جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه "spm" در نشریات گروه "پزشکی"

جستجوی spm در مقالات مجلات علمی

انتخاب همه

Evaluation and Comparison of Automatic Brain Segmentation Methods Based On the Gold Standard Method

Seyed Amir Zamanpour, Zohreh Ganji, Bahareh Bigham, Fariba Zemorshidi, Hoda Zare *

Iranian Journal of Medical Physics, Volume:20 Issue: 4, Jul-Aug 2023, PP 233 -245

Introduction
Accurate segmentation of brain tissue in magnetic resonance imaging (MRI) is an important step in the analysis of brain images. There are automated methods used to segmentation the brain and minimize the disadvantages of manual segmentation, including time consuming and misinterpretations. These procedures usually involve a combination of skull removal, bias field correction, and segmentation. Therefore, segmented tissue quality assessment segmentation of gray matter (GM), white matter (WM), and cerebrospinal fluid (CSF) is required for the analysis of neuroimages.
Material and Methods
This paper presents the performance evaluation of three automatic methods brain segmentation, fluid and white matter suppression [FSL, Freesurfer (FreeSurfer is an open source package for the analysis and visualization of structural, functional, and diffusion neuroimaging data from cross-sectional and longitudinal studies) and SPM12 (Statistical Parametric Mapping)]. Segmentation with SPM12 was performed on three tissue probability maps: i) threshold 0.5, ii) threshold 0.7 and iii) threshold 0.9. In order to compare and evaluate the automatic methods, the reference standard method, i.e., manual segmentation, was performed by three radiologists.
Results
Comparison of GM, WM and CSF segmentation in MR images was performed using similarities between manual and automatic segmentation. The similarity between the segmented tissues was calculated using diagnostic criteria.
Conclusion
Several studies have examined the classification of GM, WM, and CSF using software packages. In these studies, different results have been obtained depending on the type of method and images used and the type of segmented tissues. In this study, the evaluation of the segmentation of these packages with reference standard method is performed. The results can help users in selecting an appropriate segmentation tool for neuroimages analysis.

Keywords: MRI, Brain, Segmentation, FSL, Freesurfer, SPM

Abstract View Paper Research/Original Article Original: English
بررسی فنوتیپی و ژنوتیپی مقاومت متالوبتالاکتامازی در ایزوله های بالینی اشریشیاکلی و کلبسیلاپنومونیه

هدا میری، فاطمه نوربخش، معصومه مهدوی اورتاکند

نشریه ارمغان دانش، سال بیست و هفتم شماره 6 (پیاپی 155، بهمن و اسفند 1401)، صص 798 -816

زمینه و هدف

استفاده از سفالوسپورین‌های طیف وسیع در درمان عفونت‌ها، باعث پیدایش دسته جدیدی از بتالاکتامازها به نام متالوبتالاکتاماز گردیده است، این آنزیم‌ها به بتالاکتامازهای کلاس B آمبلر تعلق دارند. متالوبتالاکتامازهای گروه A وB در انتروباکتریاسه‌ها مشکلاتی در درمان ایجاد می‌کنند. این مطالعه با هدف بررسی فنوتیپی سویه‌های مولد متالوبتالاکتاماز اشریشیاکلی و کلبسیلاپنومونیه و هم‌چنین بررسی مولکولی ژن های SPM، VIM، SIM، IMP و GIM انجام شد.

روش بررسی

این یک مطالعه توصیفی‌ کمی می‌باشد که بر روی 185 بیمار بستری در بخش‌های مراقبت‌های ویژه بیمارستان میلاد تهران در تاریخ اسفندماه تا اردیبهشت ماه 13991398 انجام گرفت و 45 سویه اشریشیاکلی و 62 سویه کلبسیلاپنومونیه انتخاب شدند. جهت بررسی مقاومت آنتی‌بیوتیکی سویه‌ها از آزمون انتشار در آگار و هم‌چنین جهت بررسی فنوتیپی سویه‌های مولد متالوبتالاکتاماز، از روش دیسک ترکیبی استفاده شد. بررسی مولکولی ژن‌های مولد متالوبتالاکتاماز به روش PCR انجام گردید. داده‌های جمع‌آوری شده با استفاده آزمون فیشر تجزیه و تحلیل شدند.

