جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « تحلیل فیلوژنتیکی » در نشریات گروه « دامپزشکی »

انتخاب همه

تحلیل فیلوژنتیکی سویه های اشرشیاکلی اتصال و آسیب (AEEC) جداشده از پرندگان زینتی در ایران

مینا عباسی، سید مصطفی پیغمبری، جمشید رزمیار*

مجله طب دامی ایران، سال هجدهم شماره 1 (Winter 2024)، صص 59 -70

زمینه مطالعه
انتروپاتوژنیک اشرشیاکلی (EPEC) و اشرشیاکلی های تولیدکننده شیگاتوکسین (STEC) به دلیل دارا بودن ژن eae جزء اشرشیاکلی های اتصال و آسیب دسته بندی می شوند. AEEC یکی از عوامل مهم اسهال در انسان ها هستند که می توانند پرندگان را هم درگیر کنند و باید به عنوان یک عامل بیماری زای قابل انتقال بین انسان و حیوانات مورد توجه قرار گیرند.
هدف
بررسی حضور سویه های AEEC در پرندگان زینتی، بررسی میزان مقاومت آنتی بیوتیکی آن ها و تعیین گروه های فیلوژنتیکی سویه های جداشده، به عنوان هدف این مطالعه در نظر گرفته شد.
روش کار
درمجموع 200 نمونه مدفوعی از پرندگان زینتی ارجاعی به بخش پرندگان زینتی بیمارستان دامپزشکی دانشگاه تهران جمع آوری شدند. نمونه های مشکوک به اشرشیاکلی ازنظر حضور ژن های uspA، eae، bfpA، stx1، stx2 مورد بررسی قرار گرفتند. در مرحله بعد گروه های فیلوژنتیکی سویه های AEEC جداشده تعیین شدند. در مرحله آخر مقاومت آنتی بیوتیکی سویه های یادشده با کمک دو روش آگار دیسک دیفیوژن و حداقل غلظت مهاری مورد بررسی قرار گرفتند.
نتایج
به طورکلی، 26 سویه اشرشیاکلی (13 درصد) از نمونه های جمع آوری شده جداسازی شدند. از این میان، 9 نمونه دارای ژن eae بودند، و هیچ یک از آن ها ژن bfpA نداشتند. 4 نمونه تنها دارای ژن حدت stx2 و 5 نمونه دارای هر دو ژن حدت stx1 و stx2 بودند. در گروه فیلوژنتیکی 7 سویه از 9 سویه AEEC قابل تشخیص بود که شامل 4 مورد گروه فیلوژنتیکی B2 و 3 مورد گروه فیلوژنتیکی D بودند. در این مطالعه مقاومت آنتی بیوتکی چندگانه (MDR) در 77/7 درصد از نمونه ها مشاهده شد.نتیجه گیری نهایی: شناسایی سویه های AEEC در پرندگان زینتی (به عنوان یکی از رایج ترین حیوانات خانگی در ایران که دارای ارتباط نزدیک با صاحب خود به ویژه کودکان است) دارای گروه فیلوژنتیکی مشترک با سویه های جداشده از انسان است و همچنین مقاومت آن ها به طیف وسیعی از آنتی بیوتیک های مورداستفاده در طب انسانی، بیانگر اهمیت مطالعه AEECها به عنوان تهدیدی جدی برای سلامت عمومی می باشد.

کلید واژگان: اشرشیاکلی, اشرشیاکلی اتصال و آسیب, اشرشیاکلی تولیدکننده شیگاتوکسین, تحلیل فیلوژنتیکی, شیگاتوکسین}

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: انگلیسی

Phylogenetic Analysis of Attaching and Effacing E. coli Strains Isolated From Pet Birds in Iran

Mina Abbasi, Seyed Mostafa Peighambari, Jamshid Razmyar *

Iranian Journal of Veterinary Medicine, Volume:18 Issue: 1, Winter 2024, PP 59 -70

Background
Enteropathogenic E. coli (EPEC) and Shiga toxin-producing E. coli (STEC) are categorized as attaching and effacing E. coli (AEEC) due to their eae gene. One of the essential causes of diarrhea in humans is AEEC, which affects birds, too, thereby being considered a zoonotic pathogen.
Objectives
Our study aimed to determine AEEC and evaluate its antibiotic resistance and phylogroups.
Methods
A total of 200 fecal samples were collected from pet birds referred to the Veterinary Medicine Hospital, University of Tehran. PCR methods were used to detect AEEC using uspA, eae, bfpA, stx1, and stx2 gene-specific primers. The antimicrobial susceptibility of the recovered isolates was determined by the agar disk diffusion and MIC methods. Their phylogroups were analyzed based on Clermont phylotyping methods.
Results
Of 200 samples, we isolated 26 (13%) E. coli strains, 9 harbor eae genes. None of the ease-positive samples possessed the bfpA gene, but 4 had stx2, and 5 had stx1 and stx2 genes. Phylogenetic analysis identified the phylogenetic groups of all AEEC isolated strains but 2 (duck and cockatiel). Detected phylogroups include four B2 and three D. Based on our results, 7 out of 9 AEEC isolated strains showed multi-drug resistance.
Conclusion
The discovery of common phylogroups of AEEC in pet birds (a common companion animal in Iran with intimate contact with their owners, especially children) and humans, as well as their resistance to a wide range of antibiotics used in human medicine, verifies AEEC as a serious public health threat.

