تکثیر ژن فیلیای گاوی غنی از GC به کمک بهینه سازی طراحی آغازگر

فیلیا ژنی با اثرات مادری است و اختلال در کارکرد آن در موش منجر به کاهش باروری، و در انسان باعث سقط جنین می گردد. بررسی توالی رونوشت فیلیا در گاو در NCBI نشان می دهد که نسبت به اورتولوگ انسان و موش دارای درصد GC بالاتری است. این امر منجر به اختلال در تکثیر ژن در طی سیکل تکثیر PCR می گردد. مطالعه ی حاضر به منظور بررسی امکان تکثیر بخشی از رونوشت فیلیای گاوی با درصد بالای GC با بهینه سازی در طراحی آغازگر به اجرا درآمد. آغازگرها برای دو قطعه ی 443 و 230 جفت بازی از ژن مذکور طراحی شد به صورتی که فقط برای قطعه ی اول، دو شرط دمای ذوب بالا و اختلاف اندک دمای ذوب آغازگرها در نظر گرفته شد. بررسی بیوانفورماتیک از نظر وضعیت GC و ساختارهای ثانویه ی احتمالی این قطعات صورت گرفت. استخراج RNA از تخمک های جداشده از تخمدان های گاوی انجام گرفت. پس از واکنش رونویسی معکوس، واکنش PCR با دماهای اتصال مختلف به صورت دو و سه مرحله ای صورت گرفت. نتایج نشان داد که قطعه ی 443 جفت بازی دارای یک جزیره ی CpG و درصد GC بیشتر و قابلیت تشکیل ساختارهای ثانویه ی پیچیده تری نسبت به قطعه-ی 230 جفت بازی است. با این وجود تنها قطعه ی 443 جفت بازی که دارای آغازگرهای با ویژگی های موردنظر بود، با باند مشخصی تکثیر گردید. نتایج نشان داد اختلاف اندک دمای ذوب آغازگرها، بالا بودن دمای اتصال آن ها و دومرحله ای شدن واکنش می تواند در تکثیر اختصاصی توالی های غنی از GC موثر باشد.