یافته‌ها:

در مطالعه حاضر بیشترین مقاومت آنتی‌بیوتیکی سویه‌های اشریشیاکلی و کلبسیلاپنومونیه به ترتیب نسبت به آنتی‌بیوتیک‌های کوتریموکسازول و سفپیم مشاهده شد. 5/14 درصد از سویه‌های کلبسیلاپنومونیه و 5/15 درصد از سویه‌های اشریشیاکلی در روش فنوتیپی، مولد آنزیم متالوبتالاکتاماز بودند. هم‌چنین 9/88 درصد از سویه‌های اشریشیاکلی مورد بررسی حامل ژن SPM، 40 درصد حامل ژن VIM، 7/66 درصد حامل ژن SIM و 6/15 درصد حامل ژن IMP بودند. در سویه‌های کلبسیلاپنومونیهفراوانی ژن‌های SPM، VIM، SIM، IMP و GIM به ترتیب 8/54، 9/41، 1/58، 2/3 و 1/8 درصد مشاهده شد.

نتیجه‌گیری:

در این مطالعه درصد بالایی از ژن‌های مولد آنزیم متالوبتالاکتاماز در باکتری‌ها وجود داشتند، در حالی که 5/14 درصد از سویه‌های کلبسیلاپنومونیه و 5/15 درصد از سویه‌های اشریشیاکلی در روش فنوتیپی، مولد آنزیم متالوبتالاکتاماز بودند، این مسیله بیانگر این مطلب است که ژن‌های مولد آنزیم‌ها در باکتری‌ها وجود دارند و در مقادیر بالایی بیان نمی‌شوند. این احتمال نیز وجود دارد که این ژن‌ها بیان می گردند، اما با روش‌های فنوتیپی معمول قابل بررسی نیستند، لذا تلاش‌هایی در جهت یافتن روش‌های فنوتیپی قابل اطمینان، ارزان و آسان برای بررسی فنوتیپی باید صورت گیرد.

کلید واژگان: کلبسیلا پنومونیه, اشریشیاکلی, مقاومت متالوبتالاکتامازی, دیسک ترکیبی, ژن های, واکنش زنجیره ای پلیمراز(PCR)

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: فارسی

Phenotypic and Genotypic Investigation of Metallobetallactamase Resistance in Clinical Isolates of Escherichia Coli and Klebsiella Pneumoniae

H. Miri, F .Nourbakhsh, M. Mahdavi Ortakand

Armaghane-danesh, Volume:27 Issue: 6, 2023, PP 798 -816

Background & aim

The use of broad-spectrum cephalosporins in the treatment of infections has led to the emergence of a new class of beta-lactamases called metallobetalactamase, these enzymes belong to Ambler's class B beta-lactamases. Group A and B metallobetalactamases in Enterobacteriaceae cause problems in treatment. The present study was conducted with the aim of phenotypic investigation of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae metallobetalactamase producing strains, as well as molecular investigation of SPM, VIM, SIM, IMP and GIM genes.

Methods

The present descriptive-quantitative study was conducted on 185 patients hospitalized in the special care units of Milad Hospital in Tehran from March to May 2018-2019, and 45 strains of Escherichia coli and 62 strains of Klebsiella pneumoniae were selected. In order to check the antibiotic resistance of the strains, diffusion test in agar was used and also to check the phenotypic of the metallobetalactamase producing strains, the combined disc method was used. Molecular investigation of metallobetalactamase producing genes was done by PCR method. The collected data were analyzed using Fisher's test.

Results

In the present study, the highest antibiotic resistance of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae strains was observed to cotrimoxazole and cefepime antibiotics, respectively. 14.5% of Klebsiella pneumoniae strains and 15.5% of Escherichia coli strains produced metallobetalactamase enzyme in the phenotypic method. Also, 88.9% of the studied Escherichia coli strains carried the SPM gene, 40% carried the VIM gene, 66.7% carried the SIM gene, and 15.6% carried the IMP gene. SPM, VIM, SIM, IMP and GIM genes were found to be 54.8, 41.9, 58.1, 3.2 and 8.1% in Klebsiella pneumoniae strains, respectively.

