده صفات کمی, انتخاب به کمک نشانگر}ObjectiveThis experiment was conducted for developing of linkage map using SSR and ISSR markers in Iranian rice population, mapping of QTLs involved in salinity tolerance, and also evaluation of salinity tolerance in studied genotype.
Materials and MethodsIn order to determine the salinity tolerance QTLs in a germination stage on an Iranian rice population (caused Ahlami Tarom × Neda cross), a factorial experiment was performed based on a randomized complete block design with three replications under three salinity levels of NaCl (0, 12, 22 dS.m-1).
ResultsThe difference between populations in different levels of salinity was significant for all germination traits. Under normal conditions, 4, 1, 2 and 1 QTLs were detected for radicle weight, plumule weight, germination percentage and germination rate, respectively. In 12 dS.m-1, 1, 1, 1, 2, 1 and 1 QTL for seedling weights, plumule weight, radicle length, coleoptile, germination percentage and germination rate. In 22 dS.m-1, 2, 1, 1 and 1 QTL were located for radicle weight, plant length, germination percentage and germination rate.
DiscussionThe major effects of QTLs in this study played an important role in salinity tolerance and can be studied in marker assisted selection programs in rice under saline conditions.
Keywords: germination, rice, Quantitative Trait Loci, Marker assisted selection} -
In order to study the genetic conditions of some agronomic traits in wheat, a cross was made between Gaspard and Kharchia varieties. F2, F3 and F4 progenies with parents were evaluated under drought conditions. Three-parameter model [m d h] considered as the best fit for number of fertile tiller and flag leaf length using generations mean analysis method. For number of grain per spike and main spike grain weight three-parameter model [m d i] was used. For number of spikelet per spike, grain yield and plant height four-parameter model [m d h i] was used. The heritability values ranged from 56% for flag leaf length to 81% for grain yield. The F3 generation with 100 individuals was used to construct a genetic linkage map. Using the method of composite interval mapping 3, 1, 5, 2, 2 and 1 QTLs were detected for plant height, grain yield, number of spikelet per spike, flag leaf length, main spike grain weight and number of fertile tiller respectively.Keywords: Bread wheat, generations mean analysis, Drought stress, gene effects, Quantitative trait loci}
-
حیوانات نقش داشته باشد. ثابت شده است که این عدم تقارن می تواند عامل رشد کندتر، باروری کمتر و بقای محدودتر موجودات باشد. مطالعه حاضر به منظور شناسایی جایگاه های ژنی موثر بر این عدم تقارن در استخوان متاتارسوس بلدرچین ژاپنی صورت گرفت. بدین منظور از یک طرح سه نسلی F2 حاصل از تلاقی متقابل دوسویه متفاوت بلدرچین ژاپنی (تخم گذار یا سفید و گوشتی یا وحشی) و تشکیل نسل دوم استفاده گردید. با تلاقی 34 پرنده از نسل دوم با یکدیگر، 422 پرنده نسل سوم ایجاد شد. رکوردهای فنوتیپی مربوط به وزن و طول استخوان های مربوط به 403 پرنده ثبت شدند. 414 قطعه از پرندگان هر سه نسل (383 قطعه از نسل سوم) برای هشت نشانگر ریزماهواره تعیین ژنوتیپ شدند. داده های حاصل با استفاده از روش نقشه یابی درون فاصله ای آنالیز شده و QTL مربوط به 12 صفت شناسایی شد. در این تحقیق، شش جایگاه ژنی در فواصل 59، 70، 134، 156، 164 و 184 سانتی مورگان روی کروموزوم شماره یک شناسایی شد. واریانس ناشی از جایگاه های شناسایی شده، 37/0 تا 29/5 درصد از واریانس فنوتیپی صفات موردنظر را شامل می شد.کلید واژگان: عدم تقارن, بلدرچین ژاپنی, جایگاه های ژنی موثر بر صفات کمی}Asymmetry is an indicator of genetic and environmental stressors in organisms and plays an important role in developmental instability. It is suggested that symmetrical individuals do generally have faster growth, higher fecundity, and better survival. To identify Quantitative trait loci affecting some asymmetric traits in Japanese quail, a three-generation resource population was developed by using two distinct Japanese quail strains, wild and white. Eight pairs of white (S) and wild (W) birds were crossed reciprocally and 34 F1 birds were produced. The F1 birds were intercrossed to generate 422 F2 offspring. All of the animals from three generations (453 birds) were genotyped for eight microsatellite markers on chromosome 1. Bone length measured by a digital caliper and bone weighed with an accuracy of 0.1 g. QTL analysis was conducted applying the line-cross model and the least-squares interval mapping approach. Among 12 examined traits, 6 QTL were identified in 59, 70, 134, 156, 164, and 184 cM on chromosome 1. Variance of detected QTL was ranged from 0.37 to 5.29%.Keywords: Asymmetry, Japanese quail, Quantitative Trait Loci}
