بررسی بیوانفورماتیکی نقش احتمالی RNA های کوچک ویروسی در بیماری زایی ویروس SARS-CoV-2

از زمان ظهور کووید-19 در نوامبر 2019 میلادی، این بیماری به بزرگترین چالش جهان تبدیل شده است به ویژه در زمانی که همچنان واکسن موثری برای مقابله با آن وجود ندارد. شناخت مکانیسم‌های بیماری زایی ویروس SARS-CoV-2 به شناخت درمان‌های مناسب برای آن کمک می‌کند. اخیرا نقش RNAهای کوچک ویروسی (svRNA) در بیماری زایی ویروس SARS-CoV مورد توجه قرار گرفته است. با توجه به مشابهت بالای ژنوم ویروس‌های SARS-CoV-2 و SARS-CoV هدف از مطالعه‌ی بیوانفورماتیکی حاضر بررسی حضور این svRNAها در ژنوم SARS-CoV-2 و یافتن ژن‌های هدف آنها در انسان است. از روش BLASTN برای یافتن مشابهت بین توالی سه svRNA مربوط به ویروس SARS-CoV با توالی احتمالی آن‌ها در ژنوم SARS-CoV-2 و MERS-CoV استفاده شد. برای پیش بینی ژن‌های هدف svRNA از نرم افزار آنلاین TargetScanHuman custom version 5.2 استفاده شد. از وب سایت Enrichr برای بررسی غنی شدن ژن‌های هدف svRNA در مسیرهای KEGG استفاده شد. شبکه برهمکنش‌های پروتئین-پروتئین ژن‌های هدف با نرم افزار Cytoscape رسم و از افزونه‌های MCOD و Cytohubba به ترتیب برای تعیین ماژول‌ها و ژن‌های مرکزی شبکه استفاده شد. از میان سه svRNA شناخته شده در ژنوم ویروس SARS-CoV، توالی svRNA-N در ژنوم SARS-CoV-2 و MERS-CoV به میزان زیادی حفاظت شده است. همچنین پیش بینی شده که svRNA-N قادر به هدف قرار دادن 130 ژن مختلف است که بیشتر در مسیر پیام رسانی Rap1 تمرکز دارند. همچنین ژن‌های مربوط به ماژول‌های پروتئینی بیشتر در مسیر پیام رسانی TGF-β تمرکز می‌یابند. داده‌های حاصل از مطالعه‌ی حاضر مطالعه‌ی بیشتر بر روی نقش svRNA-N در روند بیماری زایی SARS-CoV-2 و امکان استفاده از مولکول آنتی سنس علیه آن به عنوان راهکاری در کاهش آسیب‌های ریوی کووید-19 را پیشنهاد می‌دهد.