Conclusion

In the present study, there was a high percentage of genes producing metallobetalactamase enzyme in bacteria, while 14.5% of Klebsiella pneumoniae strains and 15.5% of Escherichia coli strains were producing metallobetalactamase enzyme in the phenotypic method. that genes producing enzymes exist in bacteria and are not expressed in high amounts. There waS also the possibility that these genes were expressed, but could not be checked with the usual phenotypic methods, so efforts should be made to find reliable, cheap and easy phenotypic methods for phenotypic examination.

Keywords: Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Metallobetallactamase resistance, Combined disc, SPM, VIM, SIM, IMP, GIM genes, Polymerase chain reaction (PCR)

Abstract View Paper Research/Original Article Original: Persian
شیوع ژنهای IMP و SPM در ایزوله های بالینی آسینتوباکتر بومانی مقاوم به کارباپنم ها در بیمارستانهای آموزشی شهر ساری

زهرا نوروزی بازگیر، آهنجان *، محمدباقر هاشمی سوته، حمیدرضا گلی

مجله دانشگاه علوم پزشکی مازندران، پیاپی 174 (تیر1398)، صص 30 -41

سابقه و هدف
با توجه به شیوع بالای مقاومت به کارباپنمها در آسینتوباکتر بومانی، هدف از انجام این مطالعه بررسی شیوع ژن های مقاومت به کارباپنم ها در ایزوله های بالینی این باکتری بود.
مواد و روش ها
در این مطالعه 100 ایزوله بالینی آسینتوباکتر بومانی از بیمارستان های آموزشی - درمانی علوم پزشکی مازندران جمع آوری شد. ایزوله ها با استفاده از تست های استاندارد میکروبیولوژی مورد تایید نهایی قرار گرفتند و الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی باکتری ها به روش دیسک آگار دیفیوژن ارزیابی شد، در حالیکه برای تعیین حداقل غلظت مهارکنندگی کلیستین از روش آگار دایلوشن استفاده گردید. تست فنوتیپی دیسک ترکیبی (CDT) Combined Disk Test برای بررسی تولید کارباپنمازها شده و برای بررسی حضور ژنهای IMP و SPM در ایزوله ها از روش مولکولی PCR استفاده گردید.
یافته ها
بیشترین و کمترین میزان مقاومت آنتی بیوتیکی در این مطالعه، بترتیب نسبت به آنتی بیوتیکهای پیپراسیلین (99%) و کلیستین (7%) مشاهده شد. از بین 100 ایزوله آسینتوباکتر بومانی 97 ایزوله مقاوم به کارباپنم ها بودند، در حالیکه آزمایش فنوتیپی CDT نشان داد که 95 ایزوله تولید کننده متالو بتالاکتاماز بودند. از میان سویه های مقاوم به کارباپنم ها فقط 2 (06/2 درصد) ایزوله دارای ژن IMP بودند، در حالیکه هیچ کدام از این ایزوله ها حامل ژن SPM نبودند.
استنتاج
نتایج به دست آمده نشان داد که مکانیسم های دیگر مقاومت از قبیل افزایش فعالیت سیستم افلاکس، کاهش بیان پروتئین های غشای خارجی، افزایش بیان آنزیم AmpC یا تولید سایر کارباپنمازها می توانند در مقاومت به کارباپنم ها در آسینتوباکتر بومانی ایزوله شده در این منطقه موثر باشند.