-
این تحقیق برای شناسایی جایگاه های ژنی مرتبط با صفات رشد در گوسفند کرمانی انجام شد. جمعیت مورد مطالعه شامل 276 بره از 6 خانواده ناتنی پدری بود. هر خانواده شامل 40 تا 50 راس بره بود. 6 والد نر و نتاج آن ها برای تعداد 16 نشانگر ریزماهواره روی کروموزم های 1، 3 و 6 تعیین ژنوتیپ شدند. صفات مرتبط با رشد (وزن تولد، وزن سه ماهگی، وزن 6 ماهگی و وزن 9 ماهگی) روی تمامی نتاج رکوردبرداری شدند. از روش نقشه یابی درون فاصله ای مبتنی بر رگرسیون حداقل مربعات برای تجزیه جایگاه های ژنی مرتبط با صفات کمی (QTL) استفاده شد. QTL مرتبط با صفات وزن تولد، وزن 3 ماهگی و وزن 6 ماهگی روی کروموزوم یک به ترتیب در نواحی 34-30، 91-90 و71-68 سانتی مورگان نسبت به سانترومر مکان یابی شدند و نزدیکترین نشانگرها به QTL به این ترتیب MCM13، MAF4 و DIK5034 بودند. موقعیت ژنومی QTL موثر بر وزن تولد روی کروموزوم 3 در مکان 26 سانتی مورگان قرار داشت و نزدیکترین نشانگر OARVH130 بود. QTL مرتبط با وزن شش ماهگی روی این کروموزوم در 69 سانتی مورگانی نسبت به سانترومر و در مجاور MNS37A بود. نتایج بیانگر QTL کنترل کننده وزن تولد روی کروموزم 6 در موقعیت 62-58 سانتی مورگان نسبت به سانترومر بود. کروموزوم شماره یک بیشترین و کروموزوم شش کمترین تعداد QTL را برای صفات مورد بررسی داشتند و هر سه کروموزوم دارای جایگاه ژنومی کنترل کننده وزن تولد بودند اما QTL معنی دار برای وزن 9 ماهگی روی هیچ کدام از کروموزم های مورد بررسی شناسایی نشد. درصد واریانس ناشی از QTL برای صفات مختلف بین 66/6 تا 00/40 درصد بود.کلید واژگان: تجزیه QTL, جایگاه صفات کمی, گوسفند کرمانی, نشانگر ریزماهواره}Journal of Genetics, Volume:10 Issue: 4, 2016, PP 469 -476The population studied hare was consisted 267 lambs from six half-sib families. each family contained 40 to 50 lambs. The genotype of all six male parent and their progeney determined for 243 microsatellite on chromosome. Growth on traits (birth weight, 3 month weight, 6 month weight and 9 month weight) recorded on all of progeny. The interval mapping method based on the least squares regression was used for analysis of gene position related to quantitative trait loci (QTL).The QTL of birth weight, 3 month weight, 6 month weight traits on chromosome 1 located on regions 30-34, 90-91 and 68-71 cM to centromere. The closest markers to QTL were MCM13, MAF4, and DIK5034, respectively. Gene position of QTL affective on birth weight on chromosome 3 was located on 26 cM and near marker was OARVH130. QTL related with 6 month weight on this chromosome was located on 69 cM to centromere and vicinal to marker MNS37A. The results showed the controlling QTL of birth weight on chromosome 6 was located on position 58-62 cM to centromere. Chromosome 1 had maximum and chromosome 6 had minimum QTL for traits checked and every three chromosome had birth weight control genome position but significant QTL for 9 month weight was not identify on any chromosome.Keywords: QTL Analysis, Quantitative trait loci, Kermani sheep, Microsatellite markers}
-
هدف از انجام این پژوهش شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با وزن و نسبت اندام های داخلی بدن روی کروموزوم شماره 1 در یک جمعیت F2 بلدرچین ژاپنی بود. بدین منظور یک جمعیت سه نسلی از تلاقی دوجانبه دو سویه سفید (تخمگذار) و وحشی (گوشتی) بلدرچین ژاپنی ایجاد شد. 8 جفت بلدرچین سفید و وحشی تلاقی داده شد و تعداد 34 پرنده F1 تولید شد. از تلاقی پرندگان F1 تعداد 422 پرنده F2 تولید شد. رکوردهای فنوتیپی مربوط به وزن ارگان های مختلف پرندگان نسل F2 ثبت شدند. تمامی پرندگان مربوط به هر سه نسل (472) برای 8 نشانگر ریزماهواره موجود بر روی کروموزوم 1 تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز QTL به روش مکان یابی درون فاصله ای مبتنی بر رگرسیون انجام گردید. پس از آنالیز، QTL های معنی داری برای وزن پیش معده، وزن غده یوروپیجیال، وزن بورس فابریسیوس، وزن سنگدان، درصد پیش معده نسبت به وزن لاشه، درصد روده، درصد غده یوروپیجیال و درصد بورس-فابریسیوس شناسایی گردید. واریانس QTL برآورد شده در پژوهش حاضر برای QTL های با اثر افزایشی در محدوده 29/ 7 – 06/ 4 درصد، برای QTL های با اثر غلبه در محدوده 65/ 4 – 96/ 1 درصد و برای QTL های با اثر ایمپرینتینگ در محدوده 25/ 6 – 7/ 2 درصد بود. نتایج حاصل از این پژوهش نشان می دهد که جایگاه های ژنی موثری بر وزن و درصد ارگان های داخلی بدن روی کروموزوم 1 بلدرچین وجود دارد ولی برای درک بهتر ساختار ژنتیکی این صفات به مطالعات بیشتری نیاز است.
