شناسایی و گروه بندی خانواده عوامل رونویسی WRKY در جو

تنش های زیستی و غیر زیستی از مهمترین عوامل محدود کننده عملکرد گیاهان زراعی مانند جو هستند. عوامل رونویسی در تنظیم ژن های پاسخ دهنده به این تنش ها دخالت دارند که خانواده ژنی WRKY رمز کننده گروه بزرگی از آنهاست. بنابراین شناسایی و مطالعه این خانواده ژنی می تواند گامی موثر برای ایجاد تحمل به تنش ها در گیاهان باشد. در پژوهش حاضر، دانستنی های مربوط به اعضای خانواده WRKY جو از پایگاه های داده جمع آوری شدند. با انتخاب یک عضو از هر زیر گروه ژن های WRKY در برنج، tBLASTN در پایگاه داده های IBSC و NCBI انجام شد تا اعضای احتمالی دیگر این خانواده نیز اضافه شدند. بر اساس مدل مخفی مارکوف، جستجو برای توالی های دارای منطقه حفاظت شده WRKY علیه همه پروتئین های این خانواده و هر زیر گروه آنها انجام شد. اعضای پیدا شده که شامل 96 عضو و یک توالی از هر زیرگروه عوامل رونویسی WRKY از گیاهان آرابیدوپسیس، برنج و گندم بودند، به صورت چندگانه هم ردیف شده و درخت فیلوژنتیک آنها رسم شد. توالی های موجود بر مبنای تعداد پهنه های WRKY و ساختار انگشت روی موجود در سه گروه دسته بندی شدند. بر این اساس 13پروتئین در گروه I،30 پروتئین با ساختار انگشت روی Cx7Cx23HxC در گروه III و بقیه پروتئین ها با ساختار انگشت روی Cx4-5Cx22-23HxH در گروه II قرار گرفتند. با توجه به نقش گروه III در تحمل گیاه به تنش های زیستی و غیر زیستی، فزونی درصد حضور اعضای این گروه در جو همانند گندم نسبت به میانگین گیاهان عالی را می توان با مضاعف شدگی در اجداد وحشی تک لپه ای ها و انتخاب طبیعی برای ارقام مقاوم تر در شرایط نامساعد محیطی در ارتباط دانست.