کلید واژگان: آسینتوباکتر بومانی, کارباپنم ها, متالوبتالاکتامازها, IMP, SPM

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: فارسی

Prevalence of IMP and SPM Genes in Clinical Isolatesof Carbapenem Resistant Acinetobacter baumanniiin Educational Hospitals of Sari, Iran

Zahra Norouzi Bazgir, Mohammad Ahanjan*, Mohammad Bagher Hashemi Soteh, Hamid Reza Goli

Journal of Mazandaran University of Medical Sciences, Volume:29 Issue: 174, 2019, PP 30 -41

Background and purpose
Acinetobacter Baumannii is an opportunistic bacterium, which is considered as a concern in hospitals throughout the world due to high antibiotic resistance rate. The aim of this study was to investigate the prevalence of carbapenem resistance genes in clinical isolates of this bacterium.
Materials and methods
In this study, 100 clinical isolates of Acinetobacter Baumannii were collected from hospitals affiliated to Mazandaran University of Medical Sciences. Antibiotic susceptibility patterns of the bacteria were evaluated using disk agar diffusion method and agar dilution method was used to determine the minimum inhibitory concentration of colistin. Carbapenemase-producing isolates were detected by phenotypic Combined Disk Test (CDT) and PCR method was performed to investigate the presence of IMP and SPM genes in the isolates.
Results
The highest and the lowest antibiotic resistance rates were to piperacillin (99%) and colistin (7%), respectively. Among the isolates studied, 97 were found to be resistant to carbapenems, while phenotypic evaluation (CDT) showed metallo-beta-lactamase production in 95 isolates. Of the strains resistant to carbapenems, only two (2.06%) contained the IMP gene, while none of these isolates carried the SPM metallo-beta-lactamase.
Conclusion
According to the findings, other mechanisms of resistance such as increasing the activity of the efflux pumps, decreasing the expression of outer membrane proteins, excessive expression of the AmpC enzyme or production of other carbapenemases can be effective in resistance to carbapenem in Acinetobacter Baumannii species isolated in this area.

Keywords: Acinetobacter baumannii, carbapenems, metallo-beta-lactamases, IMP, SPM

Abstract View Paper Research/Original Article Original: Persian
Assessment of the impact of applying attenuation correction on the accuracy of activity recovery in Tc99m-ECD brain SPECT of healthy subject using Statistical Parametric Mapping (SPM)

Faezeh Vedaei, Alireza Kamali Asl, Faraz Kalantari, Mojtaba Ansari, Mohammad Reza Ay

Iranian Journal of Nuclear Medicine, Volume:19 Issue: 2, Summer-Autumn 2011, PP 52 -59

Introduction
Photon attenuation in tissues is the primary physical degrading factor limiting both visual qualitative interpretation and quantitative analysis capabilities of reconstructed Single Photon Emission Computed Tomography (SPECT) images. The aim of present study was to investigate the effect of attenuation correction on the detection of activation foci following statistical analysis with SPM.
Methods
The study population consisted of twenty normal subjects (11 male, 9 female, and age 30-40 years). SPECT images were reconstructed using filter back projection and attenuation correction was done by the Chang method. The SPECT imagings was obtained 20 min after intravenous injection of 740-1110 MBq (20-30 mCi) of Tc99m-ECD and were acquired on 128×128 matrices with a 20% symmetric energy window at 140 keV. These data publicly distributed by the Society of Nuclear Medicine of Toronto Hospital. The data was standardized with respect to the Montreal Neurological Institute (MNI) atlas with a 12 parameter affine transformations. Images were then smoothed by a Gaussian filter of 10 mm FWHM. Significance differences between SPECT images were estimated at every voxel using statistical t-test and p-value as the significant criteria was set at 0.05.
Results
The contrast comparing non attenuation corrected to attenuation corrected images suggest that regional brain perfusion activity increase in the cerebrum, frontal (T-value 12.06), temporal (T-value 10.63) and occipital (T-value 9.31) lobe and decrease in the sub-lobar, extra-nuclear (T-value 17.46) and limbic lobe, posterior cingulate (T-value 17.46) before attenuation correction compare with attenuation correction.
Conclusion
It can be concluded that applying attenuation correction in brain SPECT can effectively improve the accuracy of the detection of activation area (p<0.05).

Keywords: SPM, SPECT, Attenuation correction, Activation foci

Abstract View Paper Original: English

نکته

نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.

به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه "spm" در نشریات گروه "پزشکی"