کلید واژگان: بلدرچین ژاپنی, جایگاه صفات کمی, نشانگرهای ریزماهواره, طرح F2}The purpose of this study was to identify genomic regions affecting weight and percentage of internal organs on chromosome 1 in an F2 population of Japanese quail. A three-generation resource population was developed by using two distinct Japanese quail strains, wild (meat type) and white (layer type). Eight pairs of white and wild birds were crossed reciprocally and 34 F1 birds were produced. The F1 birds were intercrossed to generate 422 F2 offspring. Phenotypic data including weight of organs were collected on F2 birds. All of the animals from three generations (472 birds) were genotyped for eight microsatellite markers on chromosome 1. QTL analysis was performed with least square regression interval mapping method fitting three various statistical models. Significant QTL were identified for pre-stomach weight, uropygial gland weight, bursa of fabricius weight, gizzard weight, percentage of pre-stomach, percentage of intestine, percentage of uropygial gland and percentage of bursa of fabricius. The proportion of the F2 phenotypic variation explained by the significant additive, dominance and imprinted QTL effects ranged from 4.06 to 7.29%, 1.96 to 4.65% and 2.7 to 6.25%, respectively. The results of this study show that there are quantitative trait loci associated with weight and percentage of internal organs on chromosome 1 in Japanese quail, but more studies are needed to better understand genetic structure of these traits.Keywords: Japanese quail, Quantitative Trait Loci, Microsatellite markers, F2 design} -
در این تحقیق، یک روش مدل مختلط خطی برای نقشه یابی نواحی ژنومی کنترل کننده صفات کمی (QTL) در تلاقی لاین های خالص پیشنهاد شد که اثرات مرتبط با نشانگر را به صورت تصادفی در نظر می گیرد. این روش دارای دو مرحله است. در مرحله اول، معنی دار بودن واریانس ناشی از اثرات تصادفی نشانگرها (واریانس ژنوم) با استفاده از آزمون نسبت احتمال باقیمانده (REMLRT) مورد آزمون قرار می گیرد. معنی دار بودن واریانس ژنوم بیانگر حضور حداقل یک QTL در سطح ژنوم است. در مرحله دوم، بهترین پیش بینی نااریب خطی (BLUPs) نشانگرها برای مکان یابیQTL استفاده می شود. نشانگر دارای بالاترین مقدار مطلق BLUP در بخش ثابت مدل وارد شده و دو مرحله فوق تکرار می شوند تا زمانیکه مولفه واریانس ژنوم غیرمعنی دار شود. دقت این روش با استفاده از داده های شبیه سازی شده مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج نشان داد که این روش دقت بالایی در تشخیص QTL در جوامع با اندازه متوسط و نسبتا بزرگ حاصل از تلاقی لاین های خالص دارد. اگرچه دقت این روش در تشخیص QTL در نمونه های نسبتا کوچک کم بود (شبیه سایر روش های موجود)، مزیت اصلی این روش توانایی آن در وارد نمودن همزمان کل نشانگرها در آنالیز در نتیجه غلبه بر مشکل آزمون های چندگانه است.
کلید واژگان: لاین های خالص, مدل مختلط خطی, نقشه یابی ژنتیکی, QTL}Journal of Genetics, Volume:8 Issue: 3, 2013, PP 299 -304A linear mixed model method for mapping quantitative trait loci (QTL) in inbred crosses was developed which treats the QTL (marker) effects as random. The method has two steps. First, significance of the variance associated with markers (genome variance) is tested using the Residual maximum likelihood ratio test (REMLRT). A significant genome variance component indicates the presence of at least one QTL in the genome. In the second step, the best linear unbiased predictions (BLUPs) of the markers are used to locate the QTL position (marker selection). The selected marker; having the highest BLUP's rank; is then fitted as fixed covariate and the above two steps are repeated until that there is no significant genome variance. The power of the suggested method was studied using simulated data. The results showed that the method is robust in detecting QTL in medium and relatively large populations derived from crosses between inbred lines. Although the power of the method is low in detecting QTL in small populations (as other available methods), the main advantages of the method are the ability to incorporate all of the markers in the analysis simultaneously and to overcome the multiple testing problem.Keywords: Genetic mapping, Inbred populations, Linear mixed model, Quantitative trait loci}
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.
©2000-2024 magiran.com All Rights Reserved.