جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه "ژن آنتولوژی" در نشریات گروه "علوم دام"

تکرار جستجوی کلیدواژه «ژن آنتولوژی» در نشریات گروه «کشاورزی»

جستجوی ژن آنتولوژی در مقالات مجلات علمی

انتخاب همه

شناسایی تنوع تعداد کپی و تاثیرات آنها بر ژن های شترهای تک کوهانه ایرانی با استفاده از داده های ‏توالی یابی کامل ژنوم

رضا خلخالی ایوریق، نعمت هدایت ایوریق*، حسن حافظیان، ایوب فرهادی، محمدرضا بختیاری زاده

مجله علوم دامی ایران، سال پنجاه و یکم شماره 2 (تابستان 1399)، صص 113 -119

مطالعه حاضر به منظور شناسایی تنوع تعداد کپی و بررسی اثرات آنها بر ژن های شترهای تک کوهانه با استفاده از داده های توالی یابی کامل ژنومی دو نفر شتر ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. توالی یابی کامل ژنوم نمونه های یزدی و طرودی، به ترتیب حدود 456 و 8/418 میلیون خوانش با اندازه 100 جفت بازی تولید کرد. پس از هم ردیفی خوانش های پالایش شده در ژنوم مرجع (شماره دسترسی در NCBI: GCA_000767585.1)، از الگوریتم مبتنی بر عمق خوانش، برای شناسایی تنوع تعداد کپی ها استفاده شد. تنوع تعداد کپی شناسایی شده برای نمونه های موردمطالعه برابر با 831 برای شتر یزدی و 312 برای شتر طرودی بود. نزدیک به 60 درصد (606 ژن برای شتر یزدی و 288 ژن برای شتر طرودی) از تنوعات شناسایی شده، با ژن ها دارای تداخل بودند و ما بقی در نواحی خارج ژنی قرار داشتند. نتایج به دست آمده نشان داد که ژن های مهمی از جمله ژن های دخیل در عملکرد سیستم ایمنی و مرگ سلولی برنامه ریزی شده دارای تنوع تعداد کپی هستند. همچنین دو ژن مهم OOEP و WWC3 که در عملکرد تولیدمثلی پستانداران نقش دارند، در نمونه های مورد مطالعه دارای تنوع تعداد کپی بودند.

کلید واژگان: توالی یابی نسل بعد, تولیدمثل, ژن آنتولوژی, ژنومیکس‏

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: فارسی

Identification the copy number variation and its impacts on the genes of Iranian dromedary ‎camels using whole genome sequencing data

Reza Khalkhali-Evrigh, Nemat Hedayat-Evrigh *, Hassan Hafezian, Ayoub Farhadi, Mohammad Reza Bakhtiarizadeh

Iranian Journal of Animal Science, Volume:51 Issue: 2, 2020, PP 113 -119

The present study was performed to identify the copy number variations and their impacts on the genes of dromedary camels using whole genome sequencing data of two Iranian dromedary camels (Yazdi camel and Trodi camel). Whole genome sequencing of the Yazdi and Trodi samples produced about 456 and 418.8 paired-end reads with a read length of 100 bp, respectively. After mapping of trimmed reads to reference genome (NCBI accession number: GCA_000767585.1), a read-depth based algorithm was used to identify copy number variations. Identified copy number variations of studied samples, were 831 for Yazdi and 312 for Trodi camels. Nearly 60% (606 genes for Yazdi and 288 for Trodi camel) of the identified variants overlapped with the genes, and the rest were in the none genic regions. The obtained results showed that important genes including genes involved in immune system function and programmed cell death have copy number variation. As well as, two important genes of studied samples, OOEP and WWC3, which are involved in mammalian reproductive function, had copy number variation.

Keywords: gene ontology, Genomics, Next generation sequencing, reproduction

Abstract View Paper Research/Original Article Original: Persian
شناسایی و آنالیز حذف و درج ها در ژنوم شترهای تک کوهانه ایرانی با استفاده از داده های توالی یابی کل ژنوم

رضا خلخالی ایوریق، سید حسن حافظیان*، نعمت هدایت ایوریق، ایوب فرهادی، محمدرضا بختیاری زاده *

مجله تولیدات دامی، سال بیستم شماره 1 (بهار 1397)، صص 109 -120

این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درج های (ایندل ها) موجود در ژنوم شتر تک کوهانه ایرانی و ارزیابی گروه های عملکردی مرتبط با آن ها، با استفاده از داده های توالی یابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تک کوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندل های شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی واریانت (GATK و SAMtools) استفاده گردید. در نهایت، تنوع های شناسایی شده مشترک بین دو برنامه، بعد از پالایش کیفی به عنوان ایندل های نهایی در نظر گرفته شدند. مطالعه حاضر منجر به شناسایی تعداد 351429 ایندل برای شتر یزدی و 341479 ایندل برای شتر طرودی شد. برای انجام آنالیزهای بیشتر، از ایندل هایی استفاده شد که در حاشیه نویسی به عنوان واریانت های با اثر بالا طبقه بندی شده بودند. تعداد ایندل های با اثر بالا به ترتیب برای شتر یزدی و طرودی برابر با 3424 و 3506 بودند. برای انجام مقایسه بین نمونه شترهای ایرانی و شترهای غیر ایرانی، از داده های توالی یابی کل ژنوم یک نمونه شتر با منشاء آفریقایی استفاده شد. مقایسه ایندل های با اثر بالا بین سه نمونه، نشان داد که تعداد 1595 ایندل، بین آن ها مشترک می باشند. ارزیابی نتایج ژن آنتولوژی نشان داد که بسیاری از عبارات معنی دار شده، مربوط به توانایی شترها برای تحمل شرایط سخت بیابانی می باشند.

کلید واژگان: ایندل, ایلومینا, تنوع ژنتیکی, ژن آنتولوژی, گروه های عملکردی

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: فارسی

Detection and analysis of deletions and insertions in genome of Iranian dromedary camels using whole genome sequencing data

Reza Khalkhali Ivriq, Seyed Hassan Hafezian*, Nemat Hedayat Evrigh, Ayoub Farhadi, Mohammad Reza Bakhtiarizadeh

Journal of Animal Productions, Volume:20 Issue: 1, 2018, PP 109 -120

This study was carried out for identification of deletions, insertions (INDELs) and assessment of their related functional groups in two Iranian dromedary camels (Yazdi camel and Trodi camel) using whole genome sequencing data. In this study, two powerful variant callers (GATK and SAMtools) were used to increase precision and accuracy of detected INDELs. Finally, common identified variants between two programs, after quality filtration, were considered as final INDELs. The present study led to identification of 351429 INDELs for Yazdi camel and 341479 INDELs for Trodi camel. Annotated INDELs that classified as high impact INDELs, were used for further analysis. The numbers of high impact INDELs were 3424 and 3506 for Yazdi and Trodi camels, respectively. To compare Iranian camels with non-Iranian camels, we used whole genome sequencing data of one African origin camel. Comparison of high impact INDELs between three samples showed that 1595 INDELs were common between them. Assessment of gene ontologys results showed that many of significant terms are related to the ability of camels to withstand serve desert conditions.

Keywords: Functional groups, Gene ontology, Genetic diversity, Illumina, INDEL

Abstract View Paper Research/Original Article Original: Persian

نکته

نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.

به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه "ژن آنتولوژی" در نشریات گروه "علوم دام"