جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « Specific Primers » در نشریات گروه « پزشکی »

انتخاب همه

معرفی یک متد تشخیصی برای شناسایی ژنوم ویروس SARS-CoV2 با استفاده از روش SYBR green Real-time PCR

علیرضا مردمی، سعید عابدیان کناری*

مجله دانشگاه علوم پزشکی مازندران، پیاپی 206 (اسفند 1400)، صص 154 -159

سابقه و هدف

روش های متفاوتی برای تشخیص مولکولی ژنوم ویروس کرونا معرفی شده است که روش های مبتنی بر تکثیر ژنوم از موثرترین تست ها برای تشخیص ویروس هستند. از آنجایی که اکثر کیت های تایید شده PCR برای تشخیص ویروس کرونا بر پایه TaqMan real time PCR هستند که به دلیل استفاده از پروب های حاوی فلیورسنت و کویینچر هزینه تمام شده بالایی دارند. لذا، هدف از این مطالعه طراحی روشی ارزان و ساده برای تشخیص ژنوم ویروس کرونا براساس تست کمی PCR- SYBR green برای ژن نوکلیوکپسید ویروس بوده است.

مواد و روش ها

پرایمرهای اختصاصی برای ژن نوکلیوکپسید ویروس و نیز ژن کنترل انسانی به وسیله نرم افزار Oligo طراحی شد و از نظر اختصاصیت به وسیله قابلیت Primer-BLAST پایگاه NCBI مورد بررسی قرار گرفتند. نمونه های سواب بینی از 10 بیمار کرونایی تایید شده به وسیله PCR و نیز 10 فرد کنترل دریافت گردید و وارد مطالعه شدند.

یافته ها

واکنش های طراحی شده با انطباق کامل با کیت مورد تایید وزارت بهداشت عمل افتراق افراد سالم از افراد بیمار انجام گرفت به طوری که Cut-off برای Ct واکنش برای جفت پرایمر N1 برابر با 72/39 و برای جفت پرایمر N2، 69/39 محاسبه گردید.

استنتاج

واکنش طراحی شده براساس SYBR green real time PCR پتانسیل شناسایی ژنوم ویروس کرونا در نمونه های بالینی را از خود نشان داد و این روش در صورت طراحی مناسب پرایمرها و شرایط استاندارد واکنش می تواند به عنوان جایگزین کم هزینه تری برای روش TaqMan real time PCR مطرح گردد.

کلید واژگان: کرونا, واکنش زنجیره ای پلیمراز, پرایمر اختصاصی}

چکیده مشاهده متن خلاصه گزارش زبان: فارسی

Introducing a New SYBR green Real-time PCR for Detection of SARS-CoV2 Virus Genome

Alireza Mardomi, Saeid Abediankenari*

Journal of Mazandaran University of Medical Sciences, Volume:31 Issue: 206, 2022, PP 154 -159

Background and purpose

There are various methods for molecular detection of SARS-CoV2 genome among which, PCR-based methods are the most reliable for making diagnosis. The majority of approved PCR kits for detection of Coronavirus are based on TaqMan real-time PCR which is expensive due to incorporating fluorescent and quencher-harboring probe. The aim of this study was to design a simple and affordable method for detection of SARS-CoV2 based on a more affordable SYBR green qPCR method.

Materials and methods

Specific primers were designed for the virus nucleocapsid gene and the human control gene using Oligo software. The specificities of the primers were examined by Primer-BLAST capability according to NCBI database. Nasal swab samples were obtained from 10 PCR-confirmed COVID-19 patients and 10 healthy control people.

Results

The designed reactions were performed in full compliance with the kit approved by the Ministry of Health to discriminate healthy individuals from COVID-19 patients. The Ct cut-off values calculated for N1 and N2 reactions were 39.72 and 39.69, respectively.

Conclusion

The designed SYBR green-based reaction showed a potential role for detection of SARS-CoV2 genome in clinical samples and this method can be considered as a less-expensive alternative to TaqMan real time PCR if the primers and standard reaction conditions are properly designed.

Keywords: COVID-19, Real-time PCR, specific primers}

Abstract View Paper Brief Report Original: Persian
Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay for Identification of Clinical Enterococcus Species

Masoud Yousefi, Fatemeh Fallah, Ali Hashemi, Ali Nazari, alam, Mohammad Reza Pourmand*

Archives of Clinical Infectious Diseases, Volume:14 Issue: 3, Jun 2019, P 5

Background
Enterococci are recognized as a cause of nosocomial infections and a major public health problem. The reliable identification to the species level of enterococci should be considered.
Objectives
The study aimed to develop a LAMP assay for the rapid and accurate detection of Enterococcus faecalis and E. faecium.
Methods
In total, 57 enterococcal isolates from UTI patients were identified using conventional microbiological methods. Two sets of specific primers were designed for E. faecalis and E. faecium targeting the mtlf and efmC genes, respectively. The LAMP assays were conducted using specific primers, dNTPs, MgSO4, Bst DNA polymerase, and templates.
Results
The results of phenotypic testing indicated that of the 57 enterococcal isolates, 49 (85.9%) were identified as E. faecalis and eight (14.1%) as E. faecium. The optimal reaction temperatures in the LAMP assays were 60 and 61ºC for the detection of E. faecalis and E. faecium, respectively. All the 57 enterococcal isolates were identified as E. faecalis by the LAMP assay.
Conclusions
The present study highlights the importance of the LAMP assay as a rapid and confirmatory tool for the identification of clinical Enterococcus spp.

Keywords: Enterococcus, Molecular Diagnostic Technique, Polymerase Chain Reaction, Specific Primers}

Abstract View Paper Research/Original Article Original: English

نکته

نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.

به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « Specific Primers » در نشریات گروه « پزشکی »