بهینه سازی روش آنالیز متکی بر واحدهای پشت سر هم تکرار شونده (VNTR) در ماشین های ترموسایکلر کلاسیک جهت تایپینگ مولکولی بورخولدریامالئی

بورخولدریا مالئی عامل مشمشه و یکی از قدیمی ترین بیماری های عفونی واگیردار و مشترک بین انسان و حیوان است که اغلب تک سمی ها (اسب، الاغ، قاطر و گورخر) را مبتلا می کند. همگام با پیشرفت در مطالعه ژنوم باکتری های بیماری زا در سال های اخیر، روش های مولکولی به منظور مطالعه مقایسه ای و اپیدمیولوژی بورخولدریامالئی توسعه یافته اند. مطالعه حاضر به منظور بهینه سازی روش آنالیز متکی بر واحدهای پشت سر هم تکرار شونده (VNTR) بر پایه چهار لوکوسBM140، BM1367، BM2065 وBM2971 جهت تایپینگ مولکولی بورخولدریامالئی برای اولین بار صورت پذیرفت.
در این مطالعه، سویه B. mallei Razi 325 به عنوان سویه استاندارد به شماره شناسایی (RTCC 2375) از آرشیو میکروارگانیسم های موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی تهیه شد. طراحی پرایمرهای مورد استفاده در این تحقیق به گونه ای صورت گرفت که اندازه تمام قطعات مورد انتظار در محدوده 750-450 زوج باز باشد که بدین ترتیب شناسایی آن ها در جریان ژل الکتروفورز را آسان تر کند.
مقایسه توالی جدایه با سویه های مرجع، پلی مورفیسم را در هر 4 لوکوس مورد مطالعه نشان داد.
شاخص ترین یافته کاربردی این تحقیق، توسعه یک پروتکل واحد PCR بود که هم از نظر اجزا و هم از نظر دما امکان اجرای چهار واکنش متفاوت را به صورت هم زمان در یک دور فعالیت ماشین PCR فراهم کرد. این درحالی است که در روش محققین دیگر از بیش از یک پروتکل برای تکثیر قطعات ژنتیکی مورد نظر استفاده شده است.