تجزیه و تحلیل توالی های غیرترجمه شونده خانواده عوامل رونویسی bZIP در جو

خانواده bZIP یکی از گسترده ترین عوامل رونویسی در گیاهان است که در پاسخ به تنش های زیستی و غیرزیستی نقش دارد. تنظیم بیان ژن در مرحله ترجمه بر اساس خصوصیات مولکول mRNA تعیین می شود که یکی از مهم ترین آن ها نواحی غیرترجمه شونده (UTR) هستند. در این مطالعه ویژگی های نواحی غیرترجمه شونده خانواده bZIP در گیاه جو (شامل 78 عضو) و اثر آن ها بر رونویسی و ترجمه، بر اساس روش های بیوانفورماتیکی مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس نتایج، میانگین طول ناحیه 5''-UTR کمتر و محتوای GC آن بیشتر از ناحیه 3''-UTR بود. زمینه کدون آغاز برای موقعیت 4+ در 23/49% از اعضا توسط گوانین و موقعیت 3- در 70/56% توسط نوکلئوتیدهای پورینی اشغال شده بود. در مجموع 18 نوع عناصر فعال سیس موثر در تنش های غیرزیستی به دست آمد که عوامل رونویسی تنظیم شونده توسط اسید جیبرلیک بیش ترین فراوانی را داشتند. ریبوزوم برای رسیدن به کدون آغاز 50 عضو باید انرژی بیش از Kcal/mol 50 صرف کند، اگرچه 23 عضو دارای نواحی داخلی برای ورود ریبوزوم (IRES) بودند. یک توالی هدف sRNA در توالی های 5''-UTR (HvbZIP4) و هم چنین 3''-UTR (HvbZIP44) مشاهده شد. 225 عدد توالی چهارچوب باز خواندنی (با حداقل طول 12 نوکلئوتید) در بالادست ناحیه رمزکننده اصلی مشاهده شد. شباهت قابل توجهی بین توالی چهارچوب باز خواندنی بالادست (چهارچوب 3+) در HvbZIP24 و یک پروتئین بالادست در Theobroma cacao (XM_007017561.1) مشاهده شد. به طور کلی، مولکول های mRNA اعضا این خانواده دارای ساختارهای متفاوت تنظیمی بودند، این امر راه حلی طبیعی برای کنترل دقیق میزان تولید این نوع پروتئین های تنظیمی است.