Keywords: Attaching, effacing E. coli (AEEC), Escherichia coli (E. coli), Phylogrouping, Shiga toxin, Shiga toxin-producing E. coli (STEC)}

Abstract View Paper Research/Original Article Original: English
خصوصیات ژنتیکی کنه آرگاس پرسیکوس ایران بر مبنای توالی ژن میتوکندریایی COX1 و16SrRNA

شهریار یاوری، صدیقه نبییان *، الهه ابراهیم زاده آب کوه، پرویز شایان، حمیدرضا شکرانی

مجله طب دامی ایران، سال سیزدهم شماره 1 (Winter 2019)، صص 45 -57

زمینه مطالعه
اهمیت آرگاس پرسیکوس در دامپزشکی و بهداشت است و توانایی انتقال بسیاری ازعوال عفونی مانند بورلیا آنسرینا (اسپیروکتوزیس ماکیان) و اجپتینلا پولروم را دارد، تشخیص ریخت شناسی در آرگاس به دلیل شباهت ظاهری دشوار است.
هدف
این مطالعه تحلیل مولکولی بر اساس PCR دوژن COX1 و 16SrRNAوتحلیل توالی یاب محصول تکثیر آن ها در آرگاس پرسیکوس چند استان کشور ایران را مد نظر داشت.
مواد و روش کار
از 70 مورد کنه آرگاس پرسیکوس جمع آوری شده که با ویژگی های ریخت شناسی تایید شدند، هشت کنه از پنج استان کشور برای تحلیل ژنی انتخاب شدند، DNA آن ها استخراج و با استفاده از پرایمرهای مشتق شده از دوژن COX1 و 16SrRNAتکثیر این دو ژن صورت گرفت ، محصول توالی یابی شد و بر اساس نرم افزار توالی یابی کروماس و مرتب سازی توالی ها با نرم افزار (Clustal W) تجزیه وتحلیل فیلوژنتیکی آن با استفاده از برنامه MEGA ver. 6.06 با بیشترین اعتماد انجام شد.
نتایج
نتایج تعیین توالی نشان داد که تمام هشت نمونه متعلق به گونه آرگاس پرسیکوس بودند. توالی های نوکلئوتیدی نشان داد که تفاوت های توالی بین دو ژن (ژن 16S rRNA و COX1) بین جدایه های ما بسیار نادر بود. تمام جدایه ها ازمناطق مختلف استان های مختلف به جز یک جدایه از گیلان غرب استان کرمانشاه که تنها یک نوکلئوتید اختلاف داشت یکسان بودند، در آرگاس پرسیکوس گیلان غرب کرمانشاه با دیگر نقاط جهان مانند آفریقای جنوبی وآمریکا 1دراختلاف بود، آرگاس پرسیکوس ایران در درخت فیلوژنی در کلاد آفریقای جنوبی، ایتالیا، چین و جنوب استرالیا قرار دارد.
نتیجه گیری نهایی: یافته های ما نشان می دهد که رابطه ی فیلوژنتیک بسیار نزدیکی بین نمونه های آرگاس پرسیکوس در مناطق مختلف ایران وجود دارد.

کلید واژگان: آرگاس پرسیکوس, COX1, تحلیل فیلوژنتیکی, 16SrDNA}

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: انگلیسی

Genetic Characterization of Argas persicus From Iran by Sequencing of Mitochondrial Cytochrome Oxidase I (COX1) and 16s rRNA Genes

Shahriar Yavari, Sedigheh Nabian *, Elahe Ebrahimzade Abkooh, Parviz Shayan, Hamidreza Shokrani

Iranian Journal of Veterinary Medicine, Volume:13 Issue: 1, Winter 2019, PP 45 -57

Background
Argas persicus has a great importance for health and veterinary, it can transmit many infectious agents such as Borrelia anserina (avian spirochetosis) and Aegyptianella pullorum. Distinguishing Argasidae due to close morphological relationship is difficult.
OBJECTIVES
In the present study, we performed molecular analyses based on PCR and sequencing of Amplicon derived from 16S rRNA and COX1 genes of A. persicus specimens in several provinces of Iran.
Methods
Out of seventy Argas persicus collected and confirmed morphologically, eight ticks were chosen from five provinces of Iran for gene analysis. Their DNA were extracted and amplificated using primers derived from 16 S ribosomal RNA and COX1 genes using PCR. Then the amplicons were sequenced and analyzed by Chromas software and sequence alignment program (Clustal W). Phylogenetic analysis was also conducted using MEGA ver. 6.06 with a maximum-likelihood method.
RESULTS
Sequencing results indicated that all eight samples belonged to A. persicus species. Their nucleotide sequencing revealed that the interspecific sequence differences of both genes (16S rRNA genes and COX1) between our isolates were very infrequent. All isolates from different provinces were conserved across regions except for one isolate that exhibited a difference of only 1 nucleotide. Within Phylogenetic tree, A. persicus formed a clade with A. persicus from other regions of the world (South Arica, Italy, China, and South Australia).
CONCLUSIONS
Our findings suggested a very close phylogenetic relationship between A. persicus specimens obtained from different regions of Iran. Keywords:

Keywords: Argas persicus, COX1, Phylogenetic analysis, 16S rRNA}

Abstract View Paper Research/Original Article Original: English

نکته

نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.

به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « تحلیل فیلوژنتیکی » در نشریات گروه « دامپزشکی »