یک روش ترکیبی اندازه های مرکزیت و خواص زیستی برای بهبود تشخیص کمپلکس های پروتئینی در شبکه های PPI وزنی

در شبکه های برهمکنش پروتئینی، یک کمپلکس گروهی از پروتئین ها است که موجب فرآیند زیستی می شوند. شناسایی درست کمپلکس ها می تواند به فهم بهتر عملکرد سلول ها کمک کند تا در اهداف درمانی مانند کشف دارو مورد استفاده قرار گیرد. یکی از روش های متداول برای شناسایی کمپلکس ها در شبکه های برهمکنش پروتئینی، خوشه بندی است؛ اما هدف این پژوهش یافتن روشی جدید برای شناسایی دقیق تر کمپلکس ها است.
در این مطالعه توسعه ای-کاربردی از شبکه های پروتئینی مخمر و انسان استفاده شد. مجموعه های داده ای مخمر به نام های DIP،MIPS  و Krogan به ترتیب دارای 4930 گره و 17201 برهمکنش ، 4564 گره و 15175 برهمکنش و 2675 گره و 7084 برهمکنش و مجموعه داده ای انسان دارای 37437 برهمکنش است. الگوریتم  پیشنهادی و الگوریتم های مشهور در شناسایی کمپلکس های پروتئینی بر روی مجموعه های داده ای اجرا شده اند و کمپلکس های پیش بینی شده با مجموعه داده های معیار CYC2008 و CORUM مورد مقایسه قرار گرفتند.
در این تحقیق روش جدیدی از دسته روش های مبتنی بر هسته و پروتئین های الحاقی جهت تشخیص کمپلکس های پروتئینی استفاده شد که دارای کارایی بالایی در تشخیص بود. هرچه قدر تشخیص کمپلکس ها دقیق تر باشد، می توان پروتئین های دخیل در یک فرآیند زیستی را درست تر تشخیص داد. معیار های ارزیابی نشان داد که روش پیشنهادی، بهبود قابل توجهی نسبت به دیگر روش ها دارد.
با توجه به نتایج به دست آمده مشاهده شد که روش پیشنهادی تعداد مناسبی از کمپلکس های پروتئینی را شناسایی نمود و بیشترین نسبت معنی داری زیستی را در همکاری عملکردی پروتئین ها دارد.