جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « آنالیز پرموتر » در نشریات گروه « زراعت »
تکرار جستجوی کلیدواژه « آنالیز پرموتر » در نشریات گروه « کشاورزی »-
سابقه و هدف
گل رز چینی با نام علمی Rosa chinensis جزو گیاهان همیشه گلدار، دیپلویید و بومی چین است. دیپلویید بودن این گونه گیاهی انجام کارهای بهنژادی روی این گیاه را تسهیل نموده است. هدف این تحقیق ارزیابی فیلوژنی، آنالیز راه انداز، پیشبینی ساختار پروتیین، پیشبینی پروتیین های برهمکنش دهنده و آنالیز داده RNAseq در 7 ژن VDAC در گل رز چینی است.
مواد و روش هادر این مطالعه ابتدا با استفاده از جستجویBLAST ، همولوگ های ژن VDAC از پایگاه داده مربوط به گل رز چینی دریافت شد و یک جفت آغازگر اختصاصی برای آن طراحی گردید. قطعه تکثیر شده از روی cDNA به کمک واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از حامل همسانه سازی PENTER ، جداسازی و در باکتری E-Coli تکثیر و سپس توالی یابی شد. از همان پایگاه داده، 1500 جفت باز از راه انداز 7 ژن VDAC گل رز چینی برای آنالیز جدا شد و شناسایی نواحی اتصال عوامل رونویسی با استفاده از سایت PlantCARE انجام شد. آنالیز درخت فیلوژنی به وسیله نرم افزار OMEGA7 انجام شد و داده های اولیه از NCBI و Tair حاصل شدند. برهمکنش پروتیین ها به کمک پایگاه داده STRING انجام شد. پیش بینی ساختار سوم پروتیین با استفاده از نرم افزار Pymol و آنالیز RNA seq با استفاده از Mev انجام شد.
یافته هانتایج جداسازی و توالی یابی ناحیه کد کننده دو ژن VDAC1 و VDAC2 نشان از شباهت 100 درصدی ژن های جدا شده و تطابق آن با پایگاه داده گل رز چینی دارد. بررسی های صورت گرفته روی 7 ژن VDAC در گل رز چینی با دیگر ژن های VDAC موجود در گونه های تک لپه و دولپه با وجود تایید محافظت شده بودن این ژن در گل رز چینی و دیگر گونه ها، نشان از تغییرات در توالی ژن دارد که باعث خوشه بندی ژن های گل رز چینی حتی در تیره های دیگر شد. آنالیز راه انداز 7 ژن VDAC نشان داد که نواحی Cis-element متفاوتی مانند عناصر پاسخ دهنده به نور، هورمونها و تنش های غیر زیستی بر روی راه انداز این ژنها وجود دارد. حضور نواحی زیاد مربوط به محل اتصال عوامل رونویسی MYB و MYC و همچنین نواحی پاسخ دهنده به هورمون هایی مانند اسید جاسمونیک، اسید آبسزیک ، اکسین و جیبرلین و حتی سرما و خشکی تاکید بر نقش این ژن در تنش-های غیر زیستی دارد. این موضوع به وسیله آنالیز ترانسکریپتوم در شرایط تنش غیر زیستی و حتی زیستی در رابطه با ژنهای RcVDA2 و RcVDAC5 قابل تایید است.
نتیجه گیریدر مجموع آنالیز داده های ترانسکریپتوم ، آنالیز راه انداز، پیش بینی ساختار 7 پروتیین RcVDAC و بررسی روابط فیلوژنتیک، شواهد آشکاری در رابطه با وجود اورتولوگ های مختلف RcVDAC در گل رز چینی با تفاوت در ساختار سه بعدی پروتیین و تفاوت در میزان بیان و نقش بیولوژیک در تنش های مختلف محیطی دارد.
کلید واژگان: آنالیز ترانسکریپتوم, بلاست, DNA تکمیلی, آنالیز پرموتر, وکتور}Background and objectivesRosa chinensis is an everflowering diploid plant originated from China. The diploid level of the cell in these plant facilities its breeding program. The objectives of the present work were to analyse the phylogenetic relationship, promoter analysis, prediction of protein interaction and structure. Moreover RNA seq analysis of 7 R. chinensis VDAC genes has also been conducted.
Material and methodsVDAC homologues were detected from https://lipm-browsers.toulouse.inra.fr/pub/RchiOBHm-V2/ via BLAST search program. Two pair of primers was design to isolate RcVDAC1 and 2 from R. chinensis cDNA. The PCR amplified segments inserted into PENTER vector and cloned in E-Coli cell and subsequently sequenced. 1500 pb of upstream of seven RcVDAC genes were isolated from lipm-browsers for analyzing by PlantCare software. Phylogenetic tree was laied out by OMEGA 7.0 and all the inputs collected from NCBI and Tair websites. RcVDACs protein interaction predicted via STRING website. RcVDACs proteins structure prediction laied out via Pymole software and R. chinensis transcriptome analysed through RNAseq data by Mev. software.
ResultsIsolation and sequencing results of RcVDAC1-2 indicated that their sequence is as exact as Rosa data bank information. The separation of the RcVDACs in different cluster by phylogenetic tree suggests the formation of highly divergent paralogues in RcVDACs. Research results gained by PlantCare showed different light, PGR and stress responsive cis-regulatory element in different RcVDACs promoter region. The presence of high amount of transcription factor binding site related to MYB and MYC TF as well as having regions responsive to phytohormones such as jasmonic acid, abscisic acids, auxin, gibberellic acid and also drought and cold stress likely suggesting the regulatory role of RcVAC genes under abiotic stress. In fact the results gained by RNAseq data confirmed the regulatory role that RcVDAC2 and 5 may play during biotic and abiotic stress condition.
ConclusionGenerally, the analysis of transcriptome by RNAseq, promoter analysis, prediction of 7 of RcVDAC proteins, and their interacting protein and phylogenetic study shed light on the presence of different RcVDAC orthologes and indicates this difference on protein structure; govern their different biological function in different developmental stage and different stress condition. In fact the results gained by RNAseq data confirmed the regulatory role that RcVDAC2 and 5 may play during biotic and abiotic stress condition. In fact the results gained by RNAseq data confirmed the regulatory role that RcVDAC2 and 5 may play during biotic and abiotic stress condition. Key words: Bioinformatics, cDNA, PENTER, BLAST, PlantCare, RNA seq
Keywords: cDNA, PENTER, BLAST, PlantCAR, RNAseq}
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شدهاند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شدهاست. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که میخواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.