تکامل ویروس ها و سلول ها: آیا برای توضیح خاستگاه یوکاریوت ها به دامنه چهارم نیاز داریم؟

کشف اخیر ویروس های متنوع بسیار بزرگ از قبیل میمی ویروس (mimivirus)، این فرضیه را در اذهان متبلور ساخت که این ویروس ها یک دامنه (Domain) جدید را در کنار سه دامنه سلولی دیگر (Archaea‏، Bacteria و Eucarya) تشکیل می دهند. همچنین، فرض شده است که آنها به عنوان ارایه دهندگان ژن های مهم یا حتی برخی ساختارهای دخیل در شکل گیری هسته، نقشی کلیدی در خاستگاه یوکاریوت ها ایفا کرده اند. به واسطه افزایش دسترسی به توالی های ژنگان این ویروس های غول پیکر، این قبیل فرضیات را می توان از طریق آنالیزهای ژنگانی و تبارزایشی مقایسه ای به آزمون گذاشت و اصلاح کرد. نرخ تکاملی بالای ویروس ها که هنگام استفاده از روش های نامناسب به القای آرتیفکت های تبارزایشی از قبیل گرایش به انشعاب بلند (Long Branch Attraction) منجر می شود، این کار را به امری بسیار دشوار مبدل ساخته است. در آن دسته از درخت های تبارزایشی که از جایگاه ویروس ها به عنوان دامنه چهارم حیات حمایت می کنند، می توان تصنعی (artefact) بودن را نشان داد. در اغلب موارد، حضور نسخه های همساخت ژن های سلولی در ویروس ها به بهترین وجه با فرآیند متناوب انتقال افقی ژن (Horizontal Gene Transfer) از میزبان های سلولی به ویروس های آلوده کننده آنها، و نه در جهت عکس توجیه می شود. امروزه، هیچ شاهد موثقی برای وجود یک دامنه ویروسی حیات یا نقش قابل توجه ویروس ها در توضیح خاستگاه، دامنه های سلولی وجود ندارد.