انگشت نگاری برخی از ژنوتیپ های مصری برنج با استفاده از نشانگرهای محل اتصال اینترون-اگزون (ISJ)

انگشت نگاری DNA یک ابزار مهم برای بررسی تنوع و شناسایی ارقام در برنامه های اصلاح گیاه می باشد. آغازگرهای نیمه تصادفی PCR که مکان های اتصال اینترون-اگزون (ISJ) را هدف قرار می دهند برای ارزیابی پتانسیل این نشانگرها در شناسایی و دسته بندی ژنوتیپ های برنج مورد استفاده قرار گرفتند. برای غربالگری 14 ژنوتیپ برنج مصری، شامل 6 ژنوتیپ ژاپونیکا، 4 ژنوتیپ ایندیکا و 4 ژنوتیپ ایندیکا/ژاپونیکا از 12 آغازگر ISJ استفاده شد. در مجموع 117 قطعه تکثیر شده تولید شد که 76 قطعه چند شکل بوده و نسبت متوسط چندشکلی برابر با 58/9% را نشان داد. تعداد قطعات تکثیر شده به ازای ژنوتیپ در آغازگرها از 65 در رقم برنج ژاپونیکای Sakha101 تا 85 در رقم برنج ایندیکا/ ژاپونیکا Giza179 متغیر بود. تعداد قطعات چندشکل تکثیرشده از 3 برای آغازگر ISJ-1 تا 24 برای آغازگر ISJ-2 تفاوت داشت. متوسط تعداد باندهای تکثیر شده به ازای آغازگر و به ازای ژنوتیپ به ترتیب 16/71 و 10/24 بود. مقادیر PIC از 0/289 باری ISJ-9 تا 0/480 برای ISJ-1 با میانگین 0/375 متغیر بود. ضریب تشابه بر اساس اطلاعات نیمه تصادفی میان ژنوتیپ های مطالعه شده بین 0/53 تا 0/9 با میانگین 0/66 بود. همه ژنوتیپ ها بوضوح در دو گروه اصلی در تشابه 58% براساس شاخص مشابهت جاکارد دسته بندی شدند. در گروه اول ژنوتیپ های ایندیکا و ایندیکا/ژاپونیکا و در گروه دوم ژنوتیپ های ژاپونیکا قرار دارند. این نتایج نشان می دهد که انگشت نگاری با استفاده از نشانگرهای DNA نیمه اختصاصی می تواند یک ابزار سودمند برای شناسایی و ارزیابی تنوع ژنتیکی در برنج باشد. نتایج وجود تنوع میان ژنوتیپ های مطالعه شده و پتانسیل استفاده از آنها در برنامه های اصلاحی را نشان می دهد. سهولت استفاده و تکرارپذیری نشانگرهای ISJ حاکی از توانایی بالقوه آنها برای توصیف مولکولی، شناسایی و ارزیابی خلوص ژنوتیپ های برنج می باشد.