شناسایی miRNAها و ژنهای هدف مرتبط با آنها در گیاه شبدر قرمز (Trifolium pratense)
نویسنده:
نوع مقاله:
مقاله پژوهشی/اصیل (دارای رتبه معتبر)
چکیده:
میکروآرناها (miRNA) یک رده از RNAهای تنظیمکننده کوچک درونی و غیرکدکننده پروتئینی که متشکل از حدود 18-22 نوکلئوتید بوده و تنظیم بیان ژن را در سطح رونویسی و پس از رونویسی ژن بر عهده دارند و طبق تحقیقات انجام شده نقشهای اساسی در فرایندهای نموی، زمان گلدهی و پاسخ به تنشهای زیستی و غیرزیستی ایفا میکنند. تاکنون روشهای متفاوتی برای شناسایی miRNAها، معرفی شده است که عبارتند از: روش نورترن بلات، ریزآرایه، qRT-PCR و روشهای بیوانفورماتیکی. در این میان ساده ترین و کم هزینهترین روش شناسایی miRNAها، روش بیوانفورماتیکی میباشد. در این مطالعه با یک رویکرد بیوانفورماتیکی با هدف شناسایی miRNA متمایز در گیاه شبدر قرمز مبتنی بر جستجوی همولوژی بین ESTهای گیاه شبدر قرمز و miRNAها انجام شد. بهطوری که ابتدا در آن همه توالیهای ESTهای گیاه شبدر قرمز از بانک اطلاعاتی NCBI در برابر miRNAهای شناخته شده BLASTn شدند که در نهایت یک miRNA کاندید متمایز در گیاه شبدر قرمزشناسایی شد. در مجموع شش ژن هدف پیشبینی شده برای این miRNA نیز شناسایی شد و این ژنهای هدف عمدتا کدکننده مونود هیدرو اسکوربات ردوکتاز1 ) برقراری تعادل گونههای فعال اکسیژن در چرخه اسکوربات-گلوتاتیون (، پروتئین FES1) یک پروتئین حاوی دومین انگشت روی چسبنده به DNA)، پروتئین RHF2A )یوبی کوئیتین لیگاز E3 دخیل در پیشبرد گامتوژنز (، RNA هلیکاز وابسته به ATP) تعمیر و متابولیسم RNA)، پروتئینهای انتقالی MFS )تسهیلکننده حرکت املاح کوچک از عرض غشای سلولی در پاسخ به گرادیانت شیمواسمزی (و در نهایت پروتئین AT-hook) یک موتیف متصل شونده به (DNA نیز بودند.
کلیدواژگان:
جستجوی همسانی ، EST ، بیوانفورماتیک ، ژنهای هدف ، miRNA
زبان:
فارسی
انتشار در:
صفحات:
155 تا 164
لینک کوتاه:
magiran.com/p1916400
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یکساله به مبلغ 1,390,000ريال میتوانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
- حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران میشود.
- پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانههای چاپی و دیجیتال را به کاربر نمیدهد.
In order to view content subscription is required
Personal subscription
Subscribe magiran.com for 70 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!