همسانه سازی و بررسی بیوانفورماتیکی ژن CCD1 زعفران (Crocus sativus) ایران

ایران بزرگترین تولید کننده زعفران جهان می باشد بر همین اساس زعفران در کشور به عنوان یک محصول راهبردی محسوب می گردد. از آنجا که متابولیسم آپوکاروتنوییدها عامل ارزش اقتصادی در گیاه زعفران است، لذا جداسازی و تجزیه و تحلیل شیمیایی ژن های درگیر در متابولیسم کاروتنوییدها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. باتوجه به اهمیت ژن CsCCD1 در بیوسنتز آپوکاروتنوییدها، در این تحقیق به منظور شناخت بیشتر از ساختار ژنومی زعفران ایران، به بررسی ویژگی های فیزیکوشیمیایی این ژن پرداخته شد همچنین روابط فیلوژنتیکی آنزیم CsCCD1 توسط سرورها و نرم افزارهای بیوانفورماتیکی با هدف مطالعه پتانسیل ساختاری آن مورد پیش بینی قرار گرفت. ویژگی های فیزیکوشیمیایی و فیزیولوژی پروتئین CsCCD1 توسط سرورها و ابزارهای Protparam، SOPMA، ProtScale، Pfam، ProtComp، SignalP، TMHMM، TargetP و ChloroP بررسی شدند. همچنین با استفاده از سرور Swiss-Model ساختار سه بعدی پروتئین CCD1 مورد بررسی قرار گرفت و جهت اعتبار سنجی ساختاری مدل ترسیم شده سه بعدی، پلات راماچاندران ترسیم گردید. نتایج تجزیه و تحلیل درخت فیلوژنتیکی نشان داد که از لحاظ ساختار اسید آمینه ای، پروتئین CsCCD1 بیشترین قرابت را با CaCCD داشت. نتایج تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین CsCCD1 حاکی از فقدان وجود توالی راهنما و منطقه تراغشایی در آن بود و بطور کلی نتایج نشان داد که پروتئین CsCCD1، آنزیمی از خانواده کاروتنوییداکسیژنازها و پایدار در شرایط آزمایشگاهی است. تجزیه و تحلیل های بیوانفورماتیکی انجام شده بر روی پروتئین CsCCD1 زمینه را برای مطالعات عملکردی آینده فراهم می کند.